最先端トランスクリプトー厶解析のための統計的バイオモデリング

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23700346
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 統計科学
• 研究機関: 統計数理研究所
• 研究代表者: 吉田 亮 統計数理研究所, モデリング研究系, 准教授 (70401263)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• キーワード: ベイズ統計学 / 状態空間モデル / システム生物学

研究概要

生化学反応システムのシミュレーションモデルを開発するための統計科学の方法論の研究を行った。本研究の開発手法は、代謝工学や合成生物学の分野において将来的な応用が期待される。また、応用研究として、抗癌剤の薬剤動態を対象に遺伝子発現ネットワークのモデル開発を行った。薬剤耐性癌の全遺伝子の発現変化を観測し、データのパターンに基づきシミュレーションモデルを開発した。

研究成果

• [雑誌論文] Epidermal growth factor receptor tyrosine kinase defines critical prognostic genes of stage I lung adenocarcinoma (2012)
  • 著者名/発表者名: Yamauchi, M., Yamaguchi, R., Nakata, A., Kohno, T., Nagasaki, M., Shimamura T., Imoto, S., Saito, A., Ueno, K., Hatanaka, Y., Yoshida, R., Higuchi, T. Nomura, M., Beer, D., Yokota, J., Miyano, S., Gotoh, N.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 7(9) ページ: e43923
  • DOI: doi:10. 1371/journal. Pone. 0043923
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identifying gene pathways associated with cancer characteristics via sparse statistical methods (2012)
  • 著者名/発表者名: Kawano, S., Shimamura, T., Niida, A., Imoto, S., Yamaguchi, R., Nagasaki, M., Yoshida, R., Print, C., Miyano, S.
  • 雑誌名: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 巻: 9(4) ページ: 966-972
  • DOI: doi:10. 1109/TCBB. 2012. 48
  • 査読あり
• [雑誌論文] SiGN-SSM: open source parallel software for estimating gene networks with state space models (2011)
  • 著者名/発表者名: Tamada, Y., Yamaguchi, R., Imoto, S., Hirose, 0., Yoshida, R., Nagasaki, M., Miyano, M.
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 27(8) ページ: 1172-1173
  • DOI: doi:10.1093/bioinformatics/btr078
  • 査読あり
• [学会発表] ベイズ統計学に基づく医薬品化合物/生化学反応システムの設計 (2013)
  • 著者名/発表者名: 吉田亮
  • 学会等名: 設計情報学研究会
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 20130300
• [学会発表] 創薬を支援するデータ駆動型化合物設計 (2012)
  • 著者名/発表者名: 山下博史,吉田亮,伊庭幸人,樋口知之
  • 学会等名: 第15回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2012)
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20121100
• [学会発表] タスク分割型ベイジアンモデリングに基づくDNAモチーフ配列の探索 (2012)
  • 著者名/発表者名: 池端久貴,吉田亮
  • 学会等名: 第15回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2012)
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20121100
• [学会発表] 大規模化合物データに基づく創薬情報学の新しいかたち (2012)
  • 著者名/発表者名: 吉田亮
  • 学会等名: 情報・システム研究機構シンポジウム2012生命科学のビッグデータ革命-仮想から現実へ
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20121100
• [学会発表] ビッグデータ時代のバイオサイエンスと機械学習,ビッグデータとスマートな社会 (2012)
  • 著者名/発表者名: 吉田亮
  • 学会等名: 第5回ビッグデータに立ち向かう機械学習
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20121100
• [学会発表] Bayesian methods for making systems, molecules and others (2012)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, R.
  • 学会等名: Workshop on Applied Physics and Statistics for Quantitative Biology
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20121100
• [学会発表] ベイジアン・コンピューティングとDNA配列からのプロモータ部位の予測 (2012)
  • 著者名/発表者名: 池端久貴,吉田亮
  • 学会等名: 2012年度統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 北海道
  • 年月日: 20120900
• [学会発表] 分子設計のカーネル逆像問題について:医薬品開発への応用 (2012)
  • 著者名/発表者名: 吉田亮,山下博史,伊庭幸人
  • 学会等名: 2012年度統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 北海道
  • 年月日: 20120900
• [学会発表] データ同化法にもとつくデータ統合・生体シミュレーション技術 (2012)
  • 著者名/発表者名: 吉田亮
  • 学会等名: 第50回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 20120900
• [学会発表] Bayesian Robust Networking (2012)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, R.
  • 学会等名: Bayesian Inference and Stochastic Computation 2012 workshop
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20120600
• [学会発表] Preimage analysis of chemical structures (2012)
  • 著者名/発表者名: Yamashita, H., Yoshida, R., Iba, Y.
  • 学会等名: Bayesian Inference and Stochastic Computation 2012 workshop
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20120600
• [学会発表] Bayesian sparsereconstruction: Latent factoranalysis of gene regulatory programs (2012)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, R.
  • 学会等名: ISBA2012 World Meeting
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 20120600
• [学会発表] Bayesian statistical modeling and computational technologies in systems biology and chemoinformatics (2012)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, R.
  • 学会等名: 理化学研究所ゲノム医科学研究センターRCAI Seminar Series 2012
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 20120600
• [学会発表] Bayesian supercomputing tackles cancers (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, R.
  • 学会等名: Joint Meeting of The 2011 Taipei International Statistical Symposium and 7th Conference of The Asian Regional Section of the IASC
  • 発表場所: Taipei, Taiwan
  • 年月日: 20111200
• [学会発表] 組織的メタ遺伝子解析の多重検定問題 (2011)
  • 著者名/発表者名: 吉田亮
  • 学会等名: 2011年度統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 20110900
• [学会発表] Dynamic Bayesian modelling of biological pathways and decoupling of hidden regulatory signals using nonlinear state space models (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, R., Nagao, H., Saito, M.M., Higuchi, T.
  • 学会等名: Yeditepe International Research Conference on Bayesian Learning (YIRCoBL 2011)
  • 発表場所: Istanbul, Turky
  • 年月日: 20110600
• [学会発表] Hybrid Bayesian filter algorithm for multivariate time-series modellings on cloud computing systems (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagao, H., Yoshida, R., Higuchi, T.
  • 学会等名: Yeditepe International Research Conference on Bayesian Learning (YIRCoBL 2011)
  • 発表場所: Istanbul, Turky
  • 年月日: 20110600
• [図書] データ同化入門 (2011)
  • 著者名/発表者名: 樋口知之
  • 出版者: 朝倉書店(分担執筆「遺伝子発現調節モデルのデータ同化」)