DNAの力学特性の配列依存性を利用して転写因子結合部位予測の精度を改善する

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23700354
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 独立行政法人日本原子力研究開発機構
• 研究代表者: 角南 智子 独立行政法人日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門, 研究職 (50554648)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• キーワード: 転写因子 / 蛋白質・DNA 相互作用

研究概要

DNA や転写因子が結合相手に合わせて構造変化を生じることは、転写因子結合部位の予測を難しくしている重要な要因である。当研究では予測精度を向上させるための情報を収集することを目的として、DNA 界面で生じる構造変化の特徴を解析した。その結果、DNA 界面では、他の分子表面と比較すると構造のフレキシビリティが高く、特徴的なアミノ酸組成を有していることを見出した。

研究成果

• [雑誌論文] Local conformational changes in the DNA interfaces of proteins (2013)
  • 著者名/発表者名: Tomoko Sunami, Hidetoshi Kono
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8(2) ページ: e56080
  • DOI: DOI:10.1371/journal.pone.0056080
  • 査読あり
• [学会発表] Local Conformation Changes of proteins in the DNA interfaces (2012)
  • 著者名/発表者名: Tomoko Sunami, Hidetoshi Kono
  • 学会等名: 生命医薬情報学連合大会(2012 年日本バイオインフォマティクス学会年会 情報計算化学生物学会(CBI 学会)年次大会 オミックス医療研究会年会)(
  • 発表場所: 江戸川区
  • 年月日: 20121014-17
• [学会発表] DNA 界面での蛋白質の局所的構造変化 (2012)
  • 著者名/発表者名: Tomoko Sunami, Hidetoshi Kono
  • 学会等名: 日本生物物理学会 第50回年会
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 2012-09-22
• [学会発表] Local conformational changes of proteins in DNA interfaces (2012)
  • 著者名/発表者名: Tomoko Sunami and Hidetoshi Kono
  • 学会等名: Biophysical Society 56th Annual Meeting
  • 発表場所: 米国、サンディエゴ
  • 年月日: 2012-02-26
• [学会発表] Local conformational changes of proteins in DNA interfaces (2011)
  • 著者名/発表者名: Tomoko Sunami and Hidetoshi Kono
  • 学会等名: 第49回生物物理学会年会
  • 発表場所: 姫路
  • 年月日: 2011-09-16