| 研究課題/領域番号 |
23700518
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| 研究機関 | 独立行政法人理化学研究所 |
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研究代表者 |
目加田 和之 独立行政法人理化学研究所, 実験動物開発室, 専任研究員 (90360651)
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| 研究期間 (年度) |
2011-04-28 – 2013-03-31
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| キーワード | C57BL/6N / SNP / 亜系統 |
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| 研究概要 |
1．C57BL/6N系統特異的なSNPs探索と候補遺伝子座の遺伝子型確認C57BL/6N亜系統固有のSNPを検出するために、公的SNPデータベース（Wellcome Trust Sanger InstituteのMouse Genomes Project）を用いて候補SNPを検索した。候補としてリストされた遺伝子座に対し、C57BL/6JとC57BL/6NJ亜系統を用いてダイレクトシーケンス法によりその遺伝子型を確定した。現在までに1番ならびに2番染色体に位置している候補SNP座の遺伝子型を確定でき、200カ所の候補遺伝子座のうち、60%で実際にSNPが確認され、20%はC57BL/6Nの遺伝子型がJと同一もしくは、referenceのシーケンスデータが間違っていることが予想された。残りの20%はPCRならびにシーケンスがうまく働かず確認できなかった。2．C57BL/6N亜系統グループを用いたSNP遺伝子座の遺伝子型判定1において確定できたSNPsを10Mbpごとに1遺伝子座を無作為に選定し、C57BL/6N亜系統11系統ならびにC57BL/6J亜系統6系統に関してその遺伝子型をダイレクトシーケンス法により判定を行った。現在までに1番染色体ならびに2番染色体途中までの遺伝子型を判定でき、研究代表者が以前明らかにしたC57BL/6J亜系統同様、C57BL/6N亜系統グループ内にも系統の育成の歴史（分岐の年代）に応じたSNPが生じていることが今回始めて明らかにすることができた。また、とりわけC57BL/6N亜系統の一つであり、Nグループの中でも最も古い時代に分岐育成されたC57BL/6By系統は他のC57BL/6N亜系統と比較するとかなり遺伝背景が異なっていることが予想された。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
当初予定していたC57BL/6N系統のBACエンドシーケンスのデータベースを本研究課題開始の前に事前に調査したところ、SNPのQualityValueの精度に問題があることが判明し、候補SNPの選定方法の選択に時間を要した。また、バイオインフォマティシャンの協力を得ることが困難となり、SNP候補選別を開始が予定より遅くなったため。
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| 今後の研究の推進方策 |
23年度に引き続き、C57BL/6N系統特異的なSNPの探索と遺伝子型の確認を実施し、確定できたSNP遺伝子座についてはC57BL/6N亜系統グループを用いてそれらの遺伝子型の判定を進める。また、得られたSNP遺伝子座はC57BL/6N亜系統の遺伝統御のためのマーカーとして汎用できるようAllele-specific PCRによる判定が可能な系を確立する。
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| 次年度の研究費の使用計画 |
遺伝子型確認のためのシーケンスならびにAllele-specific PCR実施のためのプライマー合成、PCR試薬等ならびに外注によるダイレクトシーケンスを行うために研究費を使用する。また、成果発表のための学会参加費ならびに印刷費に使用する。
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