非アルコール性脂肪肝炎から肝癌発症機序の次世代シークエンサーを用いた解析

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23701082
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 腫瘍診断学
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 北本 卓也 京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 特定技術職員 (10456882)
• 研究協力者: 堀田 紀久子 京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 特定助教 (30360639) ; 北本 綾 京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 教務補佐員 (30381627)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• キーワード: ゲノムワイド相関解析 / 非アルコール性脂肪肝炎 / 次世代シークエンサー / PNPLA3 / SAMM50 / PARVB

研究概要

392 人の非アルコール性脂肪肝炎(NAFLD)と JSNP のデータベース(934 人)でゲノムワイド相関解析(GWAS)を行い、別の 172 人の NAFLD と 1012 人のコントロールで再現性を確認した。 PNPLA3領域に存在する rs738409 が NAFLD と最も強く相関し、脂肪蓄積や AST、ALT とも強い相関を示した。 SAMM50 遺伝子上の SNP は中性脂肪の低下やフェリチンやヒアルロン酸と強い相関を示した。 PARVB 遺伝子上の SNP は組織の線維化や NAS と強い相関を示した。 NAFLD 感受性領域であるPNPLA3 領域(約 150kb)に関して、19 人の NAFLD と 9 人のコントロールで long PCR を行い次世代シークエンサーで解析した。

研究成果

• [雑誌論文] Genome-wide scan revealed that polymorphisms in the PNPLA3, SAMM50, and PARVB genes are associated with development and progression of nonalcoholic fatty liver disease in Japan (2013)
  • 著者名/発表者名: Kitamoto T, Kitamoto A, Yoneda M, Hyogo H, Ochi H, Nakamura T, Teranishi H, Mizusawa S, Ueno T, Chayama K, Nakajima A, Nakao K, Sekine A, Hotta K.
  • 雑誌名: Hum Genet 巻: (印刷中)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Replication study of 15 recently published Loci for body fat distribution in the Japanese population. (2013)
  • 著者名/発表者名: Hotta K, Kitamoto A, Kitamoto T, Mizusawa S, Teranishi H, So R, Matsuo T, Nakata Y, Hyogo H, Ochi H, Nakamura T, Kamohara S, Miyatake N, Kotani K, Itoh N, Mineo I, Wada J, Yoneda M,Nakajima A, Funahashi T, Miyazaki S, Tokunaga K, Masuzaki H, Ueno T, Chaya
  • 雑誌名: J Atheroscler Thromb 巻: 20 ページ: 336-50
  • DOI: DOI:10.5551/jat.14589.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association between type 2 diabetes genetic susceptibility loci and visceral and subcutaneous fat area as determined by computed tomography. (2012)
  • 著者名/発表者名: Hotta K, Kitamoto A, Kitamoto T, Mizusawa S, Teranishi H, So R, Matsuo T, Nakata Y, Hyogo H, Ochi H, Nakamura T, Kamohara S, Miyatake N, Kotani K, Komatsu R, Itoh N, Mineo I, Wada J, Yoneda M, Nakajima A, Funahashi T, Miyazaki S, Tokunaga K, Masuzaki H, U
  • 雑誌名: J Hum Genet 巻: 5 ページ: 305-10
  • DOI: DOI:10.1038/jhg.2012.21
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic variations in the CYP17A1 and NT5C2 genes are associated with a reduction in visceral and subcutaneous fat areas in Japanese women. (2012)
  • 著者名/発表者名: Hotta K, Kitamoto A, Kitamoto T, Mizusawa S, Teranishi H, Matsuo T, Nakata Y, Hyogo H, Ochi H, Nakamura T, Kamohara S, Miyatake N, Kotani K, Komatsu R, Itoh N, Mineo I, Wada J, Yoneda M, Nakajima A, Funahashi T, Miyazaki S, Tokunaga K, Masuzaki H, Ueno T
  • 雑誌名: J Hum Genet 巻: 57 ページ: 46-51.
  • DOI: DOI:10.1038/jhg.2011.127.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computed tomography analysis of the association between the SH2B1 rs7498665 single-nucleotide polymorphism and visceral fat area (2011)
  • 著者名/発表者名: Hotta K, Kitamoto T, Kitamoto A,Mizusawa S, Matsuo T, Nakata Y, Hyogo H, Ochi H, Kamohara S, Miyatake N, Kotani K, Komatsu R, Itoh N, Mineo I, Wada J, Yoneda M, Nakajima A, Funahashi T, Miyazaki S, Tokunaga K, Masuzaki H, Ueno T, Chayama K, Hamaguchi K, Y
  • 雑誌名: J Hum Genet. 巻: 56 ページ: 716-9
  • DOI: DOI:10.1038/jhg.2011.86.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association of variations in the FTO, SCG3 and MTMR9 genes with metabolic syndrome in a Japanese population. (2011)
  • 著者名/発表者名: Hotta K, Kitamoto T, Kitamoto A, Mizusawa S, Matsuo T, Nakata Y, Kamohara S, Miyatake N, Kotani K, Komatsu R, Itoh N, Mineo I, Wada J, Yoneda M, Nakajima A, Funahashi T, Miyazaki S, Tokunaga K, Masuzaki H, Ueno T, Hamaguchi K, Tanaka K, Yamada K, Hanafusa
  • 雑誌名: J Hum Genet 巻: 59 ページ: 647-51
  • DOI: DOI:10.1038/jhg.2011.74.
  • 査読あり
• [雑誌論文] NUDT3 rs206936 is associated with body mass index in obese Japanese women
  • 著者名/発表者名: Kitamoto A, Kitamoto T, Mizusawa S, Teranishi H, So R, Matsuo T, Nakata Y, Hyogo H, Ochi H, Nakamura T, Kamohara S, Miyatake N, Kotani K, Itoh N, Mineo I, Wada J, Yoneda M, Nakajima A, Funahashi T, Miyazaki S, Tokunaga K, Masuzaki H, Ueno T, Chayama K, Ha
  • 雑誌名: Endocrine J 巻: (印刷中)
  • DOI: DOI:10.1507/endocrj.EJ13-0100
  • 査読あり
• [学会発表] 次世代シーケンサーを用いた薬物代謝関連遺伝子群のターゲットリシーケンス (2012)
  • 著者名/発表者名: 北本綾
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第57回大会
  • 発表場所: 東京都京王プラザホテル
  • 年月日: 2012-10-25
• [学会発表] 薬物代謝関連遺伝子群の高密度、高精度な遺伝子型決定法の確立 (2011)
  • 著者名/発表者名: 北本綾
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第56回大会
  • 発表場所: 千葉県幕張メッセ
  • 年月日: 2011-11-11