多階層ネットワークに基づく遺伝子間の非線形相互作用のモデル化と代謝解析への応用

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23710233
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: システムゲノム科学
• 研究機関: 北海道大学
• 研究代表者: 瀧川 一学 北海道大学, 創成研究機構, 特任助教 (10374597)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2013
• キーワード: 多階層ネットワーク / 分子間相互作用 / 遺伝子 / 発現制御

研究概要

従来、遺伝子は原因因子として個別に機能や現象への関与が研究されてきた。しかし近年では遺伝子はその他の様々な遺伝子や生体内分子との相互作用単位として、特定条件下での込み入った制御を通して対象の疾患・表現型・機能と関わっていると考えられている。本研究課題では遺伝子を階層的に絡み合う様々な分子間ネットワークの構成要素と位置づけ、既知の各分子の定量的情報と各分子ネットワークの既知情報に基づき遺伝子の非線形な相互作用を解析する。特に、現在利用可能になってきた様々なデータを互いに関連づけ階層的な生体内分子ネットワークの理解へ貢献する解析手法開発を行う。

研究成果

• [雑誌論文] Similarity-based machine learning methods for predicting drug.target interactions : a brief review (2013)
  • 著者名/発表者名: Ding H, Takigawa I, Mamitsuka H, Zhu S
  • 雑誌名: Briefings in Bioinformatics 巻: (印刷中・先行オンライン出版済)
  • DOI: 10.1093/bib/bbt056
  • 査読あり
• [雑誌論文] SiBIC : A web server for generating gene set networks based on biclusters obtained by maximal frequent itemset mining (2013)
  • 著者名/発表者名: Takahashi K, Takigawa I, Mamitsuka H
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8(12) ページ: e82890
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0082890
  • 査読あり
• [雑誌論文] An in silico model for interpreting polypharmacology in drug.target networks (2013)
  • 著者名/発表者名: Takigawa I, Tsuda K, Mamitsuka H
  • 雑誌名: In Silico Models for Drug Discovery (Methods in Molecular Biology) 巻: 993 ページ: 67-80
  • DOI: 10.1007/978-1-62703-342-8_5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Graph mining : procedure, application to drug discovery and recent advances (2013)
  • 著者名/発表者名: Takigawa I, Mamitsuka H
  • 雑誌名: Drug Discovery Today 巻: 18(1-2),Book Chapter ページ: 50-57
  • DOI: 10.1016/j.drudis.2012.07.016
• [雑誌論文] Identifying pathways of coordinated gene expression (2013)
  • 著者名/発表者名: Hancock T, Takigawa I, Mamitsuka H
  • 雑誌名: Data Mining for Systems Biology (Methods in Molecular Biology) 巻: 939,Book Chapter ページ: 69-85
  • DOI: 10.1007/978-1-62703-107-3_7
• [雑誌論文] Identifying neighborhoods of coordinated gene expression and metabolite profiles (2012)
  • 著者名/発表者名: Hancock T, Wicker N, Takigawa I, Mamitsuka, H
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 7(2) ページ: e31345
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0031345
  • 査読あり
• [学会発表] Identifying paired substructures significantly shared among interacting structure pairs (2013)
  • 著者名/発表者名: Takigawa I
  • 学会等名: 2013 International Workshop on Machine Learning and Applications to Biology (MLAB Sapporo 2013)
  • 発表場所: Sapporo, Japan
  • 年月日: 20130805-06
• [学会発表] Finding structural patterns shared among interacting molecules (2013)
  • 著者名/発表者名: Takigawa I
  • 学会等名: 3rd Beilstein Symposium on Glyco-Bioinformatics
  • 発表場所: Potsdam, Germany
  • 年月日: 20130610-14
• [学会発表] Learning sparse linear models over subgraph indicators (2012)
  • 著者名/発表者名: Takigawa I
  • 学会等名: 2012 Sapporo Workshop on Machine Learning and Applications to Biology (MLAB Sapporo 2012)
  • 発表場所: Sapporo, Japan
  • 年月日: 20120806-07
• [備考] SiBIC
  • URL: http://utrecht.kuicr.kyoto-u.ac.jp:8080/miami/faces/index.jsp