免疫応答の制御に関与するプロモータの網羅的な構造特徴の抽出とモデル化

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23710234
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: システムゲノム科学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: VANDENBON ALEXIS 大阪大学, 免疫学フロンティア研究センター, 特任助教 (60570140)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• キーワード: 自然免疫 / バイオインフォマティクス / 配列解析 / 転写制御 / エピジェネティクス / 転写因子 / マクロファージ / 樹状細胞

研究概要

免疫システムの遺伝子発現制御の大規模解析を転写階層とエピジェネティクス階層について行った。転写因子ペアによるコンビナトリアル制御および転写因子の結合し易い領域を解析する手法を開発した。また、樹状細胞での転写因子のエンハンサーへのコンビナトリアル結合を解析した。さらに樹状細胞でのヒストン修飾およびRNAポリメラーゼII結合を実験的にゲノムワイドで検出し、リポ多糖刺激後のそれらの変化を解析した。

研究成果

• [雑誌論文] A Parzen window-based approach for the detection of locally enriched transcription factor binding sites (2013)
  • 著者名/発表者名: Vandenbon A, Kumagai Y, Teraguchi S, Amada KM, Akira S, Standley DM
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: Vol.14 ページ: 26
  • DOI: 10.1186/1471-2105-14-26
• [雑誌論文] A novel unbiased measure for motif co-occurrence predicts combinatorial regulation of transcription (2012)
  • 著者名/発表者名: Vandenbon A, Kumagai Y, Akira S, Standley DM
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: Vol.13 Suppl 7 ページ: S11
  • DOI: 10.1186/1471-2164-13-S7-S11
  • 査読あり
• [学会発表] Sets of principal transcription factors define properties and dynamics of enhancers following LPS stimulation (2013)
  • 著者名/発表者名: Vandenbon A.
  • 学会等名: EMBO Workshop Complex Systems in Immunology
  • 発表場所: Biopolis (Singapore)
  • 年月日: 20131202-04
• [学会発表] Properties and dynamics of enhancers are defined by small sets of principal regulators (2013)
  • 著者名/発表者名: Vandenbon A.
  • 学会等名: 次世代シークエンサ現場の会第3回研究会 (NGS現場の会)
  • 発表場所: Kobe International Conference Center, Kobe, (Japan)
  • 年月日: 20130904-05
• [学会発表] Towards Comprehensive Understanding of the Dynamic Control of the Immune Response on the Transcriptional and Epigenetic Level (2013)
  • 著者名/発表者名: Vandenbon A.
  • 学会等名: The 24th CDB Meeting : Genomics and Epigenomics with Deep Sequencing
  • 発表場所: RIKEN CDB, Kobe (Japan)
  • 年月日: 20130613-14
• [学会発表] Sequence Analysis Reveals Several Subtypes of Macrophage Enhancers (2012)
  • 著者名/発表者名: Vandenbon A.
  • 学会等名: TCUID2012
  • 発表場所: Osaka University, Osaka (Japan)
  • 年月日: 20121029-31
• [学会発表] Predicting combinatorial regulation of transcription from motif co-occurrence (2012)
  • 著者名/発表者名: Vandenbon A.
  • 学会等名: InCoB2012 (11th International Conference on Bioinformatics)
  • 発表場所: Centara Grand at Central Plaza Ladprao, Bangkok (Thailand)
  • 年月日: 20121003-05
• [学会発表] Sequence analysis of mouse macrophage promoter and enhancer regions reveals several subclasses of enhancers (2012)
  • 著者名/発表者名: Vandenbon A.
  • 学会等名: ICSB (the 13th International Conference of Systems Biology)
  • 発表場所: University of Toronto, Toronto (Canada)
  • 年月日: 20120819-23
• [学会発表] Sequence analysis of promoter and enhancer regions in mouse macrophages (2012)
  • 著者名/発表者名: Vandenbon A.
  • 学会等名: 次世代シークエンサ現場の会第2回研究会(NGS現場の会)
  • 発表場所: Hotel Hankyu Expo Park, Osaka (Japan)
  • 年月日: 20120524-25
• [学会発表] A novel unbiased measure for motif co-occurrence predicts combinatorial regulation of transcription (2012)
  • 著者名/発表者名: Vandenbon A.
  • 学会等名: 11th International Conference on Bioinformatics (InCoB2012)
  • 発表場所: Centara Grand at Central Plaza Ladprao, Bangkok (Thailand)
  • 年月日: 2012-10-05
• [備考]
  • URL: http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/genomebrowser/
• [備考]
  • URL: http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/tfbs/remoled/
• [備考]
  • URL: http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/tfbs/locamo/