代謝制御の理解に向けた試験管内代謝経路の構築と動態解析

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23710236
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: システムゲノム科学
• 研究機関: 慶應義塾大学
• 研究代表者: 斎藤 菜摘 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任講師 (50287546)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• キーワード: メタボロミクス / 酵素エフェクター / アロステリック制御

研究概要

代謝メカニズム解明に向けた手法として、 試験管内で代謝経路を選択的に駆動させる「試験管内(in vitro)代謝経路」を構築し、メタボロミクスを基盤とした in vitro 代謝解析手法を開発した。本手法を代謝フィードバックによる動態解析、および酵素エフェクター解析に応用し、大腸菌ペントースリン酸経路において、代謝物質(NADPH)による酵素アロステリック効果の同定に至った。試験管内代謝経路を用いた本法が、代謝メカニズム解明のための手法として有効なことを示した。

研究成果

• [雑誌論文] tRNA thiolation pathway modulates intracellular redox state in Escherichia coli (2013)
  • 著者名/発表者名: Nakayashiki, T., N. Saito, R. Takeuchi, H. Kadokura, K. Nakahigashi, H. Mori.
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 巻: 195 ページ: 2039-49
• [雑誌論文] Characterization of a novel lipolytic enzyme from Aspergillus oryzae. (2012)
  • 著者名/発表者名: Koseki, T., S. Asai, N. Saito, M. Mori, Y. Sakaguchi, K. Ikeda, and Y. Shiono
  • 雑誌名: Appl. Microbiol. Biotechnol
  • DOI: DOI:10.1007/s00253-012-4391-7
• [雑誌論文] メタボロミクスを利用した酵素機能解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 斎藤菜摘,ロベールマルタン
  • 雑誌名: 生化学(ミニレビュー) 巻: 83 ページ: 1039-1043
• [学会発表] In vitro代謝経路による酵素エフェクター同定方法 (2013)
  • 著者名/発表者名: 斎藤菜摘,曽我朋義, 冨田勝
  • 学会等名: 日本農芸化学会 2013 年度大会
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 20130325-27
• [学会発表] 大腸菌をモデル生物とした細胞の代謝・増殖制御機構の解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 島田友裕, 斎藤菜摘, 田中寛
  • 学会等名: 第7回メタボロームシンポジウム
  • 発表場所: 鶴岡
  • 年月日: 20121010-12
• [学会発表] 乳酸菌のキシロース代謝経路 (2012)
  • 著者名/発表者名: 園元謙二, 善藤威史, 斎藤菜摘, 中東憲治, 門多真理子, 吉川博文
  • 学会等名: 第7回メタボロームシンポジウム
  • 発表場所: 鶴岡
  • 年月日: 20121010-12
• [学会発表] メタボロミクスによる微生物代謝メカニズム解明に向けたアプローチ (2012)
  • 著者名/発表者名: 斎藤菜摘
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会第6回若手の会
  • 発表場所: 静岡
  • 年月日: 20120927-28
• [学会発表] In vitro metabolic pathway reveals the action of enzyme effectors. (2012)
  • 著者名/発表者名: Saito, N., M. Ohishi, S. Ota, T. Soga, and M. Tomita
  • 学会等名: Metabolomics Society- 8th Annual International conference (Metabolomics 2012)
  • 発表場所: Washington, D. C., USA
  • 年月日: 20120625-28
• [学会発表] 階層的な代謝応答から理解する大腸菌緊縮応答の代謝メカニズム (2012)
  • 著者名/発表者名: 斎藤菜摘, 中東憲治, 増田豪, 曽我朋義, 冨田勝
  • 学会等名: 日本農芸化学会 2012 年度大会
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 20120323-25
• [学会発表] 希少放線菌 Actinoplanes missouriensis の運動性胞子におけるエネルギー代謝の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 乙供かな依, 斎藤菜摘, 曽我朋義, 藤田信之, 早川正幸, 大西康夫
  • 学会等名: 日本農芸化学会 2012 年度大会
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 20120323-25
• [学会発表] メタボロミクスによる微生物の代謝メカニズム解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 斎藤菜摘, 中東憲治, 増田豪, 曽我朋義, 冨田勝
  • 学会等名: 山形分子生物学セミナー
  • 発表場所: 鶴岡
  • 年月日: 2012-11-26
• [学会発表] Hierarchical manner of metabolic response under the stringent response in Escherichia coli. (2011)
  • 著者名/発表者名: Saito, N
  • 学会等名: UK-Japan joint workshop on Microbial Systems Biology
  • 発表場所: Tsuruoka
  • 年月日: 20111024-25
• [学会発表] Metabolic shifts under the stringent response in Escherichia coli (2011)
  • 著者名/発表者名: Saito, N., K. Nakahigashi, T. Masuda, A. Hirayama, T. Soga, and M. Tomita
  • 学会等名: Metabolomics Society- 7th Annual International conference
  • 発表場所: Cairns, Australia
  • 年月日: 20110627-30
• [学会発表] メタボロミクスによる酵素機能と代謝メカニズム解明へのアプローチ (2011)
  • 著者名/発表者名: 斎藤菜摘
  • 学会等名: 日本農芸化学会東北支部第12回若手の会
  • 発表場所: 鶴岡
  • 年月日: 2011-10-07