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2012 年度 研究成果報告書

RNAの分子内接触運動の解明

研究課題

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研究課題/領域番号 23750202
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生体関連化学
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

鵜澤 尊規  独立行政法人理化学研究所, 伊藤ナノ医工学研究室, 研究員 (60554376)

研究期間 (年度) 2011 – 2012
キーワード核酸 / 両末端の衝突速度 / ダイナミクス / ルテニウム錯体
研究概要

-多くの蛋白質や核酸が立体構造を形成する過程では、分子内の様々な相互作用が段階的に効率よく形成されており、分子内の2点間が衝突する運動は生体分子の複雑な構造形成における最も基礎的な過程であるといえる。特定の構造をとらないペプチド内の衝突速度はよく調べられているが、核酸内の衝突速度に関する研究はあまり進んでいない。そこで本研究では、DNAおよびRNAの両末端間の衝突速度の塩基依存性、鎖長依存性、温度依存性を調べることを目的とした。核酸の両末端に発光分子と消光分子を修飾し、発光寿命から発光分子と消光分子の衝突速度を測定した。20塩基を超えるDNAの場合、比較的低温条件下ではポリアデニンのコンフォメーション変化速度が両末端衝突速度に大きく寄与するものの、高温条件下ではこの寄与が消失し、ポリチミジンと同じ速度で両端が衝突するということを明らかとした。同様の測定をRNAについても行ったが、消光分子の有無で発光寿命に明確な差を観測できなかった。

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Electrostatic and Base Stacking Effects Define the End-to-end Collision Dynamics of Single-stranded DNA2013

    • 著者名/発表者名
      Takanori Uzawa, Takashi Isoshima, Yoshihiro Ito, Koichiro Ishimori, Dmitrii E. Makarov, and Kevin W Plaxco
    • 雑誌名

      Biophys.J.

      巻: (in press)

    • 査読あり
  • [学会発表] ルテニウム錯体に結合するRNA アプタマーの選出2012

    • 著者名/発表者名
      鵜澤 尊規、Thoa TRAN、伊藤 嘉浩
    • 学会等名
      光合成領域会議
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 年月日
      2012-12-17
  • [備考]

    • URL

      http://www.riken.jp/nano-med.eng.lab/home.html

URL: 

公開日: 2014-09-25  

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