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2013 年度 研究成果報告書

計算科学によるアミロイド形成中間体の構造解析

研究課題

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研究課題/領域番号 23770175
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生物物理学
研究機関千葉工業大学 (2012-2013)
名古屋大学 (2011)

研究代表者

山本 典史  千葉工業大学, 工学部, 助教 (30452163)

研究期間 (年度) 2011 – 2013
キーワードアミロイド / シミュレーション / タンパク質 / プリオン / 分子動力学
研究概要

プリオン病は,正常型プリオンタンパク質PrPCが異常型PrPScに変化し,PrPScが凝集したアミロイド線維が脳内に沈着することで発症する.プリオン病の初期過程では,PrPCの一部分が変性した過渡的中間体PrP*がPrPScへの構造変化を橋渡しする役割を担う.本研究は,PrP*の構造解析に取り組み,プリオン病の病態機序を明らかにすることを目的とした.PrP*の構造的特徴を抽出する手段として,二次構造情報に基づく新しいカーネル主成分分析(SSPCA)を開発した.SSPCAを適用した結果,PrP*の有力な候補として,PrPCの一部がヘリックス→ストランド転位した特徴的な変性状態を明らかにした.

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (1件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] A Minimal Implementation of the AMBER-PAICS Interface for Ab Initio FMO-QM/MM-MO Simulation2013

    • 著者名/発表者名
      Takuya Okamoto, Takashi Ishikawa, Yoshiyuki Koyano, Norifumi Yamamoto, Kazuo Kuwata, Masataka Nagaoka
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: Vol. 86 ページ: 210-222

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hot Spot of Structural Ambivalence in Prion Protein Revealed by Secondary Structure Principal Component Analysis

    • 著者名/発表者名
      Norifumi Yamamoto
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry

      巻: (投稿中)

    • 査読あり
  • [学会発表] プリオン形成中間体の構造解析2013

    • 著者名/発表者名
      山本典史
    • 学会等名
      分子科学討論会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2013-09-27
  • [図書] 第一原理計算~構造最適化に向けた材料・デバイス別事例集~2012

    • 著者名/発表者名
      山本典史,他
    • 総ページ数
      56-71
    • 出版者
      情報機構

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公開日: 2015-06-25  

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