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2013 年度 研究成果報告書

長時間全原子シミュレーションによるタンパク質揺らぎの解明

研究課題

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研究課題/領域番号 23770180
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 生物物理学
研究機関横浜市立大学

研究代表者

渕上 壮太郎  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 助教 (00381468)

研究期間 (年度) 2011 – 2013
キーワード生物物理 / 蛋白質 / シミュレーション / 揺らぎ
研究概要

近年の計算機の目覚ましい発展にともない,タンパク質の運動を分子動力学シミュレーションで再現することができるようになった.しかし,タンパク質の複雑多様な運動の実態を把握・理解することは未だ容易ではない.
そこで我々は,シミュレーション結果からタンパク質の主要な運動を特定・抽出するために,タンパク質の「遅い運動」に着目し,シミュレーション結果から効率的に同定するための手法として「時間構造に基づいた独立成分分析(tICA)」を提案し,実際,この解析手法が有用であることを示した.

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2014 2013 2012 2011

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (12件)

  • [雑誌論文] 独立成分分析tICAでタンパク質の複雑な運動を解きほぐす2014

    • 著者名/発表者名
      渕上壮太郎
    • 雑誌名

      統計数理

      巻: 第62巻,第2号(印刷中)

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/editsec/toukei/index.html

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Slow dynamics of a protein backbone in molecular dynamics simulation revealed by time-structure based independent component analysis2013

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Naritomi and Sotaro Fuchigami
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 139(21) ページ: 215102

    • DOI

      10.1063/1.4834695

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Slow dynamics in protein fluctuations revealed by time-structure based independent component analysis: The case of domain motions2011

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Naritomi and Sotaro Fuchigami
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 134(6) ページ: 065101

    • DOI

      10.1063/1.3554380

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 独立成分分析tICAによるタンパク質ダイナミクスの解析2011

    • 著者名/発表者名
      渕上壮太郎
    • 雑誌名

      分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」

      巻: Vol.13,No.4 ページ: 61-166

    • DOI

      10.11436/mssj.13.161

  • [学会発表] 独立成分分析tICAを用いたタンパク質主鎖二面角のダイナミクス解析II2014

    • 著者名/発表者名
      渕上壮太郎
    • 学会等名
      日本物理学会第69回年次大会
    • 発表場所
      平塚市・東海大学湘南キャンパス
    • 年月日
      2014-03-30
  • [学会発表] Slow dynamics of protein backbone in molecular dynamics simulation revealed by time-structure based independent component analysi2013

    • 著者名/発表者名
      Sotaro Fuchigami
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      京都市・国立京都国際会館
    • 年月日
      2013-10-28
  • [学会発表] 独立成分分析tICAを用いたタンパク質主鎖二面角のダイナミクス解析2013

    • 著者名/発表者名
      渕上壮太郎
    • 学会等名
      日本物理学会2013年秋季大会
    • 発表場所
      徳島市・徳島大学常三島キャンパス
    • 年月日
      2013-09-27
  • [学会発表] 独立成分分析tICAによるタンパク質主鎖二面角の遅い運動の解析2013

    • 著者名/発表者名
      渕上壮太郎
    • 学会等名
      第7回分子科学討論会
    • 発表場所
      京都市・京都テルサ
    • 年月日
      2013-09-26
  • [学会発表] リジン,アルギニン,オルニチン結合タンパク質の立体構造変化の鍵となる相互作用:変異体シミュレーションによる検証2013

    • 著者名/発表者名
      渕上壮太郎
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      鳥取市・とりぎん文化会館
    • 年月日
      2013-06-14
  • [学会発表] タンパク質シミュレーションのレアイベント解析と複数比較2013

    • 著者名/発表者名
      渕上壮太郎
    • 学会等名
      日本物理学会第68回年次大会
    • 発表場所
      東広島市・広島大学東広島キャンパス
    • 年月日
      2013-03-27
  • [学会発表] Rare events in protein simulation revealed by using time-structure based independent component analysis2013

    • 著者名/発表者名
      Sotaro Fuchigami
    • 学会等名
      Biophysical Society 57th Annual Meeting
    • 発表場所
      Pennsylvania Convention Center, Philadelphia, Pennsylvania
    • 年月日
      2013-02-03
  • [学会発表] 独立成分分析tICAによるタンパク質シミュレーションのレアイベント解析2012

    • 著者名/発表者名
      渕上壮太郎
    • 学会等名
      日本物理学会2012年秋季大会
    • 発表場所
      横浜市・横浜国立大学常盤台キャンパス
    • 年月日
      2012-09-20
  • [学会発表] タンパク質の長時間シミュレーション中に含まれるレアイベントの解析2012

    • 著者名/発表者名
      渕上壮太郎
    • 学会等名
      第6回分子科学討論会
    • 発表場所
      文京区・東京大学本郷キャンパス
    • 年月日
      2012-09-18
  • [学会発表] 独立成分分析tICAによるタンパク質ダイナミクスの解析2012

    • 著者名/発表者名
      渕上壮太郎
    • 学会等名
      日本物理学会第67回年次大会
    • 発表場所
      西宮市・関西学院大学西宮上ヶ原キャンパス
    • 年月日
      2012-03-24
  • [学会発表] Slow dynamics in protein fluctuations revealed by time-structure based independent component analysis2012

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Naritomi, Sotaro Fuchigami
    • 学会等名
      Biophysical Society 56th Annual Meeting
    • 発表場所
      San Diego Convention Center, San Diego, California
    • 年月日
      2012-02-29
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるタンパク質の遅い運動の解析2011

    • 著者名/発表者名
      成富佑輔、渕上壮太郎
    • 学会等名
      第5回分子科学討論会
    • 発表場所
      札幌市・札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2011-09-20

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公開日: 2015-06-25  

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