スプライシングアイソフォーム間の機能部位の差異推定法の開発

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23770187
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 生物物理学
• 研究機関: 長浜バイオ大学
• 研究代表者: 塩生 真史 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 講師 (30345847)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• キーワード: バイオインフォマティクス / 選択的スプライシング / 機能予測 / 立体構造予測データベース / 次世代シーケンサ / プロテオミクス

研究概要

選択的スプライシングにより生じるタンパク質(スプライシングアイソフォーム)の中で、機能が明らかになっている例は少ない。そこで、個々のスプライシングアイソフォームがそもそも機能を持つかどうかを推定する方法の開発を行った。開発した方法を用いて、タンパク質の立体構造形成に重要な疎水性コアの一部を欠失するスプライシングアイソフォームの評価を行ったところ、実際には約20%程度のスプライシングアイソフォームが機能を持つ可能性を初めて明らかにした。

研究成果

• [雑誌論文] a functional annotation tool for putative proteins encoded by alternatively spliced transcripts. (2012)
  • 著者名/発表者名: Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko GoAS-EAST
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 28 ページ: 2076-2077
  • DOI: doi:10.1093/bioinformatics/bts320
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel score function for modeling multidomain protein structures with domain linker and interface restraints. (2012)
  • 著者名/発表者名: Satoru Hirako, Masafumi Shionyu DINE
  • 雑誌名: IPSJ Transaction on Bioinformatics 巻: 5 ページ: 18-26
  • DOI: doi:10.2197/ipsjtbio.5.18
  • 査読あり
• [学会発表] Conservation and expression analyses of splicing isoforms lacking part of the hydrophobic core (2012)
  • 著者名/発表者名: Shiori Ikeda, Ken-ichi Takahashi, Masafumi Shionyu
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2012-12-14
• [学会発表] Development of a functional and structural annotation tool of novel protein isoforms produced by alternative splicing (2012)
  • 著者名/発表者名: Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go
  • 学会等名: 日本生物物理学会第50回年会
  • 発表場所: 愛知
  • 年月日: 2012-09-23
• [学会発表] 塩生真史保存された選択的スプライシングがタンパク質疎水性コアに与える影響の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 池田志織,高橋健一
  • 学会等名: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 愛知
  • 年月日: 2012-06-22
• [学会発表] Comprehensive analysis of the effects of alternative splicing on protein structures (2011)
  • 著者名/発表者名: Shiori Ikeda, Ken-ichi Takahashi, Masafumi Shionyu
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神奈川
  • 年月日: 2011-12-14
• [学会発表] AS-EAST: a web tool for functional annotation of protein isoforms produced by alternative splicing (2011)
  • 著者名/発表者名: Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神奈川
  • 年月日: 2011-12-14
• [学会発表] 塩生真史タンパク質立体構造の疎水性コアに対する選択的スプライシングの影響 (2011)
  • 著者名/発表者名: 池田志織,高橋健一
  • 学会等名: 第11回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2011-06-08
• [備考] AS-ALPS データベース
  • URL: http://as-alps.nagahama-i-bio.ac.jp/
• [備考] AS-EAST オンラインツール
  • URL: http://as-alps.nagahama-i-bio.ac.jp/ASEAST