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大きな研究目的は、マウス初期胚発生時の着床後エピブラストに相当する時期に起きるヘテロクロマチン形成の分子基盤の解明である。これまでの研究からこの時期に常染色体上に広く形成される条件的へテロクロマチンはその形成時期及び様式が雌Ｘ染色体不活性化と類似しており、両者の分子基盤が一部重複する可能性が示唆された。Ｘ染色体不活性化は検出の簡便性が大きな利点である。そこでまず、（１）Ｘ染色体不活性化に関与する遺伝子群の網羅的スクリーニングを試み、（２）１で得られた遺伝子リストから常染色体のヘテロクロマチン化にも関与する因子を同定することを目指した。材料には、不活性Ｘ染色体を形成して間もない発生段階のよいモデルと判断した雌ＥＣ細胞株ＭＣ１２を用いた。まず分化細胞で高発現する候補遺伝子をリストアップした。次にsiRNAスクリーニングを行った。第一の指標として不活性Ｘ上のHprt遺伝子の再活性化を、次に不活性Ｘの後期複製解除を指標としてスクリーニングを行った所、不活性Ｘ染色体維持に関わる４つの候補遺伝子を得た。スクリーニングの系の妥当性が確認できたため、さらにCellecta社のマウス・レンチウイルスshRNAライブラリーを用いて大規模スクリーニングを行った。次世代シークエンサーによる大規模配列解析により、Hprt遺伝子再活性化を促す候補遺伝子を多数得た。現在これらの解析を進めている。一方、先に挙げた４つの候補について、これらのsiRNAによって常染色体上の条件的へテロクロマチンが解除されるか否かを検討した。常染色体上の条件的ヘテロクロマチンドメインの核内配置を調べた所、驚くべきことにＭＣ１２へのsiRNA導入によってドメインは核膜周辺から核内部へと移行した。この結果はsiRNAによる条件的ヘテロクロマチン解除を示唆しており、不活性Ｘ染色体と常染色体の一部が協調制御されるとする仮説を支持した。
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