ＡＬＬーａｎｄーＮｏｎｅ法を用いた網羅的プロテオミクスによる膜性腎症抗原の同定

2013 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 23790933
• 研究機関: 新潟大学
• 研究代表者: アブデルガワッド サマー 新潟大学, 医歯(薬)学総合研究科, 研究員 (50529469)
• キーワード: プロテオミクス / 腎臓 / レベル フリー / FFPE

研究概要

私たちは、このプロジェクトで、膜性腎症の病態、病因を明らかにすることを目的にして研究を行ってきた。
私たちが考案した方法である、ショットガン法によるプロテオーム解析と、単純かつ効果的なヴィジュアル ベーシック言語(VBA)を組み合わせた方法（All and None方法）を用いて、膜性腎症の30症例の腎組織で、解析を行った。まず、膜性腎症の腎組織切片で病変が認められた糸球体をレーザーマイクロダイセクション(MMI, CellCut)で切り取り、50個の糸球体を集めた。その後、それらの糸球体からタンパク質を抽出し、トリプシンで消化し、c－18カラムのステージチップで精製後得られたペプチド（50個の糸球体から1マイクログラム）を用いて、ハイパフォーマンス質量分析装置（LC-MS/MS）で分析、解析を行った。また、正常腎組織切片を用いて、同様に解析を行い、比較対照とした。タンパク質の同定には、マスコット解析ソフトを用いた。
その結果から、膜性腎症の糸球体で特徴的な、病因、病態にかかわると思われるタンパク質を選び出し、そのプロテオーム情報をまとめた。また、これらのタンパク質のいくつかについて、発表されている文献を参照し、より詳細な検討を行った。更に、このデータをHuman Kidney and Urine Proteome Project (HKUPP)のデータベースと統合させ、膜性腎症の病態生理学的解明に役立てていきたい。

研究成果

• [雑誌論文] Basics and recent advances of two dimensional- polyacrylamide gel electrophoresis. (2014)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S, Enany S, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Zureena Z, Lokamani I, Yaoita E, Yamamoto T.
  • 雑誌名: Clin Proteomics 巻: 15 ページ: 1-16
  • DOI: doi:10.1186/1559-0275-11-16
• [雑誌論文] Deep Proteome Mapping of Mouse Kidney Based on OFFGel Prefractionation Reveals Remarkable Protein Post- Translational Modifications. (2014)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S, Yamamoto K, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Fujinaka H, Yaoita E, Yates JR 3rd, Yamamoto T
  • 雑誌名: J Proteome Res. 巻: 17 ページ: -
  • DOI: DOI: 10.1021/pr401122m
• [雑誌論文] Decreased urinary calbindin 1 levels in proteinuric rats and humans with distal nephron segment injuries. (2013)
  • 著者名/発表者名: Iida T, Fujinaka H, Xu B, Zhang Y, Magdeldin S, Nameta M, Liu Z, Yoshida Y, Yaoita E, Tomizawa S, Saito A, Yamamoto T.
  • 雑誌名: Clin Exp Nephrol. 巻: 18 ページ: -
  • DOI: 10.1007/s10157-013-0835-3
• [学会発表] Deep Proteome Mapping of Mouse Kidney Based on OFFGel Prefractionation Reveals Remarkable Protein Post- Translational Modifications. (2013)
  • 著者名/発表者名: Sameh Magdeldin
  • 学会等名: Hupo 2013
  • 発表場所: Yokohama, Japan
  • 年月日: 20130914-20130918