ＡＬＬーａｎｄーＮｏｎｅ法を用いた網羅的プロテオミクスによる膜性腎症抗原の同定

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23790933
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 腎臓内科学
• 研究機関: 新潟大学
• 研究代表者: アブデルガワッド サマー 新潟大学, 医歯(薬)学総合研究科, 研究員 (50529469)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• キーワード: 腎臓 / プロテオミクス / ラベルフリー定量 / 膜性腎症

研究概要

膜性腎症抗原同定を目的として、腎生検試料 (30例）をショットガン質量分析解析と新たに開発した「All and None」ソフトウエアにより糸球体プロテオーム解析を行った。病変の認められた腎生検試料切片からLaser microdissectionにより50個の糸球体を回収し質量分析の試料とした。タンパク質の同定にはMascotとProluCIDを用いた。膜性腎症群と対照群プロテオームとの比較から、膜性腎症に特徴的に増加或は減少しているタンパク質をAll and None法で特定し、Gene Ontology解析で関連するBiological Processを見出した（HKUPPに公表予定）。

研究成果

• [雑誌論文] Deep proteome mapping of mouse kidney based on OFFGel prefractionation reveals remarkable protein post-translational modifications (2014)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S, Yamamoto K, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Fujinaka H, Yaoita E, Yates JR III, Yamamoto T
  • 雑誌名: J Proteome Res 巻: 13 ページ: 1636-1646
  • DOI: 10.1021/pr401122m
  • 査読あり
• [雑誌論文] Heparin increasing podocyte-specific gene expressions (2014)
  • 著者名/発表者名: Yaoita E, Yoshida Y, Nameta M, Zhang Y, Fujinaka H, Magdeldin S, Xu B, Yamamoto T
  • 雑誌名: Nephrology 巻: 19 ページ: 195-201
  • DOI: 10.1111/nep.12207
  • 査読あり
• [雑誌論文] Profiling and annotation of human kidney glomerulus proteome (2013)
  • 著者名/発表者名: Cui Z, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Nameta Mm Magdeldin S, Makiguchi T, Ikoma T, Fujinaka H, Yaoita E, Yamamoto T
  • 雑誌名: Proteome Sci 巻: 11 ページ: 13
  • DOI: 10.1186/1477-5956-11-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Decreased urinary calbindin 1 levels in proteinuric rats and humans with distal nephron segment injuries (2013)
  • 著者名/発表者名: Iida T, Fujinaka H, Xu B, Zhang Y, Magdeldin S, Nameta M, Liu Z, Yoshida Y, Yaoita E, Tomizawa S, Saito A, Yamamoto T
  • 雑誌名: Clin Exp Nephrol 巻: (Epub ahead of print)
  • DOI: 10.1007/s10157-013-0835-3
  • 査読あり
• [雑誌論文] Toward deciphering proteomes of formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues (2012)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S, Yamamoto T
  • 雑誌名: Proteomics 巻: 12 ページ: 1045-1058
  • DOI: 10.1002/pmic.201100550
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparison of human glomerulus proteomic profiles obtained from low quantities of samples by different mass spectrometry with the comprehensive database (2011)
  • 著者名/発表者名: Zhang Y, Yoshida Y, Xu B, Magdeldin S, Fujinaka H, Liu Z, Miyamoto M. Yaoita E, Yamamoto T
  • 雑誌名: Proteom Sci 巻: 9 ページ: 47
  • DOI: 10.1186/1477-5956-9-47
  • 査読あり
• [学会発表] Evaluation of OFFGel-based prefractionation approach in combination with in-solution or ultra-filtration protein digestion (2013)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Yaoita E, Yamamoto T
  • 学会等名: HUPO 12th Annual World Congress 2013
  • 発表場所: Yokohama, Japan
  • 年月日: 20130914-18
• [学会発表] Multi enzyme direct digestion and uHPLC-MS/MS analysis of formalin-fixed, paraffin-embedded laser micro dissected specimens (2012)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Yaoita E, Yamamoto T
  • 学会等名: HUPO 11th Annual World Congress 2012
  • 発表場所: Boston, MA, U.S.A.
  • 年月日: 20120909-13
• [学会発表] Characterization and building up a comprehensive murine colon proteome catalogue (2011)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Yaoita E, Yamamoto T
  • 学会等名: HUPO 10th Annual World Congress 2011
  • 発表場所: Geneva, Switzerland
  • 年月日: 20110904-07
• [図書] Clin Proteomics (2014)
  • 著者名/発表者名: Magdeldin S, Enany S, Yoshida Y, Xu B, Zhang Y, Zureena Z, Lokamani I, Yaoita E, Yamamoto T
  • 総ページ数: 11:16
  • 出版者: BioMed Central, London
• [備考] 新潟大学医歯学総合研究科腎研究施設構造病理学分野
  • URL: http://www.kidney-niigata.org/strpath/ind_j.html
• [備考] HumanKidneyandUrineProteomeProject(HKUPP)
  • URL: http://www.hekupp.org/DB.html