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本研究では、白血病原因蛋白質のRuntドメインに対するRNAアプタマーについて、その立体構造から、Runtドメインに対し、より高い親和性を有するRNAアプタマーを創製することが目的である。応募者は、このRNAアプタマーの立体構造を決定することに成功し、DNAを擬態した構造であることを明らかにしている。そこで、この立体構造情報を基にしてRuntドメインに高い特異性を有すると期待できる新規RNAアプタマーのデザインを行った。まずは、SELEXによって得られているRNAアプタマーについて、DNA擬態モチーフの立体構造情報をベースとし、二種類のRNAアプタマーを融合させたRNAアプタマーをデザインした。一通りデザインされたRNAアプタマーが用意できたら、それらとRuntドメインの相互作用解析を行うことで、デザインの妥当性について検討した。立体構造情報に基づいたデザインの妥当性については、RNAアプタマーとRuntドメインの相互作用について生体分子間相互作用解析装置（SPR）を用いて検討した。その結果、SELEXで得られたRNAアプタマーを超える親和性を持つRNAをデザインすることができた。さらに、そのRNAアプタマーを短鎖化することにも成功し、それらの結果からDNA擬態モチーフの上流および下流にインターナルループが配置し、その後ろにループを閉じるためのステムが必要であることが分かった。特にインターナルループの長さか塩基の種類、またはその両方が必要であることが示唆された。
このように従来のSELEXでは得られない配列を立体構造情報を基にデザインすることで，親和性を向上させることに成功した。このような、より強力なアプタマーを立体構造情報に基づいでデザインすることは、RNAアプタマーを用いた治療薬やセンサーなどの開発に貢献できると考えられる。
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