| 研究課題/領域番号 |
23H00341
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
五十嵐 圭日子 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (80345181)
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| 研究分担者 |
吉田 誠 東京農工大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (30447510)
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| 研究期間 (年度) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| キーワード | 木材腐朽菌 / 機械学習 |
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| 研究実績の概要 |
本年度は、単一の物質を使わずに、複数の基質の配合率を変えることで培地のバリエーションを出し、その時の木材腐朽菌の遺伝子発現を調べ、そのような培養系を用いて同じフォーマットでデータ取得をした。ヘミセルロース（キシラン、マンナン、ガラクタンなど）は、木材細胞壁のバリエーションを与えている化合物なので、五十嵐（東大）はその成分比を変えることで成長量、酵素生産（プロテオーム）データを体系的取得した。また、木材腐朽菌による木材の分解は固体が可溶化するプロセスが律速である。つまり、分解様式が異なれば残っている部分（木材であれば腐朽後の木材、固体基質であれば残渣）の化学的性質に違いが出てくるはずであり、そのような残渣に着目することも本研究の特徴と言えることから、吉田（農工大）は微生物学的手法を用いて遺伝子発現解析を行うとともに、分解途中の基質の変化にも焦点を当てた。さらに、本研究では、実際に腐朽実験を行ってデータを取得する（一般的にwetの実験と呼ばれる）だけでなく、計算科学（dry、本研究では主に機械学習）を用いた分類の高精度化にも取り組んだ。五十嵐は、「ランダムフォレスト」という機械学習の1つの手法を用いて、学習データ：テストデータ＝7：3で解析を行い、白色腐朽菌と褐色腐朽菌を分類できるアルゴリズムの構築を試みた。機械学習を用いた白色腐朽菌と褐色腐朽菌の分類に関する論文は、Applied and Environmental Microbiology誌に受理された。さらに白色木材腐朽菌が生産するセルラーゼの性質も明らかにし、Journal of Applied Glycoscience誌に2報論文を投稿した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
1: 当初の計画以上に進展している
理由
機械学習を用いた分類には90％程度の正確さを期待していたところ、98％という高い精度での推測が可能となった。
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| 今後の研究の推進方策 |
培養実験に関しては現状データの解析が追いついていないところであり、てこ入れが必要と感じている。その一方で、機械学習を用いた分類に関しては、樹種特異性の推測を目指して行く予定である。
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