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2023 年度 実績報告書

高次生命現象を支配するRNA生合成因子の機能発現分子基盤

研究課題

研究課題/領域番号 23H00368
研究機関東京大学

研究代表者

富田 耕造  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00345274)

研究期間 (年度) 2023-04-01 – 2026-03-31
キーワードRNA / 生合成 / 構造解析
研究実績の概要

機能性RNAの生体内での発現量の調節は高次生命現象の発現を支配する。本申請課題では、RNA生合成因子によるmiRNAの量的変動を調節する過程、スプライシングをコントロールするsnRNAの成熟化過程、ウイルスRNAなどの分解抑制過程に注目し、これらの過程に関わるRNA生合成因子の構造-機能相関解析を行った。具体的には、今年度は以下の結果、成果を得た。
1) U6 snRNAの成熟化に関わる酵素TUT1とU6 snRNA複合体のクライオ電子顕微鏡による構造決定を行い、TUT1のマルチドメインによるU6 snRNAの認識の全貌を明らかにした。2) U6のA43をメチル化する酵素(METTL16)のRNA結合ドメインであるKA-1とU6のISL(Internal Stem-Loop)RNAとの複合体のX線結晶構造解析に成功し、申請者が見出した新たなRNA結合ドメインであるKA-1による特異的なRNA認識の分子機構を明らかにした。3) また、METTL16とU6複合体のクライオ電子顕微鏡による構造解析を行い、METTL16によるU6 snRNA全体の認識の様子や、メチル化の反応機構に関する知見を得た。4) TUT4-Lin28-pre-let7三者複合体のクライオ電子顕微鏡による構造解析を行い、TUT4-Lin28によるpre-let7の認識、三者複合体に関する大まかな知見を得た。5) TENT4の触媒ドメインとヌクレオチド複合体のX線結晶構造による構造決定に成功し、ヌクレオチド認識の特異性の分子機構を明らかにした。
また、 上記以外に、tRNAの末端にヌクレオチドを付加し、蛋白質合成を阻害する酵素(MenT3)の基質特異性をX線構造解析、機能解析から明らかにし、またtRNAを切断する酵素(CdiA)とtRNAの複合体のクライオ電子顕微鏡による構造解析を行い、tRNA切断の分子機構を明らかにした。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

これまでに、U6 snRNAの成熟化に関わるRNA生合成因子とRNAとの複合体の構造解析に成功している。また、U6 snRNAの成熟化に関わる修飾酵素やmiRNAの代謝制御に関わるRNA生合成複合体のクライオ電子顕微鏡による解析から、これらの複合体のおおよその構造モデルを構築することに成功している。さらに、X線結晶構造解析、あるいはクライオ電子顕微鏡解析によってtRNAに作用する複数の酵素の構造解析、tRNAとの複合体の構造解析などに成功している。よって、当初の計画以上に進展していると自己評価した。

今後の研究の推進方策

今後は、高分解能のクライオ電子顕微鏡解析による構造決定を目指し、グリッドの改良やRNAや蛋白質の改変などを行う予定である。また、構造解析と同時に機能解析も行う予定である。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2024 2023

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (4件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Substrate specificity of <i>Mycobacterium tuberculosis</i> tRNA terminal nucleotidyltransferase toxin MenT32024

    • 著者名/発表者名
      Liu Jun、Yashiro Yuka、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu、Tomita Kozo
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1093/nar/gkae177

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mechanism of tRNA recognition by heterotetrameric glycyl-tRNA synthetase from lactic acid bacteria2023

    • 著者名/発表者名
      Nagato Yasuha、Yamashita Seisuke、Ohashi Azusa、Furukawa Haruyuki、Takai Kazuyuki、Tomita Kozo、Tomikawa Chie
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 174 ページ: 291~303

    • DOI

      10.1093/jb/mvad043

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mechanism of U6 snRNA oligouridylation by human TUT12023

    • 著者名/発表者名
      Yamashita Seisuke、Tomita Kozo
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 ページ: -

    • DOI

      10.1038/s41467-023-40420-9

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Structure and Mechanism of Terminal Nucleotidyltransferases -Tales of RNA tailsー2024

    • 著者名/発表者名
      富田耕造
    • 学会等名
      遺伝研研究会「エピトランスクリプトーム制御の分子機構と生理機能
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural basis of tRNA cleavage by a contact-dependent growth inhibitor protein from E. coli EC536 complexed with CysK2023

    • 著者名/発表者名
      Zhaohang Feng, Yuka Yashiro, Seisuke Yamashita, Kozo Tomita
    • 学会等名
      第46回 日本分子生物学会年会 (2023 12.06-06 、神戸ポートアイランド、神戸)
  • [学会発表] Substrate specificity of Mycobacterium tuberculosis nucleotidyltransferase toxin, MenT32023

    • 著者名/発表者名
      Jun Liu,Yuka Yashiro , Kozo Tomita
    • 学会等名
      第46回 日本分子生物学会年会 (2023 12.06-06 、神戸ポートアイランド、神戸)
  • [学会発表] The structural basis of tRNA cleavage by a contact-dependent growth inhibitor protein and biosynthetic enzyme CysK2023

    • 著者名/発表者名
      Zhaohang Feng, Yuka Yashiro, Seisuke Yamashita, Kozo Tomita
    • 学会等名
      第24回日本RNA学会年会 (20230704-0706) 沖縄

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公開日: 2024-12-25  

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