シングルセルエピゲノム解析による膵臓がん悪性化に関与する非翻訳長鎖RNAの同定

2023 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 23K06633
• 研究機関: 名古屋大学
• 研究代表者: 新城 恵子 名古屋大学, 医学系研究科, 講師 (40641618)
• 研究期間 (年度): 2023-04-01 – 2026-03-31
• キーワード: 長鎖非翻訳RNA / 膵臓がん

研究実績の概要

膵臓がんは難治性のがんであり、いまだ診断後の長期生存は極めて難しい。したがって膵臓がんの悪性化機序の解明、さらにその鍵となる分子を標的とした新規治療法の開発が求められている。近年の膵臓がんのシングルセル解析から、組織内の組織不均一性が明らかとなってきた。さらに予想以上にタンパク質コード遺伝子領域以外から転写される非翻訳RNAの発現の多様性と重要性が明らかになりつつある。従って膵臓がんの組織不均一性の機序解明には非翻訳RNA、とりわけ長鎖非翻訳RNA (lncRNA)に注目した悪性化分子機序の解明が喫緊の課題である。
本研究では膵臓がん悪性化に寄与するlncRNAを同定する。同定したlncRNAは詳細な機能解析を行い、膵臓がんの新たな治療標的としての可能性を評価する。
本年度は膵臓がんマウスモデルの膵臓を用いたscATAC-seqとscRNA-seqを実施し、候補遺伝子の同定を行った。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

KPCマウスを用いて膵臓がん悪性化に関わるlncRNAの同定を行うため、scATAC-seqとscRNA-seqを実施した。
悪性化に関わるlncRNAを複数同定した。このうち1個については、ヒト膵臓がん細胞株を用いて発現や局在の確認を行った。
同時に、がん関連線維芽細胞における重要な遺伝子の同定をすることができたため、この機能解析も行った。

今後の研究の推進方策

悪性化に関わるlncRNAの機能解析を進める。候補lncRNAの発現誘導条件や局在、結合タンパク質の同定などを予定している。
がん関連線維芽細胞における重要な遺伝子についても機能解析を進める。

次年度使用額が生じた理由

実験を工夫することで、今年度は支出を抑えることができた。次年度以降の実験に用いる予定である。

研究成果

• [雑誌論文] Astrocyte-induced mGluR1 activates human lung cancer brain metastasis via glutamate-dependent stabilization of EGFR (2024)
  • 著者名/発表者名: Ishibashi Kojiro、Ichinose Toshiya、Kadokawa Riki、Mizutani Ryo、Iwabuchi Sadahiro、Togi Sumihito、Ura Hiroki、Tange Shoichiro、Shinjo Keiko、Nakayama Jun、Nanjo Shigeki、Niida Yo、Kondo Yutaka、Hashimoto Shinichi、Sahai Erik、Yano Seiji、Nakada Mitsutoshi、Hirata Eishu
  • 雑誌名: Developmental Cell 巻: 59 ページ: 579～594.e6
  • DOI: 10.1016/j.devcel.2024.01.010
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mutation of the SWI/SNF complex component Smarce1 decreases nucleosome stability in embryonic stem cells and impairs differentiation (2024)
  • 著者名/発表者名: Kashiwagi Katsunobu、Yoshida Junko、Kimura Hiroshi、Shinjo Keiko、Kondo Yutaka、Horie Kyoji
  • 雑誌名: Journal of Cell Science 巻: 137 ページ: jcs260467
  • DOI: 10.1242/jcs.260467
  • 査読あり
• [雑誌論文] Rapid detection of the MYD88 L265P mutation for pre‐ and intra‐operative diagnosis of primary central nervous system lymphoma (2023)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi Junya、Ohka Fumiharu、Kitano Yotaro、Maeda Sachi、Motomura Kazuya、Aoki Kosuke、Takeuchi Kazuhito、Nagata Yuichi、Hattori Hikaru、Tsujiuchi Takashi、Motomura Ayako、Nishikawa Tomohide、Kibe Yuji、Shinjo Keiko、Kondo Yutaka、Saito Ryuta
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 114 ページ: 2544～2551
  • DOI: 10.1111/cas.15762
• [雑誌論文] Mutation detection of urinary cell-free DNA via catch-and-release isolation on nanowires for liquid biopsy (2023)
  • 著者名/発表者名: Takahashi Hiromi、Yasui Takao、Hirano Masaki、Shinjo Keiko、Miyazaki Yusuke、Shinoda Wataru、Hasegawa Takeshi、Natsume Atsushi、Kitano Yotaro、Ida Mikiko、Zhang Min、Shimada Taisuke、Paisrisarn Piyawan、Zhu Zetao、Ohka Fumiharu、Aoki Kosuke、Rahong Sakon、Nagashima Kazuki、Yanagida Takeshi、Baba Yoshinobu
  • 雑誌名: Biosensors and Bioelectronics 巻: 234 ページ: 115318～115318
  • DOI: 10.1016/j.bios.2023.115318
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fusobacterium infection facilitates the development of endometriosis through the phenotypic transition of endometrial fibroblasts (2023)
  • 著者名/発表者名: Muraoka Ayako、Suzuki Miho、Hamaguchi Tomonari、Watanabe Shinya、Iijima Kenta、Murofushi Yoshiteru、Shinjo Keiko、Osuka Satoko、Hariyama Yumi、Ito Mikako、Ohno Kinji、Kiyono Tohru、Kyo Satoru、Iwase Akira、Kikkawa Fumitaka、Kajiyama Hiroaki、Kondo Yutaka
  • 雑誌名: Science Translational Medicine 巻: 15 ページ: eadd1531
  • DOI: 10.1126/scitranslmed.add1531
  • 査読あり
• [雑誌論文] TUG1-mediated R-loop resolution at microsatellite loci as a prerequisite for cancer cell proliferation (2023)
  • 著者名/発表者名: Suzuki Miho M.、Iijima Kenta、Ogami Koichi、Shinjo Keiko、Murofushi Yoshiteru、Xie Jingqi、Wang Xuebing、Kitano Yotaro、Mamiya Akira、Kibe Yuji、Nishimura Tatsunori、Ohka Fumiharu、Saito Ryuta、Sato Shinya、Kobayashi Junya、Yao Ryoji、Miyata Kanjiro、Kataoka Kazunori、Suzuki Hiroshi I.、Kondo Yutaka
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 14 ページ: 4521
  • DOI: 10.1038/s41467-023-40243-8
  • 査読あり
• [学会発表] 新規LSD1阻害剤の開発と脳腫瘍に対する治療効果 (2023)
  • 著者名/発表者名: 新城恵子、梅原崇史、鈴木美穂、近藤 豊
  • 学会等名: 第16回エピジェネティクス研究会年会
• [学会発表] LSD1を標的とした脳腫瘍の新規治療薬の開発 (2023)
  • 著者名/発表者名: 新城恵子、梅原崇史、近藤 豊
  • 学会等名: 第27回分子標的治療学会学術集会
• [学会発表] 脳腫瘍を標的とした新規LSD1阻害剤の開発 (2023)
  • 著者名/発表者名: 新城恵子、梅原崇史、室伏 善照、鈴木美穂、近藤 豊
  • 学会等名: 第82回日本癌学会学術総会
• [図書] がんゲノムペディア“エピゲノム創薬” (2024)
  • 著者名/発表者名: 新城恵子、近藤豊
  • 総ページ数: 254
  • 出版者: 羊土社
  • ISBN: 978-4-7581-2130-9
• [図書] 遺伝を考える“エピジェネティクス” (2023)
  • 著者名/発表者名: 新城恵子、近藤 豊
  • 総ページ数: 309
  • 出版者: 日本医師会雑誌
• [図書] 胆と膵 (2023)
  • 著者名/発表者名: 新城恵子、近藤豊
  • 総ページ数: 101
  • 出版者: 医学図書出版
  • ISBN: 978-4-86517-540-0