• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2023 年度 実施状況報告書

ゲノムDNAの巨視的動態と遺伝子制御: 一分子DNA実時間観察によるアプローチ

研究課題

研究課題/領域番号 23K14159
研究機関同志社大学

研究代表者

西尾 天志  同志社大学, 研究開発推進機構, 嘱託研究員 (70964138)

研究期間 (年度) 2023-04-01 – 2026-03-31
キーワード長鎖DNA一分子観察 / DNA高次構造 / 遺伝子発現活性
研究実績の概要

ポリアミン(スペルミン)によって、遺伝子発現活性を様々に制御した条件下で、無細胞系遺伝子発現に対する抗がん剤ダウノマイシン(DM)の作用を調べた。その結果、低濃度DM存在下での弱い発現促進と、DM濃度依存的に引き起こされる発現の抑制という二相性の効果が観察された。さらに、原子間力顕微鏡により、ゲノムサイズDNAの高次構造に対するDMの作用を調べたところ、DM低濃度ではDNAの伸張を引き起こし、一方、高濃度ではスペルミンによって形成されたFlower-like structureを破壊することが明らかにした。DMが引き起こすDNA高次構造あるいは二本鎖切断によって遺伝子発現活性が影響を受けるという本研究成果は、従来の研究では知られることの無かった、DMのDNAへの直接的な作用を明らかにした新規性の高いものとなっている。
DNAの二本鎖切断は細胞内で最も毒性が強く、ゲノムの不安定化をもたらし、がんや細胞死を引き起こすことが知られている。本研究では、蛍光顕微鏡を用いた100キロ塩基対を超える長鎖DNAの溶液中一分子観察により、DNAの二本鎖切断をリアルタイムに観察し定量的に評価することを行った。その結果、コーヒー、お茶、ワインや野菜に多く含まれている天然ポリフェノールのクロロゲン酸が、数マイクロMレベルの低濃度でも二本鎖切断を抑制する、つまり、DNAに対して顕著な保護作用を示すことを見出した。さらに、一本鎖切断がDNA鎖に沿ってランダムに起こることによって、二本鎖切断が引き起こされるといった、切断のメカニズムを明らかにした。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

細胞内外の環境変化を想定し、ポリアミンの濃度変化によって長鎖DNAの高次構造を変化させた上で、実際に抗がん剤として使用されている、DMがDNAの高次構造と遺伝子発現活性にどのような影響を与えるのか検討を進めたところ、DMが引き起こすDNA高次構造あるいは二本鎖切断によって遺伝子発現活性が影響を受けるという、当初想定していた以上に興味深い結果が得られ、その究明を進めたため。また、DNAの高次構造や遺伝子発現活性に影響を及ぼすファクターの新たな候補を探索するための予備的実験を進める中で、クロロゲン酸がDNAの二本鎖切断に対して保護効果を示すという、想定外の興味深い現象を見出し、その究明を進めたため。

今後の研究の推進方策

本年度は、上記以外にも、予備的な段階ではあるが、予想外に興味深い結果が多く得られた。そのため、今後の研究の推進方策として、これらの成果をより発展させ国際論文誌への投稿を進める。同時に、ヒストンたんぱくと長鎖DNAの複合体を作成しより発展的な研究を推進していく。

次年度使用額が生じた理由

所属研究室にて、使用試薬のストックが想定したより多く残っていたため。
次年度使用額は今後の研究計画遂行に必要な試薬、機器購入などに使用する予定である。また、今年度得られた研究成果発表のため、追加実験に必要な消耗品購入、論文投稿の投稿費、オープンアクセス費用、英文校閲費用、学会発表にかかる費用として使用する。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2023 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 2件)

  • [国際共同研究] TUD Dresden University of Technology(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      TUD Dresden University of Technology
  • [雑誌論文] The Anticancer Drug Daunomycin Directly Affects Gene Expression and DNA Structure2023

    • 著者名/発表者名
      Nishio Takashi、Shimada Yohji、Yoshikawa Yuko、Kenmotsu Takahiro、Schiessel Helmut、Yoshikawa Kenichi
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 24 ページ: 6631~6631

    • DOI

      10.3390/ijms24076631

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Chlorogenic Acid Protects DNA against Double-strand Breaks: Evidence from Single Molecule Observation2023

    • 著者名/発表者名
      Ogawa Haruto、Nishio Takashi、Yoshikawa Yuko、Sadakane Koichiro、Yoshikawa Kenichi
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 52 ページ: 524~527

    • DOI

      10.1246/cl.230171

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Effects of polyamines on the structure and material properties of microdroplets encapsulating genome-sized DNA2023

    • 著者名/発表者名
      Takashi Nishio, Helmut Schiessel
    • 学会等名
      4DGenomics2023 Investigating, modelling and understanding the genome in space and time
    • 国際学会
  • [学会発表] Quantitative evaluation of DNA double-strand breaks caused by active-oxygen through single molecule observation: Protection and enhancement with coexisting chemicals2023

    • 著者名/発表者名
      Haruto Ogawa, Takashi Nishio, Yuko Yoshikawa, Koichiro Sadakane, Kenichi Yoshikawa
    • 学会等名
      ICBP2023: International Conference Biological Physics
    • 国際学会
  • [学会発表] 一分子観察によるDNA二本鎖切断の定量的解析:抗酸化物質の保護効果2023

    • 著者名/発表者名
      小川遥士、西尾天志、吉川祐子、貞包浩一朗、吉川研一
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] 抗がん剤ヒドロキシ尿素によるDNA高次構造と遺伝子発現に対する影響2023

    • 著者名/発表者名
      小川遥士、西尾天志、吉川祐子、貞包浩一朗、吉川研一
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 抗がん剤ヒドロキシ尿素によるDNA高次構造と遺伝子発現の特異的変化2023

    • 著者名/発表者名
      小川遥士、西尾天志、吉川祐子、貞包浩一朗、吉川研一
    • 学会等名
      溶液化学研究会若手の会 第3回冬季発表会(2023)

URL: 

公開日: 2024-12-25  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi