| 研究課題/領域番号 |
23K17514
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| 研究機関 | 総合研究大学院大学 |
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研究代表者 |
澤藤 りかい 総合研究大学院大学, 統合進化科学研究センター, 日本学術振興会特別研究員(CPD) (50814612)
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| 研究期間 (年度) |
2023-06-30 – 2025-03-31
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| キーワード | 古代DNA / メタゲノム |
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| 研究実績の概要 |
本研究の目的は、古代のメタゲノムサンプル(歯石・土壌など様々な生物のゲノムを含む試料)から動植物の分類群の確実な同定を行うことである。特に動植物に関しては、食物や環境など得られる情報が多い一方で、確実な分類群の同定は現段階で難しい側面がある。DNAの濃縮を組み合わせ、動物・植物の確実な同定を行い、かつ古代DNAの特徴(デアミネーション)を確認することで、より精度の高い情報が得られる。また、この手法を様々な試料に応用することで、考古学や文化財科学、人類学などの分野に貢献できると考えられる。
本年度は特に歯石・土壌のメタゲノムサンプルの古代DNAに関して、主にショットガンデータの動植物同定のパイプラインの検討を行った。refseqなどのミトコンドリア・葉緑体ゲノムのデータベースを用い、同時にバクテリアのデータベース(GTDBなど)も用い、全てまとめた一つのデータベースを作成し、その配列データベースをインデックス化しbowtie2でアライメントを行った。このような操作を行うことで、バクテリアなど動植物以外の誤同定を防ぎ、偽陽性を減らすことができた。またkrakenなどk-merベースの生物種同定法は偽陽性が高く、あまり信頼性が高い結果が得られないことも分かった。今後はデータベースを核ゲノムへと広げ、またターゲットキャプチャを用いることで、より効率的かつ網羅性の高い動植物同定法を作成していく。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
おおむね予定通りの進行であり、解析手法も問題なく施行できている。
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| 今後の研究の推進方策 |
今後は動植物のターゲットキャプチャの解析を進めていく予定である。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
当該年度にターゲットキャプチャの発注を行うことを想定していたが、当該年度はショットガンシーケンスの解析を中心に進めそちらの解析に時間がかかったためターゲットキャプチャの発注を当該年度に行うことができなかった。次年度にこの分を繰り越して用いる予定である。
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