| 研究課題/領域番号 |
20H04282
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究機関 | 名古屋大学 |
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研究代表者 |
松井 佑介 名古屋大学, 医学系研究科(保健), 准教授 (90761495)
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| 研究分担者 |
阿部 雄一 愛知県がんセンター(研究所), 分子診断TR分野, 研修生 (30731632)
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| 研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2025-03-31
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| キーワード | プロテオゲノム解析 / 選択的スプライシング解析 / Percent Splice In / イントロン保持 |
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| 研究実績の概要 |
本年度は、スプライシング異常とタンパク質異常の関連性を解析するために、スプライシングイベント解析および機能的推定アルゴリズムの開発を行なった。具体的にはRNAseq配列データからPercent Splice In (PSI) を推定するためのパイプラインを構築し、疾患群で変動しているスプライシングイベントを推定ができる環境を構築した。また、スプライシング解析の課題である機能推定の問題に対して、アイソフォーム発現と統合して信頼性の高いスプライシングイベントをフィルターする計算アルゴリズムを開発して、それらを用いた機能推定方法を開発した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
ゲノム変異以外の変異情報に基づくプロテオゲノム解析へ向けた解析基盤が整った。
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| 今後の研究の推進方策 |
タンパク質情報を統合するプロテオゲノム解析を実施して、同定した異常スプライシングをペプチドレベルで検証する手法を開発する。
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