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2023 年度 実績報告書

空間制限液滴内でのタンパク質構造変化・反応の時間分解検出と液滴の特性解明

研究課題

研究課題/領域番号 21H01885
配分区分補助金
研究機関京都大学

研究代表者

寺嶋 正秀  京都大学, 理学研究科, 教授 (00188674)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2025-03-31
キーワードタンパク質 / 反応 / 時間分解 / 顕微鏡 / 液滴
研究実績の概要

本年は、微小領域の分子運動や熱力学量計測を可能にするTG測定システムの改良を引き続き試みた。これまでのシステムでは、まだ感度と空間分解能が不足していたため、新しい対物レンズや非球面レンズを使ったシステムに改造した。また、感度を向上させるため、光学マスクを用いて2本に分割した励起パルスと、位相整合させたプローブ光を凹面鏡で集光し、ヘテロダイン検出を行った。これらの方法で、数10マイクロメートルの分解能が得られていることを確認し、両方の感度やセッティングのしやすさなどを比較した。その結果、ホモダイン検出の方が簡便でよい結果が得られることが分かった。また、このシステムを用いて制限空間効果を観測するため、微小なセルをナノ技術を用いて作成した。このサンプルセルを用いるには、通常の顕微鏡のようにサンプルを水平におく配置が望ましいため、立体型の顕微鏡システムを構築し始めた。
さらに、ヘリオロドプシンと呼ばれている新規に見つかったロドプシンファミリーのタンパク質構造変化を過渡回折格子法で研究し、他の手法では見られない構造変化を明らかにした。また、ATPを加水分解して生体で重要な信号伝達物質であるサイクリックAMP合成を行う触媒機能を持ったOaPACの反応解析を行った。その結果、円二色性分光法でも小角X線散乱法でも見られない構造変化を拡散係数変化として検出することに成功し、その時間分解測定から反応スキームを明らかにすることに成功した。さらに、この反応には2光子が必要であることも構造変化とcAMP合成速度の光強度依存性から見出して、OaPACは光強度センサーとしても働いていることを示した。AMPは生体内で重要な働きをすることから、これらの知見は、光遺伝学ツールとしても重要になるであろう。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

新しい対物レンズや非球面レンズを使ったシステムに改造して、マイクロメートル領域での熱グレーティング信号やタンパク質反応で起こる拡散係数変化を時間分解で検出できた。また、通常の顕微鏡のようにサンプルを水平におく配置が色々な測定には望ましいため、立体型の顕微鏡システムを構築し始めた。マイクロストップドフローシステムを作成し、過渡回折格子法と組み合わせることで溶液交換によって誘起される変化を時間分解で追跡できるようにできたほか、マイクロメートルサイズのセルを作成して制限空間効果を観測するための準備が整った。
また、光誘起で液液相分離を起こすTePixDを発見し、いくつかの変異体を作成することでその原因を追及した。一方で、ATP特異的に液液相分離を起こすタンパク質も発見し、その特性を調べつつある。
こうした測定のためには、タグと呼ばれる精製用に必要な残基をN末やC末につけたタンパク質を使って研究されることがほとんどであったが、SyPixDという青色光センサータンパク質のこうしたタグの構造的安定性への影響を調べ、タグが存在することで多量体構造が容易に変化することを見出した。これは今後の測定する反応系の選択や準備の時に重要となる発見である。

今後の研究の推進方策

液液相分離を起こす原因を探るため、液液相分離を起こすことを新規に発見したTePixDやOaPACなどのタンパク質の反応スキームを時間分解過渡回折格子法で調べ、どのような分子間相互作用が重要かなどを明らかにする。また、微小空間における反応特性を明らかにするために、マイクロセルを用いて制限空間内での反応がバルク中の反応とどのように異なるかを調べる。比較測定対象として、バルク中における光センサータンパク質反応機構の解明も引き続いて行う。例えば、我々が開発してきたeBLUFという光センサータンパク質を用いる。このタンパク質の光誘起の選択的ダイマー化反応を詳細に調べ、光遺伝学などへの応用も検討する。

  • 研究成果

    (28件)

すべて 2024 2023

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (23件) (うち国際学会 5件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Time-resolved detection of light-induced conformational changes of heliorhodopsin2023

    • 著者名/発表者名
      Y. Nakasone, Y. Kawasaki, M. Konno, K. Inoue, M. Terazima
    • 雑誌名

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      巻: 25 ページ: 12833-12840

    • DOI

      10.1039/D3CP00711A

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Effects of N- and C-terminal regions on oligomeric formation of blue light sensor protein SyPixD2023

    • 著者名/発表者名
      S. Tokonami, Y. Nakasone, M. Terazima
    • 雑誌名

      Protein Sci.

      巻: 32 ページ: e4658

    • DOI

      10.1002/pro.4658

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Conformational change in an engineered biliverdin-binding cyanobacteriochrome during the photoconversion process2023

    • 著者名/発表者名
      Y. Takeda, I. Ohtsu, T. Suzuki, Y. Nakasone, K. Fushimi, M. Ikeuchi, M. Terazima, H. Dohra, R. Narikawa
    • 雑誌名

      Archives of Biochem.Biophys.

      巻: 745 ページ: 109715(1-12)

    • DOI

      10.1016/j.abb.2023.109715

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Time-resolved study on signaling pathway of photoactivated adenylate cyclase and its nonlinear optical response2023

    • 著者名/発表者名
      Y. Nakasone, H. Murakami, S. Tokonami, T. Oda, M. Terazima
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem.

      巻: 299 ページ: 105285(1-14)

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.105285

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Time-resolved diffusion method to detect and reveal protein reactions leading to their functions2023

    • 著者名/発表者名
      M. Terazima
    • 雑誌名

      Bull. Chem. Soc. Jpn

      巻: 96 ページ: 852- 871

    • DOI

      10.1246/bcsj.20230131

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 光誘起フォールディング反応ダイナミクスに対するクラウディング効果2024

    • 著者名/発表者名
      藤原圭梧、中曽根祐介、中岡育也、大田帆香、川越聡一郎、石森浩一郎、斎尾智英、寺嶋正秀
    • 学会等名
      日本化学会年会
  • [学会発表] 光センサータンパク質OCPとその制御タンパク質FRPの相互作用ダイナミクス2024

    • 著者名/発表者名
      渡嘉敷直志、大畑貴聖、床次俊郎、中曽根祐介、寺嶋正秀
    • 学会等名
      日本化学会年会
  • [学会発表] 微小空間内での生体分子反応研究に向けた過渡回折格子法の開発2024

    • 著者名/発表者名
      西野晶翔、中曽根祐介、西谷公佑、永井萌土、寺嶋正秀
    • 学会等名
      日本化学会年会
  • [学会発表] 光誘起でクラスター化する光応答タンパク質TePixDの反応と下流分子探索2024

    • 著者名/発表者名
      荒本智大、中曽根祐介、増田悠祐、床次俊郎、寺嶋正秀
    • 学会等名
      日本化学会年会
  • [学会発表] 光センサータンパク質eBLUFの二量体化を利用したタンパク質活性の光制御2024

    • 著者名/発表者名
      久野貴史、中曽根祐介、酒巻和弘、寺嶋正秀
    • 学会等名
      日本化学会年会
  • [学会発表] A Photosensor Protein eBLUF for Optical Control of Bioactivity2023

    • 著者名/発表者名
      Masahide Terazima, Kosei Shibata, Yusuke Nakasone
    • 学会等名
      Optica Biophotonics Congress
    • 国際学会
  • [学会発表] タンパク質反応と揺らぎ2023

    • 著者名/発表者名
      寺嶋正秀
    • 学会等名
      反応駆動学公開シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] Slow absorption changes in the millisecond time region reflecting conformational changes inof blue light sensor BLUF proteins2023

    • 著者名/発表者名
      Shunrou Tokonami, Morihiko Onose, Yusuke Nakasone, Masahide Terazima
    • 学会等名
      8th Taiwan International Symposium on Raman Spectroscopy (TISRS 2023)
    • 国際学会
  • [学会発表] Optical characterization of diffusion processes for light sensing proteins by laser induced transient grating2023

    • 著者名/発表者名
      Masahide Terazima
    • 学会等名
      International Congress and Expo on Optics, Photonics and Lasers
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Time-resolved studies on conformational changes of α-synuclein by a micro-stopped-flow grating system2023

    • 著者名/発表者名
      Masahide Terazima, Shunki Takaramoto, Yusuke Nakasone
    • 学会等名
      EBSA
    • 国際学会
  • [学会発表] 光センサータンパク質PYPと下流分子PBPの青色光励起による相互作用ダイナミクス2023

    • 著者名/発表者名
      平田瑞樹,中曽根祐介,金穂香,寺嶋正秀
    • 学会等名
      分子科学討論会
  • [学会発表] 光センサータンパク質TePixDの光可逆的な分子集合反応2023

    • 著者名/発表者名
      中曽根祐介, 増田悠佑,床次俊郎, 荒本智大,寺嶋正秀
    • 学会等名
      分子科学討論会
  • [学会発表] オレンジカロテノイドタンパク質の光反応解析2023

    • 著者名/発表者名
      渡嘉敷直志,大畑貴聖,床次俊郎,中曽根祐介,寺嶋正秀
    • 学会等名
      分子科学討論会
  • [学会発表] 光センサーeBLUFの選択的ダイマー化反応の応用研究2023

    • 著者名/発表者名
      久野貴史,中曽根祐介,酒巻和弘,寺嶋正秀
    • 学会等名
      分子科学討論会
  • [学会発表] Opto-control of protein activity utilizing selective dimerization of light sensor eBLUF2023

    • 著者名/発表者名
      久野貴史、中曽根祐介、酒巻和弘、寺嶋正秀
    • 学会等名
      生物物理年会
  • [学会発表] Photo-reversible intermolecular interaction dynamics between light sensor protein RsPYP and its downstream protein RsPBP2023

    • 著者名/発表者名
      平田瑞樹,中曽根祐介,金穂香,寺嶋正秀
    • 学会等名
      生物物理年会
  • [学会発表] Time-resolved study on intermolecular interaction dynamics between orange carotenoid protein and fluorescence recovery protein2023

    • 著者名/発表者名
      渡嘉敷直志, 大畑貴聖, 床次俊郎, 中曽根祐介, 寺嶋正秀
    • 学会等名
      生物物理年会
  • [学会発表] ATP-dependent liquid-liquid phase separation of photoactivated adenylate cyclase2023

    • 著者名/発表者名
      中曽根祐介, 村上大斗, 床次俊郎, 寺嶋正秀
    • 学会等名
      生物物理年会
  • [学会発表] 光センサータンパク質PYPと下流分子PBPの青色光励起による相互作用ダイナミクス2023

    • 著者名/発表者名
      平田瑞樹,中曽根祐介,金穂香,寺嶋正秀
    • 学会等名
      光生物学協会年会
  • [学会発表] オレンジカロテノイドタンパク質の光二量化ダイナミクス2023

    • 著者名/発表者名
      渡嘉敷直志, 大畑貴聖, 床次俊郎, 中曽根祐介, 寺嶋正秀
    • 学会等名
      光生物学協会年会
  • [学会発表] Study of light sensor eBLUF reaction for opto-control of protein activities2023

    • 著者名/発表者名
      久野貴史、中曽根祐介、酒巻和弘、寺嶋正秀
    • 学会等名
      光生物学協会年会
  • [学会発表] A Time-Resolved Biosensor based on Optical Detection of Diffusion2023

    • 著者名/発表者名
      Masahide Terazima
    • 学会等名
      Frontiers in Optics + Laser Science
    • 国際学会
  • [学会発表] 青色光依存的触媒反応をつかさどるタンパク質OaPACの反応ダイナミクス2023

    • 著者名/発表者名
      中曽根祐介, 村上大斗, 床次俊郎, 寺嶋正秀
    • 学会等名
      溶液化学シンポジウム

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公開日: 2024-12-25  

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