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2023 年度 実績報告書

酵素活性の網羅的解析(enzymomics)に基づく疾患診断基盤技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 22H02217
配分区分補助金
研究機関東京大学

研究代表者

小松 徹  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教 (40599172)

研究分担者 水野 忠快  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教 (90736050)
研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
キーワードケミカルバイオロジー / 創薬化学
研究実績の概要

本研究では,酵素の生きた機能である活性の評価を可能とする方法論「enzymomics(enzymeのomics)」について,その超高感度化,網羅化を達成する実験系を背景として,特にリキッドバイオプシー法を用いた血液中の酵素活性の異常の理解に基づく疾患の理解を実現する基盤技術構築を目指して進められた.
研究代表者らが開発した生体サンプル中の1分子酵素活性の計測技術は,微細加工技術によって調整された多数のマイクロチャンバーを有するデバイスに十分に希釈したサンプルをロードすることによって酵素分子を確率論的に1分子ずつ分画した状態で酵素の活性解析をおこなう1分子酵素活性計測法に基づいている.このような1分子酵素活性計測に用いることができる蛍光プローブの並列合成を可能とする新たな合成法を確立し(特願2021-096839),これまでに100種類以上の酵素に関する1分子活性計測の系の構築をおこなうことに成功した(S. Sakamoto et al. Cell Rep. Methods 2024).更に,本系の一般化につながる様々な技術の開発をおこない,特許出願,論文発表,これらに基づく学外研究者との共同研究の推進に繋げた.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

本研究課題の目標であるプローブ合成,計測の一般化に向けて,前者では既にそのシステムを確立し,論文化,特許化に成功した.これまでに1分子計測技術が確立されていた glycosidase,phosphatase という酵素種に加え,新たに peptidase/protease に対する広範な酵素活性計測系を確立することに成功し,成果を論文発表した(S. Sakamoto et al. Cell Rep. Methods 2024,N. Nagano et al. Chem. Sci. 2023).更に,新たに esterase 類に対して適用可能な coupled assay に基づくアッセイ系を確立し,こちらについても論文発表をおこなった(T. Ukegawa et al. Adv. Sci. 2023).後者については,高い安定性をもって1分子計測を可能にするプラットフォームを確立し,年度内に血液サンプルの解析を中心に数百以上のアッセイデータを蓄積し,今後の研究に広く活かすことができる基盤を樹立した.

今後の研究の推進方策

今後の研究では,確立した方法論を多くの研究者が画一的に利用できるようにする一般化を進め,規格化された条件の下で計測データの蓄積を進め,蓄積されたデータを背景とした解析の高度化を進めていくことで,1分子計測による「enzymomics」法を,他のオミクスに並ぶ方法論として確立する.このために,規格化された蛍光プローブ合成法,規格化されたマイクロデバイスと計測装置を用いた実測とデータ解析系の実装を進め,1分子計測リキッドバイオプシーの樹立に向けた基盤となす.
(1) 合成系の一般化:昨年度までに確立した7-amino-4-methylcoumarinを母核としたSAS法により多くの酵素活性の計測がなされたが,これに対してより強い蛍光を示す新たな蛍光プローブの母核を開発した(特願2022-079082).これを用いたライブラリ構築の仕組みを確立し,全自動のプローブ開発の仕組みの構築と血液中の1分子酵素活性計測を進めていく.
(2) 計測,データ解析の一般化:1分子アッセイに用いるマイクロデバイスは,現在自作のものを用いているが,市販のマイクロデバイスと分注装置を用いて大量のデータを再現性よく計測する仕組みを構築することに成功した.これによって得られる大量の計測データを蓄積すると共に,その特徴量を抽出して群間比較をおこなう解析プラットフォームを水野グループと共同で開発し,規格化された条件で計測された血液中,組織中の大量の酵素活性データの間の比較をおこなう仕組みを確立する.

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2024 2023

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 1件、 招待講演 6件)

  • [雑誌論文] A general fluorescence off/on strategy for fluorogenic probes: Steric repulsion-induced twisted intramolecular charge transfer (sr-TICT)2024

    • 著者名/発表者名
      Hanaoka Kenjiro、Ikeno Takayuki、Iwaki Shimpei、Deguchi Sayaka、Takayama Kazuo、Mizuguchi Hiroyuki、Tao Fumiya、Kojima Nobuhiko、Ohno Hisashi、Sasaki Eita、Komatsu Toru、Ueno Tasuku、Maeda Kazuya、Kusuhara Hiroyuki、Urano Yasuteru
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 10 ページ: adi8847

    • DOI

      10.1126/sciadv.adi8847

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification of activity-based biomarkers for early-stage pancreatic tumors in blood using single-molecule enzyme activity screening2024

    • 著者名/発表者名
      Sakamoto Shingo、Hiraide Hideto、Minoda Mayano、Iwakura Nozomi、Suzuki Misa、Ando Jun、Takahashi Chiharu、Takahashi Ikuko、Murai Kazue、Kagami Yu、Mizuno Tadahaya、Koike Tohru、Nara Satoshi、Morizane Chigusa、Hijioka Susumu、Kashiro Ayumi、Honda Kazufumi、Watanabe Rikiya、Urano Yasuteru、Komatsu Toru
    • 雑誌名

      Cell Reports Methods

      巻: 4 ページ: 100688~100688

    • DOI

      10.1016/j.crmeth.2023.100688

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Modular Design Platform for Activatable Fluorescence Probes Targeting Carboxypeptidases Based on ProTide Chemistry2023

    • 著者名/発表者名
      Kuriki Yugo、Sogawa Mari、Komatsu Toru、Kawatani Minoru、Fujioka Hiroyoshi、Fujita Kyohhei、Ueno Tasuku、Hanaoka Kenjiro、Kojima Ryosuke、Hino Rumi、Ueo Hiroki、Ueo Hiroaki、Kamiya Mako、Urano Yasuteru
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 146 ページ: 521~531

    • DOI

      10.1021/jacs.3c10086

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Thioester‐Based Coupled Fluorogenic Assays in Microdevice for the Detection of Single‐Molecule Enzyme Activities of Esterases with Specified Substrate Recognition2023

    • 著者名/発表者名
      Ukegawa Tatsuya、Komatsu Toru、Minoda Mayano、Matsumoto Takuya、Iwasaka Takumi、Mizuno Tadahaya、Tachibana Ryo、Sakamoto Shingo、Hanaoka Kenjiro、Kusuhara Hiroyuki、Honda Kazufumi、Watanabe Rikiya、Urano Yasuteru
    • 雑誌名

      Advanced Science

      巻: 11 ページ: 2306559

    • DOI

      10.1002/advs.202306559

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of fluorogenic substrates for colorectal tumor-related neuropeptidases for activity-based diagnosis2023

    • 著者名/発表者名
      Nagano Norimichi、Ichihashi Yuki、Komatsu Toru、Matsuzaki Hiroyuki、Hata Keisuke、Watanabe Toshiaki、Misawa Yoshihiro、Suzuki Misa、Sakamoto Shingo、Kagami Yu、Kashiro Ayumi、Takeuchi Keiko、Kanemitsu Yukihide、Ochiai Hiroki、Watanabe Rikiya、Honda Kazufumi、Urano Yasuteru
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 14 ページ: 4495~4499

    • DOI

      10.1039/D2SC07029D

    • 査読あり
  • [学会発表] Development of single-molecule enzyme activity profiling platform for activity-based diagnosis of early stage pancreatic tumor2023

    • 著者名/発表者名
      Toru Komatsu
    • 学会等名
      国際交流シンポジウム 次世代薬学 アジアシンポジウム(日本薬学会 第 144 年会)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 有機小分子蛍光プローブと1分子計測技術の融合による血液中1分子酵素活性網羅的解析技術の開発2023

    • 著者名/発表者名
      小松徹
    • 学会等名
      日本薬学会 第 144 年会
    • 招待講演
  • [学会発表] 1分子レベルの酵素活性網羅的解析に基づく疾患診断技術基盤の開発と応用2023

    • 著者名/発表者名
      小松徹
    • 学会等名
      バイオインタラクション(BIRA)研究会 第 23 回ワークショップ
    • 招待講演
  • [学会発表] 1分子レベルのタンパク質機能検出による疾患診断技術の開発2023

    • 著者名/発表者名
      小松徹, 渡邉力也, 水野忠快, 本田一文, 坂本眞伍
    • 学会等名
      第 40 回メディシナルケミストリーシンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] Proteoform レベルの酵素活性網羅的解析に基づく疾患診断技術の開発2023

    • 著者名/発表者名
      小松徹
    • 学会等名
      第 1 回 ATF コンファレンス 2023年11月13日
    • 招待講演
  • [学会発表] Proteoform レベルの酵素活性網羅的解析に基づく疾患診断技術の開発2023

    • 著者名/発表者名
      小松徹
    • 学会等名
      レドックス R&D 戦略委員会 第 2 回 夏のシンポジウム
    • 招待講演

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公開日: 2024-12-25  

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