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2023 年度 実績報告書

Low-complexity配列の相分離液滴の分光学的解析法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 22H02594
配分区分補助金
研究機関国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構

研究代表者

加藤 昌人  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, 上席研究員 (30867768)

研究分担者 藤井 健太郎  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, チームリーダー (00360404)
中川 洋  国立研究開発法人日本原子力研究開発機構, 原子力科学研究部門 原子力科学研究所 物質科学研究センター, 研究主幹 (20379598)
中林 孝和  東北大学, 薬学研究科, 教授 (30311195)
松尾 龍人  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, 主幹研究員 (60623907)
研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
キーワードphase separation / low-complexity domain / cross-beta polymer / 神経変性疾患変異 / neutron scattering / circular dichroism / Raman spectrum / 高速原子間力顕微鏡
研究実績の概要

加藤グループは、FUS LCDの線維を高速AFMで観測する方法を確立し、1,6-hexandiolで線維が溶解する様子をリアルタイムで観測することに成功した。また、TDP43 LCDの1分子観測にも成功した。引き続きFUSの相分離液適用サンプルを各グループに提供した。
中川・松尾グループは、温度を下げると相分離するFUS LCD試料について、中性子小角散乱測定を行った。その結果、36℃から5℃に温度を下げると小角側の散乱強度が強くなり、5℃では液滴中に大きな構造体が生じることが分かった。散乱プロファイルの解析の結果、野生型と変異型でそのサイズに違いがあることが示唆された。前年度の測定よりも試料の濃度を上げることでシグナル精度は上がり、構造解析が可能になった。
藤井グループでは、相分離状態のFUS LCD試料について、放射光VUV-CDスペクトルの測定方法の改良を行った。相分離液滴が入射する放射光を散乱するため、CDスペクトル上に散乱の影響が現れる。相分離による構造変化のみを抽出するための多変量解析を進めている。また、変異体FUS LCDのCDスペクトル測定を行い、野生型と変異型とで相分離状態保持時間に依存した構造変化の違いがあることが分かった。
中林グループでは、ラマンイメージングを用いてHis-Tagを含まないFUS LCDおよびFUS全長の単一液滴内の構造・濃度・時間変化について検討を行った。その結果、タンパク質のHis-Tagの有無で液滴内の濃度が変化することを示した。また、FUS全長の液滴にRNAを滴下すると、あるRNAは液滴内に濃縮し液滴から凝集物への変化を抑制すること、また別のRNAでは濃縮されず液滴を解消させることを示した。ラマンイメージングの液滴内濃度定量法を複数の成分系に応用することを目指し、ペプチドとRNAからなる単一液滴の濃度定量ができることを示した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

加藤グループ:高速AFMで、線維の分解の様子と単一LCD分子の観測に成功したため。
中川・松尾グループ:測定試料の濃度を上げるなどの試料調製の工夫により、野生型と変異体の液滴中の構造体を検出でき、またそれら構造状態の違いを示唆するなど、野生型と変異体の構造変化を解析できたため。
藤井グループ:試料溶液中にわずかに残留している塩素などの影響によりCDスペクトルのバックグラウンドが190nm付近で増加したが、全体的には良好なスペクトルを得ることができたため。
中林グループ:ラマンイメージングを用いて単一液滴内のタンパク質の構造と濃度の時間変化を追跡することができた。RNAの滴下によりFUS液滴の時間変化が大きく変化し、またRNAの配列によっても時間変化の挙動が異なることも示すことができた。ラマンイメージングはラベルフリーかつ単一液滴の状態で分子情報を取得でき、他の手法では得ることが難しいユニークな情報が得られることを提案できている。

今後の研究の推進方策

加藤グループ:高速AFMを用いて、TDP43 LCD線維の1,6-HDやH2O2酸化による溶解の様子を観測する。高速AFMでFUS LCDとTDP-43 LCDの野生体と変異体モノマー分子の動態の違いを観測する方法を検討する。複数のモノマー分子の衝突・液滴核形成を撮影するための条件検討をする。
中川・松尾グループ:中性子小角散乱実験で得られた野生型と変異体の違いをより詳細に調べるため、X線小角散乱実験を実施する。ギニエ解析による慣性半径を指標とした解析や中性子小角散乱プロファイルで確認されたピークの解析などを行い、液滴形成による構造変化や変異による構造状態の違いを解析する。
藤井グループ:試料高純度試料のCDスペクトルの測定を行うとともに、同時に測定した吸収強度からの試料濃度の校正から精確なCDスペクトル解析を行う。その後、試料作製後の経時的な変化を追跡することで、繊維状態の蓄積に関する情報を得る予定である。
中林グループ:FUSの液滴から凝集体への時間変化の変異依存性について、変異の系統的な測定を行い、液滴形成・凝集体への時間変化を支配する因子を明らかにする。また、緩衝溶液のみではなく、細胞内にあるFUS液滴のラマンイメージング測定も目指す。RNAの添加による液滴内のタンパク質の濃度・分子間相互作用変化を検討し、RNAが凝集化の抑制および液滴を解消させる機構を明らかにする。

  • 研究成果

    (25件)

すべて 2024 2023

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 3件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 3件、 招待講演 9件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Oxidative regulation of TDP-43 self-association by a β-to-α conformational switch2023

    • 著者名/発表者名
      Gu Jinge、Zhou Xiaoming、Sutherland Lillian、Kato Masato、Jaczynska Klaudia、Rizo Josep、McKnight Steven L.
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 120 ページ: -

    • DOI

      10.1073/pnas.2311416120

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] How do disordered head domains assist in the assembly of intermediate filaments?2023

    • 著者名/発表者名
      Zhou Xiaoming、Kato Masato、McKnight Steven L.
    • 雑誌名

      Current Opinion in Cell Biology

      巻: 85 ページ: 102262~102262

    • DOI

      10.1016/j.ceb.2023.102262

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular Mechanisms Defining the Structural Basis for Self-Association of the FUS Low-Complexity Domain2023

    • 著者名/発表者名
      Kato Masato
    • 雑誌名

      Riki Kurokawa, ed., “Phase Separation in Living Cells”, Springer, Singapore

      巻: - ページ: 93~109

    • DOI

      10.1007/978-981-99-4886-4_6

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 神経変性疾患変異による線維凝集体形成の構造学的機構‐low-complexityドメインの機能に与える影響2023

    • 著者名/発表者名
      加藤昌人
    • 雑誌名

      実験医学 増刊号 小野賢二郎/編 いま新薬で加速する神経変性疾患研究 異常タンパク質の構造、凝集のしくみから根本治療の真の標的に迫る

      巻: 41 ページ: -

  • [雑誌論文] Upgrade of the small-angle neutron scattering diffractometer SANS-J at JRR-32023

    • 著者名/発表者名
      Kumada Takayuki、Motokawa Ryuhei、Oba Yojiro、Nakagawa Hiroshi、Sekine Yurina、Micheau Cyril、Ueda Yuki、Sugita Tsuyoshi、Birumachi Atsushi、Sasaki Miki、Hiroi Kosuke、Iwase Hiroki
    • 雑誌名

      Journal of Applied Crystallography

      巻: 56 ページ: 1776~1783

    • DOI

      10.1107/S1600576723009731

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Simultaneous SANS/FTIR measurement system incorporating the ATR sampling method2023

    • 著者名/発表者名
      Kaneko Fumitoshi、Radulescu Aurel、Nakagawa Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of Applied Crystallography

      巻: 56 ページ: 1522~1527

    • DOI

      10.1107/S1600576723007744

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural characterization of human de novo protein NCYM and its complex with a newly identified DNA aptamer using atomic force microscopy and small-angle X-ray scattering2023

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Seigi、Kono Fumiaki、Nakatani Kazuma、Hirose Miwako、Horii Katsunori、Hippo Yoshitaka、Tamada Taro、Suenaga Yusuke、Matsuo Tatsuhito
    • 雑誌名

      Frontiers in Oncology

      巻: 13 ページ: -

    • DOI

      10.3389/fonc.2023.1213678

    • 査読あり
  • [雑誌論文] An improved analytical model of protein dynamics at the sub-nanosecond timescale2023

    • 著者名/発表者名
      Matsuo Tatsuhito
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 25 ページ: 11586~11600

    • DOI

      10.1039/D3CP00409K

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Label-free autofluorescence lifetime reveals the structural dynamics of ataxin-3 inside droplets formed via liquid-liquid phase separation2023

    • 著者名/発表者名
      Matsuura Uchu、Tahara Shinya、Kajimoto Shinji、Nakabayashi Takakazu
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 ページ: 6389

    • DOI

      10.1038/s41598-023-33268-y

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Quantification of the concentration in a droplet formed by liquid-liquid phase separation of G-quadruplex-forming RNA2023

    • 著者名/発表者名
      Yokosawa Kohei、Tsuruta Mitsuki、Kajimoto Shinji、Sugimoto Naoki、Miyoshi Daisuke、Nakabayashi Takakazu
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 826 ページ: 140634~140634

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2023.140634

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Incorporation of a bromine atom into DNA-related molecules changes their electronic properties2023

    • 著者名/発表者名
      Hirato Misaki、Yokoya Akinari、Baba Yuji、Mori Seiji、Fujii Kentaro、Wada Shin-ichi、Izumi Yudai、Haga Yoshinori
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 25 ページ: 14836~14847

    • DOI

      10.1039/D3CP01597A

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 量子ビームを利用した疾病関連蛋白質の構造動態研究2024

    • 著者名/発表者名
      松尾 龍人
    • 学会等名
      第37回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞の中のドロドロとした環境としての液-液相分離:ラマンイメージングからわかること2024

    • 著者名/発表者名
      中林 孝和
    • 学会等名
      ニコンシリーズオンラインセミナー「相分離」第4回
    • 招待講演
  • [学会発表] FUSの液-液相分離に核内アクチン繊維が及ぼす影響の解析2024

    • 著者名/発表者名
      西間木胡桃、藤井健太郎、堀籠智洋、高山裕貴、原田昌彦
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
  • [学会発表] 神経変性疾患変異による線維凝集体形成の構造学的機構2023

    • 著者名/発表者名
      加藤 昌人
    • 学会等名
      33rd Forum in DOJIN
    • 招待講演
  • [学会発表] マルチドメイン蛋白質のドメイン運動と過渡的状態2023

    • 著者名/発表者名
      中川 洋
    • 学会等名
      蛋白研セミナー、タンパク質のダイナミクスと機能
    • 招待講演
  • [学会発表] QST量子生命科学研究所との連携研究とNanoTerasuへの期待2023

    • 著者名/発表者名
      藤井 健太郎
    • 学会等名
      東北大学農学部75周年企画シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞内の液滴の中に何があるのか、どのくらいあるのか、どうしてあるのかをラマンイメージングで探る2023

    • 著者名/発表者名
      中林 孝和
    • 学会等名
      生体分子凝縮体勉強会
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞内分子の濃度を直接測る~細胞内混雑環境とタンパク質液滴との関係~2023

    • 著者名/発表者名
      中林 孝和
    • 学会等名
      第13回CSJ化学フェスタ2023
    • 招待講演
  • [学会発表] Application of Water Raman Bands to Evaluate Intracellular Environments and Liquid-Liquid Phase Separation2023

    • 著者名/発表者名
      Takakazu Nakabayashi
    • 学会等名
      The Eighth Taiwan International Symposium on Raman Spectroscopy, Hsinchu (Taiwan)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 放射光軟X線分光による銅結合タンパク質の電子状態解析2023

    • 著者名/発表者名
      藤井健太郎, 泉雄大, 宮脇淳, 倉橋直也, 木内久雄, 原田慈久, 安達基泰
    • 学会等名
      第5回量子生命科学会
  • [学会発表] Cu L-edge RIXS Spectra of Cu-Proteins2023

    • 著者名/発表者名
      Fujii K., Izumi Y., Miyawaki J., Kurahashi N., Kiuchi H., Harada Y., Adachi M.
    • 学会等名
      RIXS/REXS Workshop 2023
    • 国際学会
  • [学会発表] 電子状態的に見たDNA鎖切断2023

    • 著者名/発表者名
      藤井健太郎
    • 学会等名
      Genome Damage Network研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] Secondary Structural Changes in FUS-LC causing Liquid-Liquid Phase Separation2023

    • 著者名/発表者名
      Fujii K, Izumi Y, Maita N, Matsuo K, Kato M
    • 学会等名
      CD2023
    • 国際学会
  • [図書] 中性子を活用した水とタンパク質の捉え方 タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例2023

    • 著者名/発表者名
      中川洋、玉田太郎、平野優
    • 総ページ数
      530
    • 出版者
      技術情報協会
    • ISBN
      978-486104-995-8

URL: 

公開日: 2024-12-25  

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