| 研究課題/領域番号 |
22H02706
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究機関 | 兵庫県立人と自然の博物館 |
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研究代表者 |
京極 大助 兵庫県立人と自然の博物館, 兵庫県立人と自然の博物館, 研究員 (00771875)
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| 研究分担者 |
高橋 鉄美 兵庫県立大学, 自然・環境科学研究所, 教授 (70432359)
藤井 壮太 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (90716713)
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| 研究期間 (年度) |
2022-04-01 – 2026-03-31
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| キーワード | 性選択 / 性的対立 / GWAS / 花粉 |
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| 研究実績の概要 |
シロイヌナズナ約220アクセッションの花粉を標準系統（Sha）のめしべに受粉し、乳頭細胞が枯死するまでの時間を計測することで、ゲノムワイド関連解析用の表現型データを取得した。現在までにおおむね700程度のサンプルサイズを得ている（枯死の開始と終了など複数形質を測定しているため、サンプルサイズは形質ごとに多少異なる）。公開されているリシーケンスデータを処理するパイプラインを構築し、得られた表現型と相関するSNPを探索した。遺伝子発現情報も参考に、いくつかの候補遺伝子を選定した。また、今後用いるためのバイオインフォマティクス解析用のパイプライン構築がほぼ完了した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
初年度は半導体不足による実験機器の納品遅れに加え、飼育施設の不具合などのトラブルもあったが、２年度目に必要な表現型データの取得を終え、ゲノムワイド関連解析を実施できた。またこれと並行してバイオインフォマティクス解析のパイプラインもほぼ構築できた。
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| 今後の研究の推進方策 |
いくつかの解析の不具合が明らかになったため、早急に再度の解析を行う。絞り込んだ候補遺伝子のノックアウトにより、花粉の表現型に影響している遺伝子の特定を進める。これと並行して、候補遺伝子の集団遺伝解析により、選択の痕跡を探すことで、逆遺伝学的アプローチでも関連する遺伝子の探索を行う。
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