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2023 年度 実績報告書

DNAナノデバイスによる細胞内動的構造と細胞機能の制御

研究課題

研究課題/領域番号 22H03682
配分区分補助金
研究機関三重大学

研究代表者

鈴木 勇輝  三重大学, 工学研究科, 准教授 (50636066)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
キーワードDNAナノテクノロジー / DNAオリガミ / 生体分子デバイス / 細胞制御
研究実績の概要

2022年度に開発した外部刺激応答性のDNAナノデバイスを発展させ,pHやイオン変化および分子入力といった異なる刺激種に対して多重応答性を示すDNAアクチュエータを開発した。多数の変形モジュールの累積変形によって線状からコイルスプリング状へと収縮するナノアクチュエータを設計し,各モジュールの曲げ変形を二重らせん構造と四重鎖構造という異なるDNA構造の形成・解離によって制御することで,形状や機械的特性の可逆的な切り替えを実現した。高解像の原子間間力顕微鏡像と分子動力学シミュレーションにより,二重らせん構造形成条件下および四重鎖構造形成条件下,それぞれにおけるコイルスプリング構造を解析したところ,互いにコイル半径やピッチが異なるだけでなく,コイルの内側と外側が反転していることが明らかとなった。一方,コイルスプリングの巻き方については,ともに右巻きであることが示唆された。光ピンセットを用いた一分子解析により,各条件下における機械的特性を評価したところ,刺激依存的にバネ定数が変化することが示された。
さらに,上記のDNAナノアクチュエータを改変し,細胞種特異的に動作する機構を検討した。具体的には,細胞特異的に発現しているmicroRNA(miRNA)を入力信号とすることで,DNAナノデバイスに細胞識別機能を実装した。二種類の異なるmiRNAに対する認識配列を設計することで,miRNAの入力パターンに応じて特定の形状へと収縮・変形するアクチュエータを構築した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初予定していたpH応答性のDNAデバイスに加え,miRNAの発現パターンに応じて形状が変化するDNA分子デバイスを構築することができた。

今後の研究の推進方策

本年度に開発したmiRNA応答性にDNAアクチュエータに対して鎖置換反応に基づくロジックゲートを組み込むことで,さらなるインテリジェント化を図る。それらを用いて,細胞骨格系の運動や生細胞の形態および運動能の制御を挑戦する。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2023

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 4件)

  • [雑誌論文] Multi-Reconfigurable DNA Origami Nanolattice Driven by the Combination of Orthogonal Signals2023

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Kotaro、Kawamata Ibuki、Murata Satoshi、Suzuki Yuki
    • 雑誌名

      JACS Au

      巻: 3 ページ: 1435~1442

    • DOI

      10.1021/jacsau.3c00091

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Chemo-mechanical forces modulate the topology dynamics of mesoscale DNA assemblies2023

    • 著者名/発表者名
      Karna Deepak、Mano Eriko、Ji Jiahao、Kawamata Ibuki、Suzuki Yuki、Mao Hanbin
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 ページ: 6459

    • DOI

      10.1038/s41467-023-41604-z

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Real-time monitoring of the amyloid β1-42 monomer-to-oligomer channel transition using a lipid bilayer system2023

    • 著者名/発表者名
      Numaguchi Yuri、Tsukakoshi Kaori、Takeuchi Nanami、Suzuki Yuki、Ikebukuro Kazunori、Kawano Ryuji
    • 雑誌名

      PNAS Nexus

      巻: 3 ページ: pgad437

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgad437

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Multi-responsive and reconfigurable DNA origami nanostructures2023

    • 著者名/発表者名
      Yuki Suuzki
    • 学会等名
      DNA 29
    • 国際学会
  • [学会発表] Hierarchical self-assembly of DNA origami nanoactuators toward large deformation of cellular-sized liposomes2023

    • 著者名/発表者名
      Reo Toho, Shin Watanabe, Ibuki Kawamata, Yuki Suzuki
    • 学会等名
      DNA29
    • 国際学会
  • [学会発表] Hierarchical self-assembly of multi-stimuli-responsive DNA origami nanoactuator2023

    • 著者名/発表者名
      Shin Watanabe, Reo Toho, Ibuki Kawamata, Yuki Suzuki
    • 学会等名
      The 50th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry (ISNAC2023)
    • 国際学会
  • [学会発表] Multi-reconfigurable DNA nanodevice actuated by the combination of orthogonal signals2023

    • 著者名/発表者名
      Yuki Suzuki, Kotaro Watanabe, Yuri Kobayashi, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata
    • 学会等名
      The 50th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry (ISNAC2023)
    • 国際学会

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公開日: 2024-12-25  

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