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2023 年度 実績報告書

オミックスを統合するヒト全身代謝マルチスケール動力学モデルの開発

研究課題

研究課題/領域番号 22H03688
配分区分補助金
研究機関九州工業大学

研究代表者

倉田 博之  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 教授 (90251371)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2027-03-31
キーワードダイナミックモデル / 全身代謝 / 動力学 / コンピュータシミュレーション / エピジェネティクス
研究実績の概要

酵素発現分布が異なるが、反応酵素自体は共通である。「ヒト細胞アトラス」に基づいて、酵素の濃度分布を変化させて各臓器モデルを作成した。効率的に大規模モデルを構築するために、各臓器モデリングの繰り返し作業を自動化した。初期値パラメータ、動力学パラメー
タのファイルと数式ファイルを自動的に結合するプログラムを作成した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

予定通り進捗している。

今後の研究の推進方策

代謝の動態を変えるエピジェネティクスを明らかにして、エピジェネティクスの変化が代謝に与える影響を予測する。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Stack-DHUpred: Advancing the accuracy of dihydrouridine modification sites detection via stacking approach2024

    • 著者名/発表者名
      Harun-Or-Roshid Md.、Maeda Kazuhiro、Phan Le Thi、Manavalan Balachandran、Kurata Hiroyuki
    • 雑誌名

      Computers in Biology and Medicine

      巻: 169 ページ: 107848~107848

    • DOI

      10.1016/j.compbiomed.2023.107848

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] CNN6mA: Interpretable neural network model based on position-specific CNN and cross-interactive network for 6mA site prediction2023

    • 著者名/発表者名
      Tsukiyama Sho、Hasan Md Mehedi、Kurata Hiroyuki
    • 雑誌名

      Computational and Structural Biotechnology Journal

      巻: 21 ページ: 644~654

    • DOI

      10.1016/j.csbj.2022.12.043

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Automatic Generation of SBML Kinetic Models from Natural Language Texts Using GPT2023

    • 著者名/発表者名
      Maeda Kazuhiro、Kurata Hiroyuki
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 24 ページ: 7296~7296

    • DOI

      10.3390/ijms24087296

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [備考] Stack-DHUpred

    • URL

      http://kurata35.bio.kyutech.ac.jp/Stack-DHUpred

  • [備考] KinModGPT

    • URL

      https://github.com/kmaeda16/KinModGPT

  • [備考] CNN6mA

    • URL

      http://kurata35.bio.kyutech.ac.jp/CNN6mA/

URL: 

公開日: 2024-12-25  

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