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本研究では、分子動力学（molecular dynamics: MD）を用いて実験的に困難である相分離構造体内の動的領域を可視化することで、同内分子の分布および流動性と機能性との相関を系統的に評価する。MD法には複数のモデルが存在し、扱う対象の粒度に応じて再現可能な現象の時間的・空間的スケールが大きく異なる。相分離はμsオーダー以上の時間を要する現象のため、全原子MD法で再現することは困難である。そこで、複数の原子を1つの粗視化粒子として取り扱う上位の粗視化MD法を用いて相分離形成現象について解析を行う。当該年度は粗視化MD法による高次構造解析モデルを構築した。適切な相互作用パラメータが存在しない一部の分子においては、MARTINI力場パラメータの決定方法に則り、全原子MD計算で得られた結果を利用して自由エネルギーの観点からボトムアップ的に複数の原子を1つの粗視化粒子として取り扱う粗視化モデルを構築した。人工分子の自由エネルギーを全原子MD計算により取得し、その結果を基にMARTINI力場で予め定義されている複数の粗視化粒子モデルの中から一つを割り当てた。荷電分子など自由エネルギーを全原子MDの結果と一致させることが困難な場合は、全原子MD計算より動径分布関数などの構造情報に関する分布関数のデータを取得し、粗視化粒子の分布が一致するように粗視化ポテンシャルの繰り返し修正を行うIterative Boltzmann Inversion法を用いて相互作用パラメータを決定した。申請者は既に独自に改良した分極モデルをMARTINI力場に導入した実績があり、本研究提案でもそれらの知見を活用して粗視化モデルを構築した。
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