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消化管は腸内細菌抗原や食物抗原を除去しながら、過剰な免疫を抑制すると同時に免疫寛容の状態も有している。特に小腸は、多様な腸内細菌と免疫応答細胞が豊富に存在することでホメオスタシスを保っている。近年腸内細菌自身の免疫に及ぼす役割が明らかになる中、腸内細菌の代謝物の重要性、さらには腸管病変にとどまらない腸管外の病気にも関連性が見出されているが未だそのメカニズムは明らかではない。申請者は腸管における免疫細胞の1細胞レベルの時空間的解析を通じ、1細胞の局在、動態が病態により大きく変化すること、さらにその局在、動態を変容させることで炎症を抑制することに成功した。しかし、腸管を取り巻く体内、体外ミクロの環境が腸管内の免疫細胞1細胞が局在、動態を決定するかは明らかでなく、免疫細胞の時空間的制御破綻が病気の発症へ影響をあたえる機序も明らかでない。そこで、腸内細菌（代謝物）、神経伝達物質等が小腸における免疫細胞時空間的制御を行う機序を明らかにし、その制御機構の破綻が引き起こす腸管、腸管外の疾患発症機序を明らかにする。
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