新型コロナウイルスの3CLpro阻害薬に対する薬剤耐性機序と宿主免疫環境の解明

2023 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 23H02955
• 配分区分: 補助金
• 研究機関: 地方独立行政法人山梨県立病院機構山梨県立中央病院(がんセンター局ゲノム解析センター)
• 研究代表者: 弘津 陽介 地方独立行政法人山梨県立病院機構山梨県立中央病院(がんセンター局ゲノム解析センター), ゲノム解析センター, 部長 (10793838)
• 研究期間 (年度): 2023-04-01 – 2026-03-31
• キーワード: 新型コロナウイルス / 薬剤耐性

研究実績の概要

長期間に渡って新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）に持続感染している免疫不全患者から、鼻咽腔スワブ検体を採取し、RNA抽出を行った。RNAを逆転写反応によりcDNA合成し、SARS-CoV-2のウイルスコピー量を定量PCR法で測定した。同一検体を使用して抗原量の測定も実施した。十分な量のコピー数があったサンプルを選択して、SARS-CoV-2の全長配列を次世代シークエンス解析により決定した。経時的に得られた検体の全ゲノムデータを比較、クラスタリング解析し、宿主内で変異パターンが急激に変化するウイルス進化が起きている状況を把握することができた。さらに、薬物治療の前後で得られた全ゲノム解析データをもとに、過去のin vitroのデータや、薬剤結合部位に近接する箇所を中心に解析を進め、薬剤耐性に関わる変異の候補をスクリーニングした。

現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

長期ウイルスを排泄している免疫不全患者を中心に検体を収集し、検体からウイルスの全ゲノム解析をすることができた。薬剤耐性への関与の可能性がある変異の同定ができた。患者の血漿からの中和抗体能を測定することを計画しているが、その解析法の進展も計画通りに進んでいる。

今後の研究の推進方策

免疫不全患者の抗体価を測定し、体液性免疫の活性化が内在的に起きているのか、外部から補充した抗体療法により抗体価が上昇しているのかを明らかにする。また、新型コロナウイルスの野生株スパイクタンパク質および実際に患者が感染したウイルスの亜型に対するスパイクタンパク質に対する中和抗体能の測定を実施する。また、全ゲノム解析データを世界中のウイルスデータベース（GISAID）と比較し、耐性変異がどれくらいの割合で存在するのか薬剤投与開始時期との関連を解析する。

研究成果

• [雑誌論文] Detection of the Omicron BA.2.75 subvariant in Japan (2023)
  • 著者名/発表者名: Hirotsu Yosuke、Omata Masao
  • 雑誌名: Journal of Infection 巻: 86 ページ: e5～e7
  • DOI: 10.1016/j.jinf.2022.08.038
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Deep targeted sequencing of cytological tumor cells using whole genome amplification (2023)
  • 著者名/発表者名: Amemiya Kenji、Hirotsu Yosuke、Mochizuki Hitoshi、Higuchi Rumi、Nakagomi Takahiro、Goto Taichiro、Oyama Toshio、Kondo Tetsuo、Omata Masao
  • 雑誌名: Cancer Cytopathology 巻: 131 ページ: 58～68
  • DOI: 10.1002/cncy.22653
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Elucidation of genomic origin of synchronous endometrial and ovarian cancer (SEO) by genomic and microsatellite analysis (2023)
  • 著者名/発表者名: Sakamoto Ikuko、Hirotsu Yosuke、Amemiya Kenji、Nozaki Takahiro、Mochizuki Hitoshi、Omata Masao
  • 雑誌名: Journal of Gynecologic Oncology 巻: 34 ページ: e6
  • DOI: 10.3802/jgo.2023.34.e6
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Paraganglioma with High Levels of Dopamine, Dopa Decarboxylase Suppression, Dopamine β-hydroxylase Upregulation and Intra-tumoral Melanin Accumulation: A Case Report with a Literature Review (2023)
  • 著者名/発表者名: Nezu Masahiro、Hirotsu Yosuke、Amemiya Kenji、Tateno Toru、Takizawa Soichi、Inoue Masaharu、Mochizuki Hitoshi、Hosaka Kyoko、Chik Constance、Oyama Toshio、Omata Masao
  • 雑誌名: Internal Medicine 巻: 62 ページ: 1895～1905
  • DOI: 10.2169/internalmedicine.0743-22
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Genomic evidence for reinfection with different Omicron subvariants (2023)
  • 著者名/発表者名: Hirotsu Yosuke、Omata Masao
  • 雑誌名: Journal of Infection 巻: 86 ページ: e61～e63
  • DOI: 10.1016/j.jinf.2023.01.010
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Validity of pathological diagnosis for early colorectal cancer in genetic background (2023)
  • 著者名/発表者名: Okimoto Kenichiro、Hirotsu Yosuke、Arai Makoto、Amemiya Kenji、Akizue Naoki、Ohta Yuki、Taida Takashi、Saito Keiko、Ohyama Hiroshi、Matsumura Tomoaki、Nishimura Motoi、Matsushita Kazuyuki、Matsusaka Keisuke、Oyama Toshio、Mochizuki Hitoshi、Chiba Tetsuhiro、Kato Jun、Ikeda Jun‐ichiro et al.
  • 雑誌名: Cancer Medicine 巻: 12 ページ: 8490～8498
  • DOI: 10.1002/cam4.5596
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Lung tropism in hospitalized patients following infection with SARS-CoV-2 variants from D614G to Omicron BA.2 (2023)
  • 著者名/発表者名: Hirotsu Yosuke、Kakizaki Yumiko、Saito Akitoshi、Tsutsui Toshiharu、Hanawa Syunya、Yamaki Haruna、Ide Syuichiro、Kawaguchi Makoto、Kobayashi Hiroaki、Miyashita Yoshihiro、Omata Masao
  • 雑誌名: Communications Medicine 巻: 3 ページ: 32
  • DOI: 10.1038/s43856-023-00261-5
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Comparison of genomic profiling of circulating tumor DNA in pancreaticobiliary malignancies in plasma and bile (2023)
  • 著者名/発表者名: Ohyama Hiroshi、Hirotsu Yosuke、Amemiya Kenji、Miura Yoshifumi、Hirose Sumio、Oyama Toshio、Iimuro Yuji、Kojima Yuichiro、Mikata Rintaro、Mochizuki Hitoshi、Kato Naoya、Omata Masao
  • 雑誌名: Cancer 巻: 129 ページ: 1714～1722
  • DOI: 10.1002/cncr.34717
  • 査読あり
• [雑誌論文] Antibody Response to the BA.5 Bivalent Vaccine Shot: a Two-Year Follow-Up Study following Initial COVID-19 mRNA Vaccination (2023)
  • 著者名/発表者名: Hirotsu Yosuke、Sugiura Hiroki、Takatori Mika、Mochizuki Hitoshi、Omata Masao
  • 雑誌名: Microbiology Spectrum 巻: 11 ページ: e0131623
  • DOI: 10.1128/spectrum.01316-23
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Carcinogenic potential in regenerated mucosa after endoscopic resection of esophageal squamous cell carcinoma (2023)
  • 著者名/発表者名: Akizue Naoki、Okimoto Kenichiro、Hirotsu Yosuke、Amemiya Kenji、Kaneko Tatsuya、Ohta Yuki、Taida Takashi、Saito Keiko、Matsumura Tomoaki、Nishimura Motoi、Matsushita Kazuyuki、Mochizuki Hitoshi、Chiba Tetsuhiro、Arai Makoto、Kato Jun、Omata Masao、Kato Naoya
  • 雑誌名: Journal of Gastroenterology and Hepatology 巻: 38 ページ: 1546～1551
  • DOI: 10.1111/jgh.16219
  • 査読あり
• [雑誌論文] Nucleic Acid Quality Assessment is Critical to the Success of the Oncomine Dx Target Test for Lung Cancer (2023)
  • 著者名/発表者名: Nagakubo Yuki、Hirotsu Yosuke、Amemiya Kenji、Mochizuki Hitoshi、Tsutsui Toshiharu、Kakizaki Yumiko、Miyashita Yoshihiro、Higuchi Rumi、Nakagomi Takahiro、Goto Taichiro、Oyama Toshio、Omata Masao
  • 雑誌名: Molecular Diagnosis & Therapy 巻: 27 ページ: 513～523
  • DOI: 10.1007/s40291-023-00653-2
  • 査読あり
• [雑誌論文] Impact of the FilmArray Rapid Multiplex PCR Assay on Clinical Outcomes of Patients with Bacteremia (2023)
  • 著者名/発表者名: Okamoto Mai、Maejima Makoto、Goto Taichiro、Mikawa Takahiro、Hosaka Kazuhiro、Nagakubo Yuki、Hirotsu Yosuke、Amemiya Kenji、Sueki Hitomi、Omata Masao
  • 雑誌名: Diagnostics 巻: 13 ページ: 1935～1935
  • DOI: 10.3390/diagnostics13111935
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Genetic dissection of intratumor heterogeneity of <scp>PD‐L1</scp> expression in <scp><i>EGFR</i></scp>‐mutated lung adenocarcinoma (2023)
  • 著者名/発表者名: Kunimasa Kei、Hirotsu Yosuke、Amemiya Kenji、Honma Keiichiro、Nakamura Harumi、Nishino Kazumi、Omata Masao
  • 雑誌名: Thoracic Cancer 巻: 14 ページ: 2210～2215
  • DOI: 10.1111/1759-7714.15038
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] p53 Immunohistochemical Staining and TP53 Gene Mutations in Endometrial Cancer (2023)
  • 著者名/発表者名: Sakamoto Ikuko、Kagami Keiko、Nozaki Takahiro、Hirotsu Yosuke、Amemiya Kenji、Oyama Toshio、Omata Masao
  • 雑誌名: American Journal of Surgical Pathology 巻: 47 ページ: 1144～1150
  • DOI: 10.1097/PAS.0000000000002106
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multidrug-resistant mutations to antiviral and antibody therapy in an immunocompromised patient infected with SARS-CoV-2 (2023)
  • 著者名/発表者名: Hirotsu Yosuke、Kobayashi Hiroaki、Kakizaki Yumiko、Saito Akitoshi、Tsutsui Toshiharu、Kawaguchi Makoto、Shimamura Sou、Hata Kouki、Hanawa Syunya、Toyama Jun、Miyashita Yoshihiro、Omata Masao
  • 雑誌名: Med 巻: 4 ページ: 813～824.e4
  • DOI: 10.1016/j.medj.2023.08.001
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Influence of formalin fixation duration on RNA quality and quantity from formalin‐fixed paraffin‐embedded hepatocellular carcinoma tissues (2023)
  • 著者名/発表者名: Amemiya Kenji、Hirotsu Yosuke、Nagakubo Yuki、Mochizuki Hitoshi、Oyama Toshio、Omata Masao
  • 雑誌名: Pathology International 巻: 73 ページ: 593～600
  • DOI: 10.1111/pin.13385
  • 査読あり
• [学会発表] Establishment of Genome analysis center From Genomic Analysis to Clinical Practice in Hepatocellular Carcinoma (2024)
  • 著者名/発表者名: Kenji Amemiya, Yosuke Hirotsu, Shuntaro Obi, Hitoshi Mochizuki, Masao Omata
  • 学会等名: APASL 2024
  • 国際学会
• [学会発表] Clinical and genomic Characterization of HCC nodules after SVR achievement (2024)
  • 著者名/発表者名: Kenji Amemiya, Yosuke Hirotsu, Shuntaro Obi, Hitoshi Mochizuki, Masao Omata
  • 学会等名: APASL 2024
  • 国際学会
• [学会発表] Towards Tumorized Therapies: Dynamics of Wnt/β-catenin Oncogenic Variants in multiple HCC nodules (2024)
  • 著者名/発表者名: Kenji Amemiya, Yosuke Hirotsu, Shuntaro Obi, Hitoshi Mochizuki, Atsushi Takano, Yuji Iimuro, Masao Omata
  • 学会等名: APASL 2024
  • 国際学会
• [学会発表] Genomic profile characteristics of pancreaticobiliarymaljunction, including cancer patients (2024)
  • 著者名/発表者名: Shodai Tohyama, Hiroshi Ohyama, Kenji Amemiya, Yosuke Hirotsu, Miho Sakai, Takashi Mishima, TsukasaTakayashiki, Hitoshi Mochizuki, Masayuki Ohtsuka, Naoya Kato, Masao Omata
  • 学会等名: APASL 2024
  • 国際学会
• [学会発表] Evaluation of Tumor Microenvironment in HCC by TCRA Geneand Transcriptome Deconvolution Analysis (2024)
  • 著者名/発表者名: Hitoshi Mochizuki, Yosuke Hirotsu, Yuji Iimuro, Masao Omata
  • 学会等名: APASL 2024
  • 国際学会
• [学会発表] Impact of genetic discrimination between MC and IM on theprognosis of recurrent HCC (2024)
  • 著者名/発表者名: Yuji Iimuro, Atsushi Takano, Kenji Amemiya, Yosuke Hirotsu, Hitoshi Mochizuki, Shuntaro Obi, Masao Omata
  • 学会等名: APASL 2024
  • 国際学会
• [学会発表] The usefulness of AI for tumor microenvironment analysis in HCC (2024)
  • 著者名/発表者名: Hitoshi Mochizuki, Yosuke Hirotsu, Masao Omata
  • 学会等名: APASL 2024
  • 国際学会
• [学会発表] 膀胱癌における尿のリキッドバイオプシーの有用性 (2023)
  • 著者名/発表者名: 弘津陽介
  • 学会等名: 第64回日本臨床細胞学会総会春期大会
  • 招待講演
• [学会発表] 膵胆道癌の診断感度向上を目指した分子バーコード技術を用いた低侵襲ゲノム解析の試み (2023)
  • 著者名/発表者名: 大山広、弘津陽介、雨宮健司、天野博之、廣瀬純穂、飯室勇二、小山敏雄、小嶋裕一郎、望月仁、加藤直也、小俣政男
  • 学会等名: 第54回日本膵臓学会大会
• [学会発表] ゲノムの謎を解き明かす: がん治療への道 (2023)
  • 著者名/発表者名: 弘津陽介
  • 学会等名: 第20回日本乳癌学会 中部地方会
  • 招待講演
• [学会発表] 先天性胆道拡張症術後の総肝管十二指腸吻合部に胆管癌を発症した一例の腫瘍部・非腫瘍部のゲノム解析 (2023)
  • 著者名/発表者名: 大山広、弘津陽介、雨宮健司、鷹野敦史、酒井美帆、高橋知也、渡部主樹、關根優、杉原地平、遠山翔大、山田奈々、大内麻愉、菅元泰、永嶌裕樹、高橋幸治、沖津恒一郎、大野泉、飯室勇二、望月仁、加藤直也、小俣政男
  • 学会等名: 第46回日本膵・胆管合流異常研究会
• [学会発表] 胆嚢癌を併発した膵・胆管合流異常の一例における病理組織型とゲノムプロファイルの検討 (2023)
  • 著者名/発表者名: 遠山翔大、大山広、雨宮健司、弘津陽介、酒井美帆、髙橋知也、渡部主樹、山田奈々、関根優、杉原地平、大内麻愉、菅元泰、永嶌裕樹、髙橋幸治、沖津恒一郎、大野泉、三島敬、高屋敷吏、小山敏雄、望月仁、大塚将之、加藤直也、小俣政男
  • 学会等名: 第46回日本膵・胆管合流異常研究会
• [学会発表] 切除不能胆道癌における治療薬探索のための胆汁リキッドバイオプシー (2023)
  • 著者名/発表者名: 大山広、弘津陽介、雨宮健司、遠山翔大、天野博之、望月仁、加藤直也、小俣政男
  • 学会等名: 第59回日本胆道学会学術集会
• [学会発表] 多発性肺癌再発患者における原発腫瘍の同定：ctDNAのNGS解析とクラスター解析 (2023)
  • 著者名/発表者名: 樋口 留美、中込 貴博、雨宮 健司、弘津 陽介、望月 仁、後藤 太一郎、小俣 政男
  • 学会等名: 第61回日本癌治療学会学術集会
• [学会発表] Real-world dataから紐解くOncomine DxTTの有用性と今後―院内検査実装後の検証 (2023)
  • 著者名/発表者名: 中込 貴博、長久保 由貴、樋口 留美、雨宮 健司、筒井 俊晴、柿﨑 有美子、弘津 陽介、宮下 義啓、後藤 太一郎、望月 仁、小俣 政男
  • 学会等名: 第61回日本癌治療学会学術集会
• [学会発表] Dynamic change of cancer genome profiling of Metachronous Bilateral Breast Cancer with BRCA pathogenic variant (2023)
  • 著者名/発表者名: 中込 博、井上 正行、 木村 亜矢子、 岡 知美、弘津 陽介、 雨宮 健司、望月 仁、小俣 政男
  • 学会等名: 第61回日本癌治療学会学術集会
• [学会発表] Comprehensive Genomic Profiling（CGP）によるIMとMCの鑑別診断は治療戦略を変える (2023)
  • 著者名/発表者名: 小尾 俊太郎、飯室 勇二、雨宮 健司、 弘津 陽介、 望月 仁、 小俣 政男
  • 学会等名: 第61回日本癌治療学会学術集会
• [学会発表] Support and Implementation system for Clinical Cancer Research at the Prefectural Designated Regional Cancer Centers and Hospital (2023)
  • 著者名/発表者名: Kenji Amemiya, Yosuke Hirotsu, Masao Omata
  • 学会等名: APASL Oncology2023
  • 国際学会
• [学会発表] Genetic Discrimination between MC and IM could be Useful in Planning Tumor-specific Treatment Strategies for Recurrent Hepatocellular Carcinoma (2023)
  • 著者名/発表者名: Yuji Iimuro, Yosuke Hirotsu, Masao Omata
  • 学会等名: APASL Oncology2023
  • 国際学会
• [学会発表] Journey and Evolution of Comprehensive Genomic Analysis ー Integrating Panel Sequencing to Expert Panel Implementation (2023)
  • 著者名/発表者名: Yosuke Hirotsu
  • 学会等名: APASL Oncology2023
  • 国際学会
• [学会発表] 生物学的製剤・低分子化合物登場後のチオプリン製剤の実臨床における役割 (2023)
  • 著者名/発表者名: 小嶋 裕一郎、弘津 陽介、村田 智祥、中島 京子、天野 博之、廣瀬 純穂、浅川 幸子、望月 仁、小俣 政男
  • 学会等名: JDDW2023
• [学会発表] 都道府県がん診療連携拠点病院における臨床研究の支援体制と実施体制の強化 (2023)
  • 著者名/発表者名: 雨宮 健司、弘津 陽介、小俣 政男
  • 学会等名: JDDW2023
• [学会発表] EUS-FNA検体を用いたDruggable Mutation探索による治療戦略 (2023)
  • 著者名/発表者名: 天野 博之、大山 広、弘津 陽介、望月 仁、小俣 政男
  • 学会等名: JDDW2023
• [学会発表] TCRA遺伝子解析・トランスクリプトーム解析による腫瘍微小環境の評価と免疫チェックポイント阻害薬の有効性予測 (2023)
  • 著者名/発表者名: 望月 仁、弘津 陽介、小俣 政男
  • 学会等名: JDDW2023
• [学会発表] がんゲノム検査による薬剤到達率のRWD (2023)
  • 著者名/発表者名: 弘津 陽介、長久保 由貴、望月 仁、小俣 政男
  • 学会等名: JDDW2023
• [備考] researchmap
  • URL: https://researchmap.jp/11235813