| 研究課題/領域番号 |
23KF0048
|
|---|
| 研究機関 | 京都大学 |
|---|
研究代表者 |
沖 真弥 京都大学, 医学研究科, 特定准教授 (90452713)
|
|---|
| 研究分担者 |
ZOU ZHAONAN 京都大学, 医学研究科, 外国人特別研究員
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2023-04-25 – 2025-03-31
|
| キーワード | 環境因子 / エピゲノム / 転写制御機構 |
|---|
| 研究実績の概要 |
環境因子や薬物の作用機序を探索するために、公共ChIP-seqビッグデータを駆使し、薬物摂動トランスクリプトームを入力とする転写因子結合プロファイリング法が開発された（DEG-ChIPEA）。これによる推定精度を改善するため、本研究ではエピゲノムデータ（ATAC-seq）と 30 万件以上の公開ChIP-seqデータを組み合わせた統合解析手法（DAR-ChIPEA）を構築した。AUROC score を利用した精度評価により、環境汚染物質曝露に応答しアクセシビリティが変動するエンハンサーをまとめて制御する転写因子の同定における提案手法の有効性を確認した（DEG-ChIPEA, 0.70; DAR-ChIPEA, 0.73; p < 0.001）。
|
| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
環境汚染物質曝露に応答しアクセシビリティが変動するエンハンサーをまとめて制御する転写因子の同定手法を開発した。
|
| 今後の研究の推進方策 |
当初の計画通り、化合物を添加した培地を用いた全胚培養実験を進めていく。
|
| 次年度使用額が生じた理由 |
NGSシーケンスを複数回行う必要があり、時間を要している。次年度は繰越し金とともに実験の完遂をめざす。
|
