| 研究課題/領域番号 |
23KJ1164
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
米倉 慧 京都大学, 医学研究科, 特別研究員(PD)
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| 研究期間 (年度) |
2023-04-25 – 2026-03-31
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| キーワード | 腸内微生物叢 / 免疫チェックポイント阻害剤 |
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| 研究実績の概要 |
（１）悪性腫瘍患者の腸内微生物叢と比較する対照群としての健常者群(n>2000)の糞便ショットガンメタゲノムデータのキュレーションを行った。ホストゲノムのコンタミネーション除去のためのアルゴリズムの最適化を行った。来年度以降は、健常者群の腸内微生物叢の特徴付けを行い、悪性腫瘍患者群との比較に用いる。
（２）悪性黒色腫（皮膚・粘膜）患者の腸内微生物叢の細菌に加え真菌、ウイルス、原虫の同定作業を開始した。来年度以降は、同定された腸内微生物叢について多様性解析、ネットワーク解析を行い、最終的に臨床的な情報との関連性を探る。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
本年度は対照群としての健常者WGSデータのキュレーションが完了した。アルゴリズムの最適化も完了したため、次年度以降では実際の悪性腫瘍患者群との比較に進むことができる。
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| 今後の研究の推進方策 |
来年度以降において、まずは健常者群の腸内微生物叢の特徴付け（多様性解析、ネットワーク解析）を行う。悪性黒色腫患者群において多様性解析、ネットワーク解析を行い、（１）健常者との対比；（２）臨床情報との関連付け（レスポンダー・ノンレスポンダー間の差異、生存期間との関連など）を行う予定である。これらが完了した後、論文投稿準備へ進む。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
今年度の研究のうち多くは健常者の公共データに基づくものであったため、ゲノム抽出やシークエンシングにかかる費用が想定より少なかった。翌年度以降はゲノム抽出やシークエンシングに加えてスーパーコンピューターの利用費用や学会発表費用・論文投稿準備に供する予定である。
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