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2017 年度 実績報告書

シアノバクテリアの時計タンパク質による概日時間の生成機構

研究課題

研究課題/領域番号 24000016
研究機関名古屋大学

研究代表者

近藤 孝男  名古屋大学, 理学研究科, 名誉教授

研究期間 (年度) 2013 – 2017
キーワードシアノバクテリア / KaiCタンパク質 / 概日時計 / ATPase活性制御 / 機械式概日時計モデル / 時間生物学 / 構造生物化学 / 結晶構造解析
研究実績の概要

概日リズムは「時計」としての特性を備えており、細胞の基本装置である。本計画ではシアノバクテリアの3つのKai蛋白質とATPによって試験管内で再構成される概日時計を利用し、以下を目的とした。1、時計蛋白質KaiCに潜む安定した概日振動発生機構を解明する。2、地球の自転周期をタンパク質分子内に記憶するタンパク質構造を理解する。3、細胞内の生理機能の時間的統合を, KaiC6量体の機能として解明する。4、真核生物で同様の可能性をさぐる。
本研究の遂行により、以下の知見を得ることができた。
(1)KaiC ATPaseによる周期決定と安定した振動発生 : 極めて弱いKaiCのATPaseを高時間分解能で測定し、CIとCIIのATPase活性を分別推定した。これを多くのKaiCの周期や温度補償の欠損体で解析し、時計遺伝子発現に基くモデルとは全く異なる2つATPaseによる機械式時計のモデルを提案した。現在この成果を論文として準備中である。
(2)24時間を記憶するメカニズムの構造生物学 : 多くの周期変異体のCIリングについて2Aを切る高精度の構造解析を行い、「遅さ」の構造基盤および分子科学的起源を突き止めた(Science, 2015)。
(3)KaiC6量体の機能 : 6量体を形成しているKaiCの間には、リン酸化状態を介してお互いの状態を監視・伝達する仕組みが存在し、KaiCの概日振動は細胞内での雑音に対して頑強に設計されていることが示された。
(4)Kaiに対応する真核生物の時計遺伝子探索を行ったが、これはまだ見つかっていない。
最終年度(2017年度)に実施された研究はKaiCの2つのATPase活性の分別推定法の検証を様々な条件で行ない、この方法で推定した2つの活性が実際の計測に一致することを示した。また、KaiAとKaiBの添加による位相を解析し2つのATPaseのカップリングを検証した。なお、本研究終了後は、基盤研究A(代表近藤孝男)および基盤研究S(代表秋山修二)が採択されており、本研究の成果をさらに発展すべく協力して研究を展開していく。

  • 研究成果

    (38件)

すべて 2017 2016 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (32件) (うち国際学会 13件、 招待講演 11件) 備考 (1件) 学会・シンポジウム開催 (1件)

  • [雑誌論文] Accelerating in vitro studies on circadian clock systems using an automated sampling device2016

    • 著者名/発表者名
      Furuike Y., Abe J., Mukaiyama A., Akiyama S.*
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 13 ページ: 235-241

    • DOI

      10.2142/biophysico.13.0_235

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Absolute slowness encoded in the circadian clock protein KaiC.2016

    • 著者名/発表者名
      Abe J., Mukaiyama A., Akiyama S. *
    • 雑誌名

      SPring-8 Research Frontiers 2015

      ページ: 24-25

    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] 概日時計因子の構造や動態を調べる意義とは?2016

    • 著者名/発表者名
      秋山 修志*
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 56 ページ: 266-270

    • DOI

      10.2142/biophys.56.266

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] シアノバクテリアの概日時計タンパク質KaiCによる計時機構2016

    • 著者名/発表者名
      伊藤(三輪)久美子, 村中智明, 近藤孝男*
    • 雑誌名

      生体の科学

      巻: 67 ページ: 507-511

    • DOI

      10.11477/mf.2425200541

  • [学会発表] The ATPase-based circadian pacemaker in KaiC2017

    • 著者名/発表者名
      Tomoaki Muranaka, Kumiko Miwa, Takao Kondo
    • 学会等名
      Circadian Clock of Cyanobacteria during 1991-2017
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Escapement mechanism in a cyanobacterial clock protein KaiC2017

    • 著者名/発表者名
      Kumiko Miwa, TomoakiMuranaka, Takao Kondo
    • 学会等名
      Circadian Clock of Cyanobacteria during 1991-2017
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Principle of circadian clock by KaiC protein of cyanobacteria2017

    • 著者名/発表者名
      Takao Kondo
    • 学会等名
      Circadian Clock of Cyanobacteria during 1991-2017
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The basicdesign of the cyanobacterial circadian clock protein KaiC2017

    • 著者名/発表者名
      Saki Oota, Kumiko Ito-Miwa, Tomoaki Muranaka, Takao Kondo
    • 学会等名
      Circadian Clock of Cyanobacteria during 1991-2017
    • 国際学会
  • [学会発表] Function of KaiA and KaiB in the ATPase Activity Rhythm of KaiC2017

    • 著者名/発表者名
      Yoshino Imura, Tomoaki Muranaka, Kumiko Ito, Michio Homma, Takao Kondo
    • 学会等名
      Circadian Clock of Cyanobacteria during 1991-2017
    • 国際学会
  • [学会発表] Biological X-ray Solution Scattering Activities at the Institute for Molecular Science2017

    • 著者名/発表者名
      Akiyama S.
    • 学会等名
      Okazaki Conference 2017 on Grand Challenges in Small-angle Scattering
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Atomic-scale origins of slowness and temperature compensation in KaiC2017

    • 著者名/発表者名
      Akiyama S.
    • 学会等名
      Circadian Clock of Cyanobacteria during 1991-2017
    • 国際学会
  • [学会発表] 生物の不思議~体内時計~2017

    • 著者名/発表者名
      秋山 修志
    • 学会等名
      日本放射光学会市民公開講座
    • 招待講演
  • [学会発表] シアノバクテリア時計タンパク質KaiCの一分子観察2017

    • 著者名/発表者名
      阿部 淳、向山 厚、古池 美彦、山下 栄樹、近藤 孝男、秋山 修志
    • 学会等名
      平成28年度 日本生物物理学会中部支部講演会
  • [学会発表] Visualizing a ring-shaped structure of KaiC at single-molecule levels2017

    • 著者名/発表者名
      Abe J., Mukaiyama A., Furuike Y., Yamashita E., Kondo T., Akiyama S.
    • 学会等名
      Circadian Clock of Cyanobacteria during 1991-2017
    • 国際学会
  • [学会発表] Characterizing the conformational chang of the C1 ring in solution2017

    • 著者名/発表者名
      Mukaiyama A., Abe J., Furuike Y., Yamashita E., Kondo T., Akiyama S.
    • 学会等名
      Circadian Clock of Cyanobacteria during 1991-2017
    • 国際学会
  • [学会発表] Functional and Structural Study on Peptide Isomerization in KaiC2017

    • 著者名/発表者名
      Furuike Y., Abe J., Mukaiyama A., Yamashita E., Kondo T., Akiyama S.
    • 学会等名
      Circadian Clock of Cyanobacteria during 1991-2017
    • 国際学会
  • [学会発表] シアノバクテリア時計タンパク質KaiCにおける主鎖異性化反応の意義2017

    • 著者名/発表者名
      古池美彦、阿部淳、向山厚、山下栄樹、近藤孝男、秋山修志
    • 学会等名
      平成28年度 日本生物物理学会中部支部講演会
  • [学会発表] 蛍光分光法による時計タンパク質KaiCの動的構造変化の解析2017

    • 著者名/発表者名
      向山 厚、阿部 淳、古池 美彦、山下 栄樹、近藤 孝男、秋山 修志
    • 学会等名
      平成28年度 日本生物物理学会中部支部講演会
  • [学会発表] シアノバクテリアの時計タンパク質KaiCのドメイン間カップリングによるリズム発振機構2017

    • 著者名/発表者名
      三輪久美子, 近藤孝男
    • 学会等名
      第24回日本時間生物学会学術大会
  • [学会発表] 生命に宿る振り子時計2017

    • 著者名/発表者名
      近藤孝男
    • 学会等名
      第26回 国際土岐コンファレンス市民学術講演会
    • 招待講演
  • [学会発表] シアノバクテリアの時計タンパク質KaiCの分子内フィードバックとドメイン間カップリングによるリズム発振機構2017

    • 著者名/発表者名
      三輪久美子, 近藤孝男
    • 学会等名
      第81回日本生化学会中部支部例会・シンポジウム
  • [学会発表] Design of circadian clock of cyanobacteria by dual ATPases in KaiC2017

    • 著者名/発表者名
      近藤 孝男
    • 学会等名
      The 55th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 招待講演
  • [学会発表] Escapement mechanism in a cyanobacterial clock protein KaiC2016

    • 著者名/発表者名
      Kumiko Ito-Miwa, Tomoaki Muranaka and Takao Kondo
    • 学会等名
      IGER International Symposium on Biological Rhythms “Towards understanding the molecular clockwork”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The period determining ATPase activity of KaiC2016

    • 著者名/発表者名
      Tomoaki Muranaka, Kumiko Ito-Miwa, Takao Kondo
    • 学会等名
      IGER International Symposium on Biological Rhythms “Towards understanding the molecular clockwork”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 時計タンパク質KaiCの特定部位のアミノ酸側鎖の大きさが周期を決める2016

    • 著者名/発表者名
      伊藤 久美子、村中 智明、近藤 孝男
    • 学会等名
      第23回日本時間生物学会学術大会
  • [学会発表] KaiCに備わる2つのATPaseの機能推定2016

    • 著者名/発表者名
      村中智明、伊藤久美子、伊村芳野、近藤孝男
    • 学会等名
      第23回日本時間生物学会学術大会
  • [学会発表] KaiC in vitro oscillatorの周期はpH依存的に変化する2016

    • 著者名/発表者名
      太田早紀、伊藤久美子、村中智明、本間道夫、近藤孝男
    • 学会等名
      第23回日本時間生物学会学術大会
  • [学会発表] KaiCのATPase活性リズム形成におけるKaiAとKaiBの機能推定2016

    • 著者名/発表者名
      伊村芳野、村中智明、伊藤久美子、本間道夫、近藤孝男
    • 学会等名
      第23回日本時間生物学会学術大会
  • [学会発表] Cyanobacterial circadian clock system. How and why can it be so slow and stable?2016

    • 著者名/発表者名
      Akiyama S.
    • 学会等名
      Sapporo Symposium on Biological Rhythm
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生体分子システム研究に必要なツールとは?2016

    • 著者名/発表者名
      秋山 修志
    • 学会等名
      中性子生命科学研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] AFM observation of a ring-shaped structure of KaiC2016

    • 著者名/発表者名
      Abe J., Mukaiyama A., Furuike Y., Akiyama S.
    • 学会等名
      The 54th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • [学会発表] 蛍光分光法を用いた時計タンパク質KaiCの動的構造変化の解析2016

    • 著者名/発表者名
      向山 厚、阿部 淳、古池 美彦、山下 栄樹、近藤 孝男、秋山 修志
    • 学会等名
      第23回日本時間生物学会学術大会
  • [学会発表] シアノバクテリア時計タンパク質KaiCの-分子観察2016

    • 著者名/発表者名
      阿部 淳、向山 厚、古池 美彦、秋山 修志
    • 学会等名
      第23回日本時間生物学会学術大会
  • [学会発表] KaiCにおける主鎖異性化反応の意義2016

    • 著者名/発表者名
      古池美彦、阿部淳、向山厚、山下栄樹、近藤孝男、秋山修志
    • 学会等名
      第23回日本時間生物学会学術大会
  • [学会発表] Structural Differences between Phosphorylated and Dephosphorylated States of Clock Protein KaiC2016

    • 著者名/発表者名
      Furuike Y., Abe J., Yamashita E., Kondo T., Akiyama S.
    • 学会等名
      The 54th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • [学会発表] Spectroscopic characterization of the conformational change of the cyanobacterial clock protein KaiC2016

    • 著者名/発表者名
      Mukaiyama A., Abe J., Furuike Y., Yamashita E., Kondo T., Akiyama S.
    • 学会等名
      The 54th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • [備考] 計時機構研究グループ ホームページ

    • URL

      http://clock.bio.nagoya-u.ac.jp

  • [学会・シンポジウム開催] Circadian Clock of Cyanobacteria during 1991-2017

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公開日: 2019-03-20  

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