| 研究課題/領域番号 |
24240044
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| 研究機関 | 東京工業大学 |
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研究代表者 |
秋山 泰 東京工業大学, 情報理工学院, 教授 (30243091)
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| 研究分担者 |
瀬々 潤 国立研究開発法人産業技術総合研究所, その他部局等, 研究チーム長 (40361539)
関嶋 政和 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 准教授 (80371053)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2017-03-31
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| キーワード | 生体生命情報学 / アルゴリズム / 薬学 / ハイパフォーマンス・コンピューティング |
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| 研究実績の概要 |
(1) 「化合物データベースのネットワーク解析による複数標的分子候補列挙」では、現在データが増加しているゲノムワイド関連解析に対し、広く人類遺伝学を研究する研究者に複合的な因子探索を行ってもらえるよう遺伝学で広く利用されるソフトウエアPLINKに、我々の開発した複合因子探索手法であるLAMPを組込んだLAMPLINK[Bioinformatics 2016]を開発した。 また、本ソフトウエアを疾病原因となる変異の探索に応用し、遺伝子と創薬ターゲット遺伝子の関係を調べることで、疾病と創薬ターゲットの関係を調査するシステムを作成した 。
(2)「形状相補性に基づくドッキング手法による分子―キナーゼの大規模な組合せ探索」では、商用ソフトウェアGLIDEに依存する部分を減らすことで、購入ライセンス数によって制限されている過程の高速化を図った。候補化合物のフラグメント化に基づく高速ドッキングの手法を開発し、成果の一部がSpressoシステムとして完成した。[Bioinformatics, in press]
(3)「水分子を考慮した複数分子標的薬のリード化合物生成」では、生体分子と水分子の系に対して分子動力学シミュレーションを行い、熱揺らぎを考慮したタンパク質の立体構造を獲得する為にクラスタリングを行い、その代表構造を獲得する手順を開発してきた。この手法により、ある標的のリガンド結合部位に対して体積が193立方オングストロームであったものが分子動力学シミュレーションとクラスタリングを組合せることで496立方オングストロームに増大したリガンド結合部位が得られた。
上記(1)(2)(3)により、複数分子を標的とした新薬設計手法に関連して、複数標的分子の列挙、大規模な化合物ドッキング、分子動力学法とクラスタリングの組合せによるスクリーニング精度の向上をはじめとする重要な要素技術の開発を達成した。
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| 現在までの達成度 (段落) |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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