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2012 年度 実績報告書

高速AFM/一分子蛍光複合機で明らかにするリング状ATPaseの協同的構造変化

研究課題

研究課題/領域番号 24241048
研究種目

基盤研究(A)

研究機関金沢大学

研究代表者

内橋 貴之  金沢大学, 数物科学系, 准教授 (30326300)

研究分担者 渡辺 洋平  甲南大学, 理工学部, 講師 (40411839)
飯野 亮太  東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 講師 (70403003)
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
キーワード一分子計測 / AAAタンパク質 / シャペロニン / 高速原子間力顕微鏡 / 蛍光顕微鏡
研究概要

本年度は、好熱菌由来のClpBの基板への特異的吸着法の検討を行った。ClpBのC末端に変異(K721C)を導入しBiotin-PEACn-Maleimideを付与した試料を準備した。一方、基板はアミノシラン処理したマイカをBiotin-OSUで修飾し、さらにストレプトアビジン分子をこていすることで、ClpBのN末端を上向きにして固定する方法を確立した。K721C変異体を高濃度ATP状態でインキュベーション後、高速AFM観察を行ったところ、ClpBの大多数が完全な六量体リングを形成していないことが分かった。また、リング構造が形成された場合でも、多くの場合6回対称の構造をとらず、非対称な構造をしていることが分かった。さらに、リング構造はダイナミックに揺らいでおり、リングの切断と再形成が時間とともに起こっていることを見出した。一方、ATPの加水分解能を低下させた変異体(Trap-ATP)では、対称なリング構造が形成されていることが分かった。これらのことから、ClpBはATP依存的にリング形成の安定性が変化していることが示唆された。
高速AFM/蛍光顕微鏡複合機の光学系の見直しを行った結果、一分子レベルで高速AFMと蛍光顕微鏡の同視野・同時観察ができるようになった。これを用いて実際に、ミオシンVの歩行運動やキチナーゼがキチン結晶上を連続的に移動様子を同時観察することに成功した。次年度には、このシステムを用いてF1-ATPseの構造変化と蛍光性ATPの結合過程の同時観察を進めていく。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初予定していたClpBの高速AFMによる高分解能観察法は確立した。また、予期していなかったClpBの非対称なオリゴマー構造やリング構造の不安性を見出した。また、高速原子間力顕微鏡/蛍光顕微鏡複合機による一分子観察もできるようになった。蛍光性ATPの結合と高速AFMによる構造変化の同時観察を成功させるまでにはいたらなかったが、計画全体としては順調に進展していると考える。

今後の研究の推進方策

ClpBの基板への固定方法や必要と思われる変異体はほぼ準備できた。高速AFMによる高分解能観察の条件も確立したので、今後は構造変化の観察に向けたヌクレオチドの濃度条件を検討し、高速AFM観察を継続していく。並行してClpBへの基質結合に向けた基盤準備を行う。
蛍光顕微鏡/高速AFM複合機による観察に関しては、まずは蛍光性ATPの結合とAFMによる構造変化の観察を成功させる。そのあとに、この手法により六量体ATPaseの構造変化とヌクレオチド結合の関係を明らかにしていく。

  • 研究成果

    (18件)

すべて 2013 2012

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (10件) (うち招待講演 9件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] High-speed AFM and applications to biomolecular systems2013

    • 著者名/発表者名
      Toshio Ando
    • 雑誌名

      Annual Review of Biophysics

      巻: 42 ページ: in press

    • DOI

      10.1146/annurev-biophys-083012-130324

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Role of trimer-trimer interaction of bacteriorhodopsin studied by high-speed atomic force microscopy2013

    • 著者名/発表者名
      Hayato Yamashita
    • 雑誌名

      Journal of Structural Biology

      巻: in press ページ: in press

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2013.02.011

    • 査読あり
  • [雑誌論文] リアルタイム原子間力顕微鏡の開発とたんぱく質の機能動態イメージング2013

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 雑誌名

      光学

      巻: 42 ページ: 89-94

  • [雑誌論文] Visualization of cellobiohydrolase I from Trichoderma reesei moving on crystalline cellulose using high-speed atomic force microscopy2012

    • 著者名/発表者名
      Kiyohiko Igarashi
    • 雑誌名

      Methods in Enzymology

      巻: 510 ページ: 169-182

    • DOI

      10.1016/B978-0-12-415931-0.00009-4

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Guide to video recording of structure dynamics and dynamic processes of proteins by high-speed atomic force microscopy2012

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Uchihashi
    • 雑誌名

      Nature Protocols

      巻: 7 ページ: 1193-1206

    • DOI

      0.1038/nprot.2012.047

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Single molecule imaging on living bacterial cell surface by high-speed AFM2012

    • 著者名/発表者名
      Hayato Yamashita
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 422 ページ: 300-309

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2012.05.018

    • 査読あり
  • [雑誌論文] High-speed atomic force microscopy2012

    • 著者名/発表者名
      Toshio Ando
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Applied Physics

      巻: 51 ページ: 08KA02

    • DOI

      10.1143/JJAP.51.08KA02

    • 査読あり
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡によるタンパク質の一分子ダイナミクス計測2013

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 学会等名
      第90回日本生理学会大会 日本生物物理学会連携シンポジウ ”新しい計測で生命科学を切り拓く”
    • 発表場所
      船堀
    • 年月日
      20130327-20130327
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速AFMによる生体分子のダイナミクス解析2012

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 学会等名
      KEK PF 第1回先進的観測技術研究会
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      20121226-20121226
    • 招待講演
  • [学会発表] Combined High-Speed AFM and Optical Microscopy2012

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Uchihashi
    • 学会等名
      20th International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM20)
    • 発表場所
      Okinawa
    • 年月日
      20121217-20121219
  • [学会発表] 高速AFMを用いた1分子ダイナミクス2012

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 学会等名
      第85回日本生化学会大会, シンポジウム”少数性・生化学の新たな視点”
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      20121216-20121216
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速AFMによるバイオ分子の液中動的観察2012

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 学会等名
      生体分子機能解析のための走査型プローブ顕微鏡手法研究部会
    • 発表場所
      越後湯沢
    • 年月日
      20121209-20121209
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡でイメージ ングするタンパク質の一分子ダイナミクス2012

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 学会等名
      第12回名古屋大学遺伝子実験施設公開セミナー
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      20121129-20121129
    • 招待講演
  • [学会発表] Image analysis of HS-AFM movies for dynamic events on biological molecules: F1-ATPase and cellulase2012

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Uchihashi
    • 学会等名
      3rd Kanazawa Bio-AFM Workshop
    • 発表場所
      Kanazawa
    • 年月日
      20121105-20121108
    • 招待講演
  • [学会発表] High-speed atomic force microscopy: A tool for nanobionnics2012

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Uchihashi
    • 学会等名
      3rd Asia-Pacific Symposium on Nanobionics
    • 発表場所
      Wollongong, Australia
    • 年月日
      20120919-20120921
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡で可視化するタンパク質の機能動態2012

    • 著者名/発表者名
      内橋貴之
    • 学会等名
      第52回生命科学夏の学校
    • 発表場所
      蒲郡
    • 年月日
      20120825-20120826
    • 招待講演
  • [学会発表] HIGH-SPEED ATOMIC FORCE MICROSCOPY FOR OBSERVING DYNAMIC BIOMOLECULAR PROCESSES2012

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Uchihashi
    • 学会等名
      XXI International Materials Research Congress
    • 発表場所
      Cancun, Mexico
    • 年月日
      20120811-20120816
    • 招待講演
  • [図書] Single-molecule Studies of Proteins. Biophysics for the Life Sciences2013

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Uchihashi
    • 総ページ数
      269
    • 出版者
      Springer

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公開日: 2014-07-24  

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