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2014 年度 実績報告書

遺伝子発現に重要な関与をする核酸の非標準構造のエネルギーデータベース化とその活用

研究課題

研究課題/領域番号 24245033
研究機関甲南大学

研究代表者

杉本 直己  甲南大学, 先端生命工学研究所, 教授 (60206430)

研究分担者 建石 寿枝  甲南大学, 先端生命工学研究所, 助教 (20593495)
遠藤 玉樹  甲南大学, 先端生命工学研究所, 講師 (90550236)
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
キーワード核酸構造 / 安定化エネルギー / 相互作用エネルギー / 溶液内化学環境 / 分子クラウディング / 四重鎖構造 / 転写反応 / 翻訳反応
研究実績の概要

平成26年度は、『知る』研究、『生む』研究、『活かす』研究を包括的に進め、核酸の非標準構造に関するエネルギーデータベースの活用を行った。『知る』研究では、二重鎖領域末端のダングリングエンドに対する分子クラウディング環境の影響を明らかにした(ChemMedChem, 9, 2150 (2014))。また、計算科学的な手法を用いて微視的観点からDNAと分子イオンとの相互作用をエネルギーレベルで解析し、コリンイオンによる核酸構造の安定性に対する寄与を明らかにした(J. Phys. Chem. B., 118, 9583 (2014)、J. Phys. Chem. B., 118, 379 (2014))。一方で、コリンイオンとグアニン塩基の相互作用により、膜表面上で四重鎖構造が不安定化するという知見を基に、膜の表面上で四重鎖構造を形成するDNAからの転写量を増大させるシステムを『生む』研究へと発展させた(Nucleic Acids Res., 42, 12949 (2014))。また、機能性の人工分子『生む』研究として、アニオン性のフタロシアニンが、二重鎖構造のDNAが多量に存在する条件下でもテロメラーゼの活性を効率的に抑制できることを示した(J. Phys. Chem. B., 118, 2605 (2014))。さらに、人工ペプチド核酸(PNA)を合成し、カルパインでPNAを切断することにより、分子間で形成されていた四重鎖構造を解消させることに成功した(Org. Biomol. Chem., 13, 2022 (2015))。核酸の非標準構造を遺伝子発現制御に『活かす』研究として、これまでの研究から得られている、RNA高次構造の形成におけるステム領域の重要性に着目し、ステム領域を系統的に改変した人工リボスイッチによる遺伝子発現制御システムを構築することに成功した(Angew. Chem. Int. Ed., 54, 905 (2015))。
これらの研究から得られた成果は総説としてまとめ、国際的な学術雑誌に掲載した(Chem. Rev., 114, 2733 (2014)、Nucleic Acids Res., 42, 8831 (2014)など)。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (45件)

すべて 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (13件) (うち査読あり 13件、 謝辞記載あり 11件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (29件) (うち招待講演 5件) 図書 (2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Tuning riboswitch-mediated gene regulation by rational control of aptamer ligand binding properties2015

    • 著者名/発表者名
      A. B. Rode, T. Endoh, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Angew. Chem. Int. Ed.

      巻: 54 ページ: 905-909

    • DOI

      10.1002/anie.201407385

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Effects of molecular crowding on the structures, interactions, and functions of nucleic acids2014

    • 著者名/発表者名
      S. Nakano, D. Miyoshi, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Chem. Rev.

      巻: 114 ページ: 2733-2758

    • DOI

      10.1021/cr400113m

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Structure, stability and behavior of nucleic acids in ionic liquids2014

    • 著者名/発表者名
      H. Tateishi-Karimata and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 42 ページ: 8831-8844

    • DOI

      10.1093/nar/gku499

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Choline ion interactions with DNA atoms explain unique stabilization of A-T base pairs in DNA duplexes: A microscopic view2014

    • 著者名/発表者名
      M. Nakano, H. Tateishi-Karimata, S. Tanaka, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 118 ページ: 379-389

    • DOI

      10.1021/jp406647b

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] In vitro assays predicting of telomerase inhibitory effect of G-quadruplex ligands in cell nuclei2014

    • 著者名/発表者名
      H. Yaku, T. Murashima, D. Miyoshi, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 118 ページ: 2605-2614

    • DOI

      10.1021/jp410669t

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Reduced graphene oxide upconversion nanoparticle hybrid for electrochemi luminescent sensing of a prognostic indicator in early-stage cancer2014

    • 著者名/発表者名
      L. Wu, J. Wang, M. Yin, J. Ren, D. Miyoshi, N. Sugimoto, and X. Qu
    • 雑誌名

      Small

      巻: 10 ページ: 330-336

    • DOI

      10.1002/smll.201301273

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Drastic stabilization of parallel DNA hybridizations by a polylysine comb-type copolymer with hydrophilic graft chain2014

    • 著者名/発表者名
      D. Miyoshi, Y. Ueda, N. Shimada, S. Nakano, N. Sugimoto, A. Maruyama
    • 雑誌名

      ChemMedChem

      巻: 9 ページ: 2156-2163

    • DOI

      10.1002/cmdc.201402157

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Dangling ends perturb the stability of RNA duplex responsive to surrounding condition2014

    • 著者名/発表者名
      H. Tateishi-Karimata, S. Pramanik, S. Nakano, D. Miyoshi and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      ChemMedChem

      巻: 9 ページ: 2150-2155

    • DOI

      10.1002/cmdc.201402167

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Aptamer-based universal fluorometric sensors based on allosteric modulation of RNA-peptide interactions2014

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      ChemMedChem

      巻: 9 ページ: 2045-2048

    • DOI

      10.1002/cmdc.201402151

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] The affinity of molecular ions for DNA structures is determined by solvent accessible surface area2014

    • 著者名/発表者名
      M. Nakano, H. Tateishi-Karimata, S. Tanaka, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 118 ページ: 9583-9594

    • DOI

      10.1021/jp505107g

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Organelle-mimicking liposome dissociates G-quadruplexes and facilitates transcription2014

    • 著者名/発表者名
      S. Pramanik, H. Tateishi-Karimata, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 42 ページ: 12949-12959

    • DOI

      10.1093/nar/gku998

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Methyl substitution regulates the enantioselectivity of supramolecular complex binding to human telomeric G-Quadruplex DNA2014

    • 著者名/発表者名
      B. Xu, C. Zhao, Y. Chen, H. Tateishi-Karimata, J. Ren, N. Sugimoto, and X. Qu
    • 雑誌名

      Chem. Eur. J.

      巻: 20 ページ: 16467-16472

    • DOI

      10.1002/chem.201404854

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Noncanonical Structures and Their Thermodynamics of DNA and RNA Under Molecular Crowing: Beyond the Watson-Crick Double Helix2014

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Int. Rev. of Cell and Mol. Biol.

      巻: 307 ページ: 205-273

    • DOI

      10.1016/B978-0-12-800046-5.00008-4

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (1): DNA G-quadruplexes Control RNA-folding and Gene Expression2015

    • 著者名/発表者名
      H. Tateishi-Karimata, T. Endoh, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第95春季年会
    • 発表場所
      日本大学 理工学部船橋キャンパス、千葉
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (2): DNA G-triplexes Control Production of RNA Transcript2015

    • 著者名/発表者名
      R. Subramaniyam, H. Tateishi-Karimata, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第95春季年会
    • 発表場所
      日本大学 理工学部船橋キャンパス、千葉
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (3): Regulation of Transcription by Cyclic Naphthalene Diimide of G-quadruplex DNA Binding Ligand2015

    • 著者名/発表者名
      H. Tateishi-Karimata, Y. Esaki, S. Sato, S. Takeneka, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第95春季年会
    • 発表場所
      日本大学 理工学部船橋キャンパス、千葉
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (4): Interaction of Nucleolin with DNA and RNA G-quadruplexes2015

    • 著者名/発表者名
      S. Pramanik, H. Tateishi-Karimata, S. Takahashi, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第95春季年会
    • 発表場所
      日本大学 理工学部船橋キャンパス、千葉
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (6): Binding Mechanism of G-quadruplex and Its Ligands Elucidated by Pressure Effect2015

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, S. Bhowmik, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第95春季年会
    • 発表場所
      日本大学 理工学部船橋キャンパス、千葉
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (7): Molecular Crowding Effect on Ribozyme- or Protein-based Polymerase Reactions2015

    • 著者名/発表者名
      H. Okura, S. Takahashi, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第95春季年会
    • 発表場所
      日本大学 理工学部船橋キャンパス、千葉
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (10): Translation Suppression Mediated by Triplex Formed by 2-Aminopyridine-modified PNA and Hairpin RNA2015

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, E. Rozners, D. Hnedzko, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第95春季年会
    • 発表場所
      日本大学 理工学部船橋キャンパス、千葉
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (11): Role of Compensatory Base Pair Variation in Stem Regions of FMN Riboswitch Aptamer on Its Gene Regulation2015

    • 著者名/発表者名
      A. B. Rode, T. Endoh, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第95春季年会
    • 発表場所
      日本大学 理工学部船橋キャンパス、千葉
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [学会発表] Structures, Interactions, and Functions of Nucleic Acids under Molecular Crowding Conditions2014

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 学会等名
      Asian Chemical Biology Conference (ACBC 2014)
    • 発表場所
      Ngee An Kongsi Auditorium, Education resource centre in NUS, Singapore
    • 年月日
      2014-12-15 – 2014-12-17
    • 招待講演
  • [学会発表] 核酸の非二重らせん構造に潜む重要な機能2014

    • 著者名/発表者名
      杉本直己
    • 学会等名
      第14回東北大学多元物質科学研究所 研究発表会
    • 発表場所
      東北大学片平さくらホール、宮城
    • 年月日
      2014-12-05 – 2014-12-05
    • 招待講演
  • [学会発表] 核酸四重らせん構造を特異的に安定化させる修飾DNAの開発2014

    • 著者名/発表者名
      建石寿枝, 村岡貴博, 金原数, 杉本直己
    • 学会等名
      第14回東北大学多元物質科学研究所 研究発表会
    • 発表場所
      東北大学片平さくらホール、宮城
    • 年月日
      2014-12-05 – 2014-12-05
  • [学会発表] 核酸の挙動に及ぼす分子クラウディングと圧力の影響2014

    • 著者名/発表者名
      杉本直己, 高橋俊太郎
    • 学会等名
      第55回高圧討論会
    • 発表場所
      徳島大学常三島キャンパス、徳島
    • 年月日
      2014-11-22 – 2014-11-24
    • 招待講演
  • [学会発表] テロメアDNA配列のP-T依存的構造変化2014

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, 杉本直己
    • 学会等名
      第55回高圧討論会
    • 発表場所
      徳島大学常三島キャンパス、徳島
    • 年月日
      2014-11-22 – 2014-11-24
  • [学会発表] Effect of Conformational Transition Kinetics of Nascent mRNA on Co-and Post-transcriptional Translation Systems2014

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh and N. Sugimoto
    • 学会等名
      The 41st International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      Kitakyushu International Conference Center, Fukuoka
    • 年月日
      2014-11-05 – 2014-11-07
  • [学会発表] Large stabilization of G-quadruplexes by tetra-ethylene glycol modified deoxythymines2014

    • 著者名/発表者名
      H. Tateishi-Karimata, T. Muraoka, K. Kinbara, P. Podbevsec, J. Plavec, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      The 41st International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      Kitakyushu International Conference Center, Fukuoka
    • 年月日
      2014-11-05 – 2014-11-07
  • [学会発表] New insights into the binding nucleolin to nucleic acids from physicochemical analysis2014

    • 著者名/発表者名
      S. Pramanik, H. Tateishi-Karimata, S. Takahashi, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      The 41st International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      Kitakyushu International Conference Center, Fukuoka
    • 年月日
      2014-11-05 – 2014-11-07
  • [学会発表] Tuning of Riboswitch-mediated Gene Regulation via Rational Control of Aptamer Ligand Binding Properties2014

    • 著者名/発表者名
      A. B. Rode, T. Endoh, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      The 41st International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      Kitakyushu International Conference Center, Fukuoka
    • 年月日
      2014-11-05 – 2014-11-07
  • [学会発表] Pressure and temperature stability diagram of human telomeric DNA2014

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, S. Bhowmik, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      The 41st International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      Kitakyushu International Conference Center, Fukuoka
    • 年月日
      2014-11-05 – 2014-11-07
  • [学会発表] Interesting Behaviors of Nucleic Acids with Unusual Structures2014

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, H. Tateishi-Karimata, S. Takahashi, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      3rd Swiss-Japan Chemical Biology Symposium 2014
    • 発表場所
      Bern, Switzerland
    • 年月日
      2014-10-02 – 2014-10-03
  • [学会発表] 非二重らせん構造に隠された核酸の機能を知る2014

    • 著者名/発表者名
      杉本直己
    • 学会等名
      バイオ・高分子研究会 核酸を科学する
    • 発表場所
      にっしょうかん新館・梅松鶴、長崎
    • 年月日
      2014-09-26 – 2014-09-27
  • [学会発表] Interesting Behaviors of Nucleic Acids under Molecular crowding conditions2014

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 学会等名
      Graduate School of Biostudies & iCeMS Joint Symposium “Hierarchical Dynamics of Nucleic Acids: Synergy between Structure and Function”
    • 発表場所
      iCeMS, Kyoto University
    • 年月日
      2014-09-22 – 2014-09-22
    • 招待講演
  • [学会発表] 核酸の熱力学的挙動解析と核酸ナノマテリアルの創製2014

    • 著者名/発表者名
      杉本直己
    • 学会等名
      第64回錯体化学討論会
    • 発表場所
      中央大学理工学部 後楽園キャンパス、東京
    • 年月日
      2014-09-18 – 2014-09-20
    • 招待講演
  • [学会発表] 高圧力で誘起されるi-motif DNAの構造安定化効果2014

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, 杉本直己
    • 学会等名
      第8回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      岡山大学津島キャンパス、岡山
    • 年月日
      2014-09-11 – 2014-09-13
  • [学会発表] RNA-ペプチド間のアロステリック相互作用を利用した小分子検出のためのユニバーサルバイオセンサーの構築2014

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹, 杉本直己
    • 学会等名
      第8回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      岡山大学津島キャンパス、岡山
    • 年月日
      2014-09-11 – 2014-09-13
  • [学会発表] DNA四重鎖は転写の二次情報を保持しているか?2014

    • 著者名/発表者名
      建石寿枝, 遠藤玉樹, 高橋俊太郎, 杉本直己
    • 学会等名
      第8回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      岡山大学津島キャンパス、岡山
    • 年月日
      2014-09-11 – 2014-09-13
  • [学会発表] Effects of Molecular Crowding on the Structures, Interactions, and Functions of Nucleic Acids: Beyond the Watson-Crick Double Helix2014

    • 著者名/発表者名
      S. Nakano, D. Miyoshi, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      XXI Round Table on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic acids (IRT2014)
    • 発表場所
      Poznan, Poland
    • 年月日
      2014-08-24 – 2014-08-28
  • [学会発表] Effect of pressure and molecular crowding on the stability of G-quadruplex DNA2014

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi and N. Sugimoto
    • 学会等名
      8th International Conference on High Pressure Bioscience and Biotechnology (HPBB)
    • 発表場所
      Nantes, France
    • 年月日
      2014-07-15 – 2014-07-18
  • [学会発表] Thermal Stability and Application of Unusual structures of DNA and RNA, International University2014

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 学会等名
      The 5th International Conference on the Development of Biomedical Engineering
    • 発表場所
      Ho Chi Minh, Vietnam
    • 年月日
      2014-06-16 – 2014-06-18
  • [学会発表] Thermal Stability of Non-cannonical structures in Template DNA and its Effect on Transcription2014

    • 著者名/発表者名
      H. Tateishi-Karimata and N. Sugimoto
    • 学会等名
      Gordon Research Conference - Biopolymers
    • 発表場所
      Salve Regina University, USA
    • 年月日
      2014-06-01 – 2014-06-06
  • [図書] 高圧力下での核酸の化学的挙動 (CSJカレントレビュー 極限環境の生体分子 過酷な環境下での機能を科学する)2014

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎、杉本直己
    • 総ページ数
      9
    • 出版者
      化学同人
  • [図書] Effect of Ionic Liquid and Liposomes on the Structure, Stability, and Function of Nucleic Acids (Chemical Biology of Nucleic Acids: Fundamentals and Clinical Applications)2014

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 総ページ数
      18
    • 出版者
      Springer
  • [備考] 甲南大学先端生命工学研究所

    • URL

      http://www.konan-fiber.jp/index.shtml

URL: 

公開日: 2016-06-03  

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