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2012 年度 実績報告書

花成遺伝子の多型による開花期の地域適応と種分化機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 24247013
研究種目

基盤研究(A)

研究機関京都大学

研究代表者

瀬戸口 浩彰  京都大学, 人間・環境学研究科(研究院), 教授 (70206647)

研究分担者 川口 正代司  基礎生物学研究所, 大学共同利用機関等の部局等, 教授 (30260508)
池田 啓  岡山大学, その他部局等, 助教 (70580405)
研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2016-03-31
キーワード種分化 / 開花 / ミヤコグサ / フィトクロム / 概日時計遺伝子 / 緯度 / マメ科
研究概要

マメ科のモデル植物であるミヤコグサLotus japonicusは、日本で沖縄県宮古島から北海道最北部にまで、緯度にして20度を超える範囲にわたっており、産地毎に開花時期がずれていることによって、交配する機会を失った「種内分化」が進行していることがこれまでに示唆されている。植物が開花する過程には3つのステップがあり(光受容体系、概日時計系、花芽形成系)、それぞれに複数の遺伝子が関与していることが知られている。本年度は、日本国内の北海道から宮古島までの10地点に由来するミヤコグサを用いて、光受容体遺伝子群PhytochromeA, B, E, ならびにCryptochrome1と2, 概日時計遺伝子E1の塩基配列を合計15,121bpにわたって解析した。その結果、PHYAで塩基置換6(エキソン/イントロン:5/1), PHYBでは6(4/2)、PHYEでは3(3/0)が見つかった。E1では5塩基置換すべてが非同義置換であった。非同義的置換をPHYの翻訳領域にマップした結果、大部分が光受容体機能を担当しているN-末端側の領域に位置した。一方、CRY1とCRY2では塩基置換が0であった。以上のことから、ミヤコグサのPHY遺伝子、及びE1は、自然集団でStanding Genetic Variationとして遺伝子多型が維持されてきたと考えられる。それに対してCRYは変異を抑制する浄化選択が作用していることが示唆された。また、これまでミヤコグサで存在とゲノム上の位置が不明であった概日時計遺伝子:GIGANTEAについて、ゲノム上の位置が第5染色体上の(非公開)にあることを明らかにした。今後はE1を含めた花成関与遺伝子の発現量を早咲き(南)-遅咲き(北)間で比較解析する予定である。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

研究開始直前の段階で、研究材料のミヤコグサにダニが大量発生してしまったために、全てのサンプルを廃棄して、もう一度、播種から育成をやり直すことになってしまった。そのために、研究概要の最後に書いてある「各遺伝子の発現量」を定量PCRで測定する実験が、今年度にずれ込んでしまった。

今後の研究の推進方策

遺伝子発現の実験については、対象とする遺伝子をシロイヌナズナで研究経験が豊富な名古屋大学農学研究科 水野猛教授と山篠貴史助教とともに共同で推進することによって、速やかに研究成果を出していくことにした。とくに、概日時計型のE1とGI、ならびに花芽形成遺伝子のFlowering Locus Ta (FTa)を対象にして、発現量の日周変化と発言量の差異を、日本各地の野生系統の間で比較する計画である。共同研究者の川口正代司教授は、開花期が大きく異なる北海道と沖縄の株を交配させた組み替え自殖系統(RIL)を作成中であり、今後には次世代シーケンサーも併用した解析を進める。これまで別のRILを用いて解析した結果では、1番染色体の特定の部位に、開花時期に関わるSNPが集中しており、その中には3種類のCDSが特定された。そこで本年度は、これらのCDSの機能と変異体が開花時期に及ぼす影響についても検討する計画である。もう一名の共同研究者の池田啓助教は、研究材料の採集をさらに進めるとともに、遺伝子多型の集団遺伝学的モデル計算を行う。昨年度に問題であった害虫の防除は、人工気象器を3台体制にするとともに、密閉された室内で育成をすることによって解決できたと考えている。

  • 研究成果

    (18件)

すべて 2013 2012

すべて 雑誌論文 (13件) (うち査読あり 13件) 学会発表 (5件) (うち招待講演 3件)

  • [雑誌論文] A multilocus sequencing approach reveals the cryptic phylogeographic history of Phyllodoce nipponica Makino (Ericaceae)2013

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, H., Setoguchi, H.
    • 雑誌名

      Botanical Journal of the Linnean Society

      巻: in press ページ: in press

    • 査読あり
  • [雑誌論文] New microsatellite markers for Tricyrtis macrantha (Convallariaceae) and cross-amplification in closely related species2013

    • 著者名/発表者名
      Ohki, M., Setoguchi, H.
    • 雑誌名

      Applications in Plant Sciences

      巻: in press ページ: in press

    • 査読あり
  • [雑誌論文] TRICOT encodes an AMP1-related carboxypeptidase that regulates root nodule development and shoot apical meristem maintenance in Lotus japonicus2013

    • 著者名/発表者名
      Suzaki, T, Kim, C.S, Takeda, N, Szczyglowski, K. and Kawaguchi, M.
    • 雑誌名

      Development

      巻: 140 ページ: 353-361

    • DOI

      10.1242/dev.089631

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Demographic histories of adaptively diverged riparian and non-riparian species of Ainsliaea (Asteraceae) inferred from coalescent analyses using nuclear loci.2012

    • 著者名/発表者名
      Mitsui Y., Setoguchi H.
    • 雑誌名

      BMC Evolutionary Biology

      巻: 12 ページ: 1-14

    • DOI

      10.1186/1471-2148-12-254

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Intraspecific karyotypic polymorphism is highly concordant with allozyme variation in Lysimachia mauritiana (Primulaceae: Myrsinoideae) in Taiwan: implications for the colonization history and dispersal patterns of coastal plants.2012

    • 著者名/発表者名
      Kono, Y., Chung, K.F., Chen, C.H., Hoshi, Y., Setoguchi, H., Chou, C.H., Oginuma, K., Peng, C.I.
    • 雑誌名

      Annals of Botany

      巻: 110 ページ: 1119-1135

    • DOI

      10.1093/aob/mcs192

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genetic diversity of symbiotic cyanobacteria in Cycas revoluta (Cycadaceae)2012

    • 著者名/発表者名
      Yamada, S., Okubo, S., Miyashita, H., Setoguchi, H.
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology and Ecology

      巻: 81 ページ: 696-706

    • DOI

      10.1111/j.1574-6941.2012.01403.x

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isolation and characterization of microsatellite loci in Asarum leucosepalum (Aristolochiaceae), an endangered plant endemic to Tokunoshima Island in the Ryukyu Archipelago2012

    • 著者名/発表者名
      Matsuda, J., Mitsui, Y., Setoguchi, H.
    • 雑誌名

      Conservation Genetics Resources

      巻: 4 ページ: 579-581

    • DOI

      10.1007/s12686-011-9596-z

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Evolution of an alpine endemic plant at the arctic-alpine range periphery following Pleistocene climatic oscillations2012

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, H., Carlsen, T., Fujii, N., Brochmann, C., Setoguchi, H.
    • 雑誌名

      New Phytologist

      巻: 194 ページ: 583-594

    • DOI

      10.1111/j.1469-8137.2012.04061.x

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Polymorphism of DNA sequences of cryptochrome genes is not associated with the photoperiodic flowering of wild soybean along a latitudinal clin2012

    • 著者名/発表者名
      Ishibashi, N., Setoguchi, H.
    • 雑誌名

      Journal of Plant Research

      巻: 125 ページ: 483-488

    • DOI

      10.1007/s10265-011-0470-6

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamics of taxonomic diversification in a continental island system: molecular phylogeography of Ainsliaea species (Asteraceae) in the Ryukyu Islands2012

    • 著者名/発表者名
      Mitsui Y., Setoguchi H.
    • 雑誌名

      Plant Systematics and Evolution

      巻: 298 ページ: 985-996

    • DOI

      10.1007/s00606-012-0608-6

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Population fragmentation caused randomly fixed genotype in each population of Arabidopsis kamchatica in the Japanese archipelago2012

    • 著者名/発表者名
      Higashi, H., Ikeda, H., Setoguchi, H.
    • 雑誌名

      Journal of Plant Research

      巻: 125 ページ: 223-233

    • DOI

      10.1007/s10265-011-0436-8

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Positive and negative regulation of cortical cell division during root nodule development in Lotus japonicus is accompanied by auxin response2012

    • 著者名/発表者名
      Suzaki T, Yano K, Ito M, Umehara Y, Suganuma N, and Kawaguchi M.
    • 雑誌名

      Development

      巻: 139 ページ: 3997-4006

    • DOI

      10.1242/dev.084079

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Conserved genetic determinant of motor organ identity in Medicago truncatula and related legumes2012

    • 著者名/発表者名
      Chen J, Moreau C, Liu Y, Kawaguchi M, Hofer J, Ellis N and Chen R
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      巻: 109 ページ: 11723-11728

    • DOI

      10.1073/pnas.1204566109

    • 査読あり
  • [学会発表] 系統地理と環境適応を基盤にした植物の種分化研究2013

    • 著者名/発表者名
      瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      日本植物分類学会第12回大会学会賞受賞講演
    • 発表場所
      千葉大学
    • 年月日
      20130314-20130316
    • 招待講演
  • [学会発表] Adaptation of flowering time to different light environment along latitudinal cline in Legume plants2012

    • 著者名/発表者名
      瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      国立科学博物館国際シンポジウム2012 植物と菌類の環境への適応と進化
    • 発表場所
      国立科学博物館
    • 年月日
      20121006-20121008
    • 招待講演
  • [学会発表] ミヤコグサの開花時期変異とこれを制御する遺伝子群の多型: 種内の進化をもたらす機構2012

    • 著者名/発表者名
      呉ハナ、長谷あきら、川口正代司、原田久也、立石庸一、瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      日本植物学会第76回大会
    • 発表場所
      姫路工業大学
    • 年月日
      20120915-20120917
  • [学会発表] Rehabitation of Wild-extinct plant using DNA information2012

    • 著者名/発表者名
      瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      Botanical Symposium of East Asian Plant Taxonomists
    • 発表場所
      黒竜江大学、ハルビン、中国
    • 年月日
      20120821-20120821
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular evolution of photoreceptor genes between sister species2012

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, H., Gustafsson, L., Brochmann, C., Setoguchi, H.
    • 学会等名
      1st Joint Congress on Evolutionary Biology
    • 発表場所
      オタワ大学、カナダ
    • 年月日
      20120706-20120710

URL: 

公開日: 2015-05-28  

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