| 研究課題/領域番号 |
24300110
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| 研究機関 | 公益財団法人がん研究会 |
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研究代表者 |
松浦 正明 公益財団法人がん研究会, がん研究所 がんゲノム研究部, 部長 (40173794)
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| 研究分担者 |
江口 真透 統計数理研究所, 大学共同利用機関等の部局等, 教授 (10168776)
牛嶋 大 公益財団法人がん研究会, ゲノムセンター, 研究員 (60328565)
星川 裕 公益財団法人がん研究会, がん研究所 がんゲノム研究部, 研究員 (80280626)
森 誠一 公益財団法人がん研究会, がん研究会 がんゲノム研究部, 主任研究員 (10334814)
瀬藤 光利 浜松医科大学, 医学部, 教授 (20302664)
涌井 昌俊 慶應義塾大学, 医学部, 講師 (90240465)
矢尾 育子 浜松医科大学, 学内共同利用施設等, 准教授 (60399681)
宮田 敏 東北大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (60360343)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| キーワード | 統計 / 質量分析 / 画像処理 / 顕微質量装置 / イメージ / 質量顕微鏡法 |
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| 研究概要 |
本研究では、イメージングマススペクトロメトリーから得られる膨大なデータ（2.5cm平米に対して縦250横250スポットにレーザーを照射して得られる最大62500スペクトル分布）に対して、重要なタンパク発現ピークを高速に抽出するための統計解析手法の開発を行うことを目的とする。昨年度は、２次元平面上の質量が異なるタンパク発現分布の類似性を高速で計算するための方法として、２次元密度関数の推定値の算出において２次元平面上をブロック化して、各ブロックごとにカルバック・ライブラー・ダイバージェンス尺度（KL情報量）を計算しブロック全体で統合する計算方法を考案し、浜松医大の取得した網膜データの3000画像データと島津製作所が取得した疑似生体データに対して同位体に対する各種類似性指標の比較を行った。これら内容は国際計量生物学会（神戸）で報告を行った。本年度は、これらの成果を踏まえると、指定したROI（Region of Interest)ごとに、重要なピーク発現を高速に探索する必要性があることがわかり、２次元平面上で連続するスポット間で共通の質量を有する発現分布が、平面上でクラスターとして発現しているピークを自動抽出するアルゴリズムを開発した・さらに、それらの２次元的発現分布を高速にイメージ表示出力させるソフトウェアを開発し、慶応大学および浜松医大より提供されたデータを基にプログラムのチューニングを進めた。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
当初予定していた申請書に記載した内容に関しては、早い時期に目標を達成することができた。また、引き続き、関連研究として新規のアルゴリズム開発にも成功した。
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| 今後の研究の推進方策 |
今後は、実用化に向けて、共同研究者から提供されるデータを使用して、アルゴリズムのチューニングを行ない、生物・医学系の共同研究者によりアルゴリズムおよびソフトウェアの検証を繰り返し、実データ解析者からの評価を基に改良を継続する。
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