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2014 年度 実績報告書

DNAナノテクノロジーを基盤とした動的な1分子観察系の構築と応用

研究課題

研究課題/領域番号 24310097
研究機関京都大学

研究代表者

遠藤 政幸  京都大学, 物質-細胞統合システム拠点, 准教授 (70335389)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
キーワードDNAナノ構造体 / 高速原子間力顕微鏡 / 1分子イメージング / 酵素反応 / 光化学 / ナノ空間 / 反応制御 / エピジェネティクス
研究実績の概要

本研究では、生体分子の相互作用の制御や1分子レベルでの化学反応の操作を行い、高速原子間力顕微鏡(AFM)を用いてDNAナノ構造上で1生体分子の動きを可視化することで、生体反応を動的な状態で詳細に解明する手法を開発する。本年度は以下の2項目の研究を行った。
第一に、光応答性DNAを導入した6角形のDNAナノ構造体を使用して、UV光・可視光照射による2量体形成と解離の1分子観察を行った。 DNAナノ構造体の集合と解離を直接観察するため、6角形構造体にコレステロールを導入し、脂質2重膜上でその動的な挙動を観察した。構造体は作成した脂質膜上に結合し、高速AFMによって観察が可能であった。脂質2重膜上でUV光照射を行うと、形成した2量体が解離し、可視光照射によって単量体が結合する様子を高速AFMによって直接観察することに成功した。これによってDNA構造体の集合や解離を直接観察する系を構築でき、DNA構造体の結晶化の動的な観察に応用可能である。
第二に、新規な3次元DNAナノ構造体の構築を行った。2本鎖DNAをテープ状に巻きつけることで、チューブ構造体を作成する新たな方法を開発した。1周当たりの塩基対数からチューブの直径と長さを自由に設定でき、形成された構造体をAFMで詳細にその構造と形成過程を検討した。構造体は設計したチューブ構造体と少数の長いチューブ構造体が観察された。詳細な解析から、長いチューブ構造体は隣接する2本鎖DNAを繋ぎ止めるクロスオーバー(Holiday junction構造)の異性化による、2本鎖DNAの方向が組み換わった異性体であることが分かった。2本鎖DNAの曲がるストレスによって、長いチューブ構造体が形成されることが分かった。この設計法を用いることで、8面体のDNAナノ構造の構築もできるようになり、光機能性を入れることで構造体の開閉も実現できた。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

次年度使用額が生じた理由

26年度が最終年度であるため、記入しない。

次年度使用額の使用計画

26年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (19件)

すべて 2015 2014

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件、 謝辞記載あり 10件) 学会発表 (9件) (うち招待講演 4件)

  • [雑誌論文] Preparation of chemically modified RNA origami nanostructures.2014

    • 著者名/発表者名
      M. Endo, Y. Takeuchi, T. Emura, K. Hidaka, H. Sugiyama
    • 雑誌名

      Chemistry A European Journal

      巻: 20 ページ: 15330-15333

    • DOI

      10.1002/chem.201404084

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Photoresponsive DNA nanocapsule having an open/close system for capture and release of nanomaterials2014

    • 著者名/発表者名
      T. Takenaka, M. Endo, Y. Suzuki, Y. Yang, T. Emura, K. Hidaka, T. Kato, T. Miyata, K. Namba, H. Sugiyama
    • 雑誌名

      Chemistry A European Journal

      巻: 20 ページ: 14951-14954

    • DOI

      10.1002/chem.201404757

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Engineering RNA-protein complexes with different shapes for imaging and therapeutic applications2014

    • 著者名/発表者名
      E. Osada, Y. Suzuki, K. Hidaka, H. Ohno, H. Sugiyama, M. Endo, H. Saito
    • 雑誌名

      ACS Nano

      巻: 8 ページ: 8130-8140

    • DOI

      10.1021/nn502253c

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Single-molecule mechanochemical sensing using DNA origami nanostructures2014

    • 著者名/発表者名
      D. Koirala, P. Shrestha, T. Emura, K. Hidaka, S. Mandal, M. Endo, H. Sugiyama, H. Mao
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie, International Edition

      巻: 53 ページ: 8137-8141

    • DOI

      10.1002/anie.201404043

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Helical DNA origami tubular structures with various sizes and arrangements2014

    • 著者名/発表者名
      M. Endo, S. Yamamoto, T. Emura, K. Hidaka, N. Morone, J. E. Heuser, H. Sugiyama
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie, International Edition

      巻: 53 ページ: 7484-7490

    • DOI

      10.1002/anie.201402973

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] A lock-and-key mechanism for the controllable fabrication of DNA origami structures2014

    • 著者名/発表者名
      A. Rajendran, M. Endo, K. Hidaka, N. Shimada, A. Maruyama, H. Sugiyama
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 50 ページ: 8743-8746

    • DOI

      10.1039/c4cc02244k

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Direct analysis of Holliday junction resolving enzyme in a DNA origami nanostructure2014

    • 著者名/発表者名
      Y. Suzuki, M. Endo, C. Cañas, S. Ayora, J. C. Alonso, H. Sugiyama, K. Takeyasu
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 42 ページ: 7421-7428

    • DOI

      10.1093/nar/gku320

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Single-Molecule Imaging of Dynamic Motions of Biomolecules in DNA Origami Nanostructures Using High-Speed Atomic Force Microscopy2014

    • 著者名/発表者名
      M. Endo, H. Sugiyama
    • 雑誌名

      Accounts of Chemical Research

      巻: 47 ページ: 1645-1653

    • DOI

      10.1021/ar400299m

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Single molecule visualization and characterization of Sox2-Pax6 complex formation on a regulatory DNA element using a DNA origami frame2014

    • 著者名/発表者名
      S. Yamamoto, D. De, K. Hidaka, K-. K. Kim, M. Endo, H. Sugiyama
    • 雑誌名

      Nano Letters

      巻: 14 ページ: 2286-2292

    • DOI

      10.1021/nl4044949

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] AFM analysis of changes in nucleosome wrapping induced by DNA epigenetic modification2014

    • 著者名/発表者名
      S. Kizaki, Y. Suzuki, T. Takenaka, M. Endo, H. Sugiyama
    • 雑誌名

      Biomaterials Science

      巻: 2 ページ: 1399-1403

    • DOI

      10.1039/c4bm00113c

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 光ピンセットによる力測定を使ったDNAナノ構造上での1分子検出2015

    • 著者名/発表者名
      遠藤 政幸、D. Koirala、P. Shrestha、S. Mandal、江村 智子、日高 久美、H. Mao、杉山 弘
    • 学会等名
      日本化学会第95春季年会(2015)
    • 発表場所
      日本大学 (船橋)
    • 年月日
      2015-03-27
  • [学会発表] DNAナノ構造体を使った1分子イメージング法の開発2015

    • 著者名/発表者名
      遠藤 政幸
    • 学会等名
      兵庫県立大 第8回分子ナノテクノロジーセンター講演会
    • 発表場所
      兵庫県立大学 (姫路)
    • 年月日
      2015-03-06
    • 招待講演
  • [学会発表] Controlled self-assembly of DNA origami nanostructures on the lipid bilayer and their AFM imaging2014

    • 著者名/発表者名
      M. Endo, Y. Suzuki, Y. Yang, H. Sugiyama
    • 学会等名
      細胞を作る研究会7.0
    • 発表場所
      東京大学 (東京)
    • 年月日
      2014-11-13
  • [学会発表] Novel helical DNA tubular structures with defined size and arrangement2014

    • 著者名/発表者名
      M. Endo, S. Yamamoto, T. Emura, K. Hidaka, N. Morone, J. E. Heuser, H. Sugiyama
    • 学会等名
      The 41st International Symposium on Nucleic Acid Chemistry
    • 発表場所
      北九州国際会議場 (小倉)
    • 年月日
      2014-11-06
  • [学会発表] Creation of mechanical nanodevices using DNA origami2014

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Endo
    • 学会等名
      The 8th International Symposium on NanoBiotechnology
    • 発表場所
      National Center for Nanoscience and Technology, Beijing, China
    • 年月日
      2014-10-20
    • 招待講演
  • [学会発表] Construction of helical DNA origami tubes with various sizes and arrangement2014

    • 著者名/発表者名
      M. Endo, S. Yamamoto, T. Emura, K. Hidaka, N. Morone, J. E. Heuser, H. Sugiyama
    • 学会等名
      DNA20: The Twentieth International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming
    • 発表場所
      京都大学 (京都)
    • 年月日
      2014-09-22
  • [学会発表] 新規DNAチューブ構造体の構築とその性質2014

    • 著者名/発表者名
      遠藤 政幸、山本 清義、江村 智子、日高 久美、杉山 弘
    • 学会等名
      第8回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      岡山大学 (岡山)
    • 年月日
      2014-09-11
  • [学会発表] DNAナノテクノロジーの1分子観察への応用2014

    • 著者名/発表者名
      遠藤 政幸
    • 学会等名
      東京大学大学院化学生命工学専攻 2014年度第1回談話会
    • 発表場所
      東京大学 (東京)
    • 年月日
      2014-07-05
    • 招待講演
  • [学会発表] Photoresponsive DNA nanostructures; single-molecule imaging and controlled assembly2014

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Endo
    • 学会等名
      11th Conference on the Foundations of Nanoscience 2014
    • 発表場所
      Snowbird, UT, USA
    • 年月日
      2014-04-18
    • 招待講演

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公開日: 2016-06-01  

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