マウス細胞内に存在する低分子ＲＮＡの高次構造に基づく網羅的解析

2014 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 24310147
• 研究機関: 千葉工業大学
• 研究代表者: 河合 剛太 千葉工業大学, 工学部, 教授 (70211860)
• 研究分担者: 清澤 秀孔 高知大学, 医学部, 准教授 (30295422) ; 牛田 千里 弘前大学, 農学生命科学部, 准教授 (50250593)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2015-03-31
• キーワード: 機能性RNA / NMR / 立体構造解析 / トランスクリプト―ム

研究実績の概要

本研究計画では，遺伝学的，生化学的，および構造生物学的アプローチを駆使して，マウス由来の新規低分子RNAの解析を進めている．平成26年度における研究成果は次の通りである．
1) 低分子RNA候補の二次構造解析とクラスタリング：マウスの脳に由来するRNAの解析の結果，16種類の新規RNA候補を見出した．これらをMsncR（mouse structured non-coding RNAに由来）と呼ぶこととした．この成果をまとめ，論文として発表した（雑誌論文1）．
2) 低分子RNA候補の立体構造スクリーニング：新規スクリーニング手法としてINTT法（in NMR tube transcriptionに由来）を開発し，論文として発表した（雑誌論文2）．
3) ノーザン解析：16種類の新規RNA候補の発現を確認するため，得られたcDNA配列をもとにプローブを作製し，ノーザンハイブリダイゼーションを行った。このうち，明確なシグナルが得られたものは1種類であったが，その大きさに関してはcDNA配列と矛盾する点があった。継続して解析を行っている。
4) 低分子RNA候補の立体構造解析：MsncR-11に着目し，立体構造解析を進めた．MsncR-11は，ミトコンドリアtRNA遺伝子の裏鎖に相当するRNAであり，ミトコンドリアmRNAのプロセシングに関与している可能性がある．NMR法による解析を行ったところ，MsncR-11は，tRNAのアクセプタステムとTステムに相当する二次構造を形成していることが示唆され，現在論文作成中である．

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

次年度使用額が生じた理由

26年度が最終年度であるため、記入しない。

次年度使用額の使用計画

26年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [雑誌論文] Secondary structure-based analysis of mouse brain small RNA sequences obtained by using next-generation sequencing (2015)
  • 著者名/発表者名: 1. Kiyosawa, H., Okumura, A., Okui, S., Ushida, C., and Kawai, G.
  • 雑誌名: Genomics 巻: 未定 ページ: 未定
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] In NMR tube transcription for rapid screening of RNA conformation (2015)
  • 著者名/発表者名: Okui, S. and Kawai, G.
  • 雑誌名: Nucleosides, Nucleotides, and Nucleic Acids 巻: 34 ページ: 103-113
  • DOI: 10.1080/15257770.2014.964412
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [学会発表] マウス細胞内で発現している低分子RNAとその構造解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 清澤秀孔，奥居沙弥，牛田千里，河合剛太
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
  • 年月日: 2014-11-25
• [学会発表] RNA構造スクリーニングのためのNMR試験管内転写法の検証 (2014)
  • 著者名/発表者名: 奥居沙弥，牛田千里，清澤秀孔，河合剛太
  • 学会等名: 第16回日本RNA学会年会
  • 発表場所: ウインク愛知（愛知県名古屋市）
  • 年月日: 2014-07-23 – 2014-07-25
• [備考] マウス細胞内に存在する低分子ＲＮＡの高次構造に基づく網羅的解析
  • URL: http://www.le.it-chiba.ac.jp/kawai/mouserna2/index.html