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2013 年度 実績報告書

グラフェンナノ表面における核酸の定量解析と核酸結合リガンド選択システムの構築

研究課題

研究課題/領域番号 24350089
研究機関甲南大学

研究代表者

三好 大輔  甲南大学, フロンティアサイエンス学部, 准教授 (50388758)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
キーワードグラフェン / DNA / 相互作用 / リガンド / 吸着 / バイオセンサー
研究概要

高感度バイオセンサーの開発に有用なマテリアルとして、グラフェン酸化物(以下GOと記す)が注目されている。しかし、GOをはじめとする固体の基板表面は、溶液中の均一な理想環境とは著しく異なる分子環境にある。このような非理想状態にあるGOと生体分子の結合特性や、GO表面に吸着することで分子が密集した状態における生体分子の物性に関する定量的解析は検討例がほとんどない。そのため、GOを用いたバイオセンサーの合理設計指針は存在しない。
そこで本研究では、GOナノ表面に対する生体分子の吸着・脱着機構を決定し、非理想環境におけるDNAの挙動を解明することに取り組んでいる。さらに、得られた定量的諸量を活用して、細胞のがん化に関与するテロメアDNAが形成する四重らせん構造に対するリガンドの取得に必要なスクリーニングシステムを開発することも目標としている。
平成24年度には、標的としているテロメアDNAの非理想環境下での構造や熱力学的安定性に関する知見を得た。また、GOを用いた各種バイオセンサーの構築も行った。そこで平成25年度には、非理想状態においてテロメアDNAが形成する四重らせん構造とリガンドの結合挙動の解明や、リガントのスクリーニングシステムの構築に必要な機能性分子の取得を試みた。その結果、非理想環境で活性を保持するために有用な相互作用様式を見出すことに成功し、非理想環境下における機能性分子の設計指針を提示できた。この成果は、米国化学会発刊の、J. Phys. Chem. Bの表紙として掲載された。リガンドスクリーニングシステムに関しては、システム開発の要となる、四重らせん構造に特異的に結合し蛍光を発光する分子を取得できた。蛍光分子はGOを用いたバイオセンサーにおいて最も汎用性が高いことから、目標とするスクリーニングシステムの開発に目処がついた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

平成25年度においては、(1)非理想環境におけるテロメアDNAの物性に関する知見、(2)非理想状態でも活性を保持する機能分子の設計指針、(3)リガンドスクリーニングシステムの開発に必要となる蛍光分子の取得、(4)GOを用いたバイオセンサーの開発、を達成し、その成果を発表した。その他にも、グラフェンと生体分子に関する総説や、非理想環境におけるDNAの物性に関する総説を刊行した。さらに、研究最終年度に向けて、GOを用いたバイオセンサーの高感度化や、GOナノ界面に対するDNAの吸着と脱着挙動に関する定量的知見も蓄積していることから、当初の研究計画通りにおおむね順調に進展していると言える。

今後の研究の推進方策

研究の最終年度には、GOナノ界面に対するDNAの吸着と脱着挙動を熱力学的・速度論的に解明することを目指す。熱力学的解析に関しては、吸着挙動と脱着挙動ともに多くの知見が得られている。そこで、平成26年度には、速度論的解析を進める予定である。特に、本申請課題で購入した迅速混合装置は、速い反応速度を示す吸着挙動の解析に威力を発揮する。また平成25年度の成果として、DNAの形成する二次構造に依存した吸着機構の存在が示唆されている。そこで平成26年度には、この機構の解明を目指して、系統的に実験を遂行する。また、リガンドスクリーニングシステムに関しては、平成25年度内にスクリーニング系の立ち上げまでを完了していることから、本年度には、これまでにない新規リガンドの取得を試みる。GOと生体分子の相互作用機構とDNA四重らせん構造のリガンドの取得は、各々が広範な展開研究にも直結することから、多くの研究者が参画しつつある。このような研究環境の中で、スピード感を持って研究を遂行することが課題であると言える。
また、研究最終年度として、これまで得られた成果を、学術論文誌や国内外の関連学会にて積極的に公表することを試みる。

次年度の研究費の使用計画

GOとDNAの吸着・脱着挙動を解明する実験系では、DNA鎖に蛍光団を化学導入する必要がある。極めて多種のDNA鎖を用いて検討を進める予定であったが、系統的に実験検討を進めたところ、当初の想定よりも少量のDNA鎖の使用によって良好な結果が得られた。また、DNAの四重らせん構造リガンドの取得に関しても、医薬品や蛍光分子などを多数検討する予定であったが、入念な文献調査の結果、候補となる分子種を当初よりも大幅に絞り込むことに成功した。このように、当初の予定よりも順調に研究が進展したため、試薬やキットの部品費や人件費を抑制することが可能となり、未使用額が生じた。
理由の項に記したように、最終年度に成果としてまとめるべき知見が多く得られている。これらの成果報告を、論文投稿や国際会議で行いたいと考えている。そのための、投稿料、英文校正費、旅費などとして使用することを計画している。また、当初の予定に加えて、GOを用いたバイオセンサーの高感度化にも取り組むなどして、本研究成果の波及効果をさらに拡張することも試みる。これらに使用する試薬や各種アッセイキットの購入のためにも使用したいと考えている。

  • 研究成果

    (29件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (18件) (うち招待講演 4件) 備考 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] In Vitro Assays Predicting of Telomerase Inhibitory Effect of G-Quadruplex Ligands in Cell Nuclei2014

    • 著者名/発表者名
      Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 118 ページ: 2605-2614

    • DOI

      10.1021/jp410669t

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of Molecular Crowding on the Structures, Interactions, and Functions of Nucleic Acids2014

    • 著者名/発表者名
      Shu-ichi Nakano, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto
    • 雑誌名

      Chem. Rev.

      巻: 114 ページ: 2733-2758

    • DOI

      10.1021/cr400113m

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A simple “add and measure” FRET-based telomeric tandem repeat sequence detection and telomerase assay method2014

    • 著者名/発表者名
      Koji Kawamura, Hidenobu Yaku, Daisuke Miyoshi, Takashi Murashima
    • 雑誌名

      Org. Biomol. Chem.

      巻: 12 ページ: 936-941

    • DOI

      10.1039/c3ob42092b

    • 査読あり
  • [雑誌論文] グラフェンと生体分子を用いたバイオセンサー2014

    • 著者名/発表者名
      三好大輔、上田侑美
    • 雑誌名

      バイオサイエンスとインダストリー

      巻: 72(2) ページ: 117-120

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Study on Effects of Molecular Crowding on G-quadruplex-ligand Binding and Ligand-mediated Telomerase Inhibition2013

    • 著者名/発表者名
      H. Yaku, T. Murashima, H. Tateishi-Karimata S. Nakano, D. Miyoshi and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Methods

      巻: 64 ページ: 19-27

    • DOI

      10.1016/j.ymeth.2013.03.028

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multiple and cooperative binding of fluorescence light-up probe Thioflavin T with human telomere DNA G-quadruplex2013

    • 著者名/発表者名
      Valerie Gabelica, Ryuichi Maeda, Takeshi Fujimoto, Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Naoki Sugimoto, and Daisuke Miyoshi
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 52 ページ: 5620-5628

    • DOI

      10.1021/bi4006072

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Sequence and Solvent Effects on Telomeric DNA Bimolecular G-Quadruplex Folding Kinetics2013

    • 著者名/発表者名
      Adrien Marchand, Ruben Ferreira, Hisae Tateishi-Karimata, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto, Valerie Gabelica
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 117 ページ: 12391-12401

    • DOI

      10.1021/jp406857s

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Highly Sensitive Telomerase Activity Assay that Eliminates False-Negative Results Caused by PCR Inhibitors2013

    • 著者名/発表者名
      Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi, and Naoki Sugimoto
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 18 ページ: 11751-11767

    • DOI

      10.3390/molecules181011751

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reduced Graphene Oxide Upconversion Nanoparticle Hybrid for Electrochemiluminescent Sensing of a Prognostic Indicator in Early-Stage Cancer2013

    • 著者名/発表者名
      Li Wu, Jiasi Wang, Meili Yin, Jinsong Ren, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto, Xiaogang Qu
    • 雑誌名

      Small

      巻: 10 ページ: 330-336

    • DOI

      10.1002/smll.201301273

    • 査読あり
  • [学会発表] 生命分子の挙動に及ぼす分子環境の効果(56)アニオン性フタロシアニンによるがん細胞特異的増阻害2014

    • 著者名/発表者名
      夜久 英信・村嶋 貴之・三好 大輔・杉本 直己
    • 学会等名
      日本化学会第94春季年会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      20140327-20140330
  • [学会発表] 生命分子の挙動に及ぼす分子環境の効果(57)くし型のカチオン性共重合ポリマーによって誘起されるDNA構造スイッチ2014

    • 著者名/発表者名
      三好 大輔・上田 侑美・丸山 厚・嶋田 直彦・杉本 直己
    • 学会等名
      日本化学会第94春季年会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      20140327-20140330
  • [学会発表] 生命分子の挙動に及ぼす分子環境の効果(58)様々な二次構造をもつDNAとグラフェン酸化物の吸着挙動に関する速度論的解析2014

    • 著者名/発表者名
      上田 侑美・杉本 直己・三好 大輔
    • 学会等名
      日本化学会第94春季年会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      20140327-20140330
  • [学会発表] 細胞内外で機能する核酸分子の設計開発2014

    • 著者名/発表者名
      三好大輔
    • 学会等名
      日本生物工学会 第104回醗酵学懇話会
    • 発表場所
      辰馬本家酒造株式会社(兵庫)
    • 年月日
      20140213-20140213
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞模倣環境における核酸の構造と安定性2014

    • 著者名/発表者名
      三好大輔
    • 学会等名
      第7回NMMSセミナー
    • 発表場所
      東京工業大学
    • 年月日
      20140117-20140117
    • 招待講演
  • [学会発表] グラフェン酸化物ナノ界面におけるDNAの挙動を解明する2014

    • 著者名/発表者名
      三好大輔、上田侑美、藤本健史、杉本直己
    • 学会等名
      第16回生命化学研究会
    • 発表場所
      KKRホテル熱海
    • 年月日
      20140109-20140110
  • [学会発表] パラレル型DNA二重鎖形成に対するカチオン性くし型共重合体の効果2013

    • 著者名/発表者名
      丸山 厚,嶋田直彦,三好大輔 ,杉本直己
    • 学会等名
      第35回日本バイオマテリアル学会大会
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京)
    • 年月日
      20131125-20131126
  • [学会発表] G-quadruplex-based drug delivery carrier in response to target mRNA2013

    • 著者名/発表者名
      Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto
    • 学会等名
      The 40th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      Kanagawa University
    • 年月日
      20131113-20131115
  • [学会発表] FRET-based detection of G-quadruplexes in the 5'-UTR of cancer related mRNAs2013

    • 著者名/発表者名
      Ryuichi Maeda, Valerie Gabelica, Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Naoki Sugimoto, Daisuke Miyoshi
    • 学会等名
      The 40th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      Kanagawa University
    • 年月日
      20131113-20131115
  • [学会発表] Thermodynamics of non-canonical DNA structures in the presence of polylysine copolymers with hydrophilic graft chain2013

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Miyoshi, Atushi Maruyama, Yu-mi Ueda, Naohiko Shimada, Shu-ichi Nakano, Naoki Sugimoto
    • 学会等名
      The 40th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      Kanagawa University
    • 年月日
      20131113-20131115
  • [学会発表] DNA-グラフェン相互作用の定量解析による新規バイオセンシングプラットフォームの開発2013

    • 著者名/発表者名
      三好大輔
    • 学会等名
      BioJapan 2013 World Buisiness Forum
    • 発表場所
      Pacifico Yokohama
    • 年月日
      20131009-20131011
    • 招待講演
  • [学会発表] Fluorescence Light-up Probe for Human Telomere DNA G-quadruplex and Its Applications2013

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Miyoshi
    • 学会等名
      2nd International Syposium on Nanomedicine Molecular Science (NMMS2013)
    • 発表場所
      University of Tokyo
    • 年月日
      20131008-20131010
  • [学会発表] G-quadruplexを利用した標的mRNA応答型ドラッグデリバリーシステムの開発2013

    • 著者名/発表者名
      夜久 英信・村嶋 貴之・三好 大輔・杉本 直己
    • 学会等名
      第7回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      20130927-20130929
  • [学会発表] RNA四重らせん構造を特異的に安定化する細胞浸透圧調節分子2013

    • 著者名/発表者名
      三好 大輔・丸山 厚・真野 美津紀・上田 侑美・前田 龍一・中野 修一・杉本 直己
    • 学会等名
      第7回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      20130927-20130929
  • [学会発表] 分子クラウディング環境におけるRNA相互作用の解明と予測に向けた取り組み2013

    • 著者名/発表者名
      中野 修一・平山 英伸・三好 大輔・杉本 直己
    • 学会等名
      第7回バイオ関連化学シンポジウム
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      20130927-20130929
  • [学会発表] Molecular Crowding Effects on Functions of G-Quadruplex Ligands2013

    • 著者名/発表者名
      Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Hisae Tateishi-Karimata, Shu-ichi Nakano, Naoki Sugimoto, Daisuke Miyoshi
    • 学会等名
      4th International Meeting on G-quadruplex Nucleic Acids
    • 発表場所
      Nanyang Technological University, Singapore
    • 年月日
      20130701-20130703
  • [学会発表] Biomolecule-Ligand Noncovalent Complexes: Mass Spectrometry as a Key to Interpret Solution Fluorescence Data2013

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Miyoshi, Ryuichi Maeda, Takeshi Fujimot, Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Naoki Sugimoto, Adrien Marchand, Frederic Rosu, Valerie Gabelica
    • 学会等名
      61st ASMS (Amewrican Society for Mass Spectrometry Conference)
    • 発表場所
      Minneapolis, USA
    • 年月日
      20130609-20130613
  • [学会発表] 細胞模倣環境におけるDNA四重らせん-リガンド相互作用2013

    • 著者名/発表者名
      三好大輔
    • 学会等名
      東京農工大学大学院生命工学専攻 講演会
    • 発表場所
      東京農工大学
    • 年月日
      20130425-20130425
    • 招待講演
  • [備考] 甲南大学分子設計化学研究室

    • URL

      http://www.pi.konan-u.ac.jp/miyoshi/

  • [産業財産権] 核酸鎖の四重螺旋構造の検出方法2013

    • 発明者名
      三好大輔・前田龍一
    • 権利者名
      甲南学園
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      特願2013-199029
    • 出願年月日
      2013-09-25

URL: 

公開日: 2015-05-28  

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