• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2014 年度 実績報告書

超多次元拡張パラメータによる出芽酵母の表現型クラスターの解析

研究課題

研究課題/領域番号 24370002
研究機関東京大学

研究代表者

大矢 禎一  東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (20183767)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
キーワード出芽酵母 / 画像解析 / 細胞形態 / 自然淘汰 / 表現型解析 / 遺伝子破壊株
研究実績の概要

前年度までに作成した細胞情報定量化システムを利用して、出芽酵母の詳細な表現型解析を行った。パン酵母やワイン酵母、ビール酵母、一部の病原性Saccharomyces酵母等は近縁でありながら、生育温度や発酵特性、病原性等においてそれぞれ固有の特徴を持つ。このような違いが細胞内機能のどのような差によって生じてくるかについては、分子育種、種分化研究、感染病予防等の観点から興味深い。申請者らは、ゲノム配列が解明されている酵母二株(実験株酵母とワイン醸造酵母)と、それらをかけ合わせた子孫の各株の形態情報を取得し、親株の形質の差の多くが遺伝子に由来すること、複数の遺伝子座が量的形質に影響を及ぼしていることなどを明らかにし、出芽酵母の細胞形態が比較ゲノム解析のよいモデル系となることを示した(Nogamiら(2007))。さらに地理的にも生育環境上も隔離された環境下で単離された野生酵母各種Saccharomyces cerevisiae 36株を用いて表現型プロファイリングを行い、生物種の進化に深く関係すると考えられてきたノイズ表現型が野生酵母においてバリエーションを持っていることを明らかにし、実際に自然界の酵母の生存戦略にノイズ表現型が深く関与していることを見出していた(Yvert ら(2013))。今年度は、野生酵母の形態表現型と遺伝子破壊株の表現型の広がり方を直接比較することにより、野生酵母では見られない形態を持つ遺伝子破壊株を特定し、その遺伝子破壊株を自然界では存在しない重要な遺伝子であると考えて、その遺伝子の性質、特性を明らかにした(Ming ら(2014))。細胞増殖速度が通常の状況で悪くなる遺伝子破壊株だけでなく、さまざまな環境変化に堪えられない遺伝子破壊株が見られたことから、自然淘汰によって生き残ってきた出芽酵母の戦略の理解が深まった。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

次年度使用額が生じた理由

26年度が最終年度であるため、記入しない。

次年度使用額の使用計画

26年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 5件、 謝辞記載あり 5件) 学会発表 (2件) (うち招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Plant-derived antifungal agent poacic acid targets β-1,3-glucan2015

    • 著者名/発表者名
      Piotrowski JS, Okada H, Lu F, Li SC, Hinchman L, Ranjan A, Smith DL, Higbee AJ, Ulbrich A, Coon JJ, Deshpande R, Bukhman YV, McIlwain S, Ong IM, Myers CL, Boone C, Landick R, Ralph J, Kabbage M, Ohya Y
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A

      巻: 112 ページ: E1490-1497

    • DOI

      10.1073/pnas.1410400112

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Ohnuki S, Okada H, Ohya Y.2015

    • 著者名/発表者名
      Image-based prediction of drug target in yeast.
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 1263 ページ: 319-327

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-2269-7_24

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Unveiling nonessential gene deletions that confer significant morphological phenotypes beyond natural yeast strains2014

    • 著者名/発表者名
      Yang M, Ohnuki S, Ohya Y
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 15 ページ: 932

    • DOI

      10.1186/1471-2164-15-932

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Distinct roles of cell wall biogenesis in yeast morphogenesis as revealed by multivariate analysis of high-dimensional morphometric data.2014

    • 著者名/発表者名
      Okada H, Ohnuki S, Roncero C, Konopka JB, Ohya Y
    • 雑誌名

      Mol Biol Cell

      巻: 25 ページ: 222-233

    • DOI

      0.1091/mbc.E13-07-0396

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Dynamic changes in brewing yeast cells in culture revealed by statistical analyses of yeast morphological data.2014

    • 著者名/発表者名
      Ohnuki S, Enomoto K, Yoshimoto H, Ohya Y
    • 雑誌名

      J Biosci Bioeng

      巻: 117 ページ: 278-284

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2013.08.005

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] High-Resolution Phenotyping to Elucidate Essential Complex Cellular Processes2014

    • 著者名/発表者名
      Yoshikazu Ohya
    • 学会等名
      Yeast Phenome Meeting
    • 発表場所
      NYU, New York, USA
    • 年月日
      2014-09-26 – 2014-09-26
    • 招待講演
  • [学会発表] Distinct roles of cell wall biogenesis in yeast morphogenesis2014

    • 著者名/発表者名
      2) Yoshikazu Ohya
    • 学会等名
      The 10th International Mycological Congress
    • 発表場所
      Bangkok, Thai
    • 年月日
      2014-08-04 – 2014-08-07
    • 招待講演
  • [備考] 生命応答システム分野

    • URL

      http://ps.k.u-tokyo.ac.jp/

URL: 

公開日: 2016-06-01  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi