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本研究は，亜熱帯の有光層下部の海底を主なターゲット生息地として分類学的，系統学的な研究を実施し種多様性の実態を解明し，進化的位置を分子系統学的手法によって調査し，既存の分類体系の見直すことを目的としている。H27年度は前年度に引き続き薩南諸島沖の水深30～60メートルの海底の砂サンプルおよび比較対象として沖縄および関東地方沿岸のサンプルから得た底生性種を研究対象とした。
薩南諸島沖の海底サンプルからは新たに渦鞭毛藻14株の培養株を，沖縄からは渦鞭毛藻16株の培養株，関東地方からは28株の培養株を確立した。注目すべき成果の一つとして，底生性渦鞭毛藻の代表的属Amphidiniumに関する分類学的研究が挙げられる。本研究で確立した培養株32株を用いて分子系統学的・形態学的研究を実施した。結果，Amphidinium属には初期に分岐した大型のグループとその後に分岐する小型のグループが存在することが明らかとなった。前者は形態も独特で，加えて様々な形態の体表鱗片を形成することが明らかとなり，属内の種の進化過程とともに形質進化の詳細を明らかにした。しかもこれらのうち少なくとも5種は新種である。また上記以外の分類群で薩南沖から今年度確立した株のうち，群体性ギムノディニウム様など新種は5種見つかった。これにより，海底微細藻類フロラの多様性の実体がさらに明らかとなった。
一方，沖縄地方と関東地方からはタイドプール性底生種を中心に採集し，確立した株すべてについて分子系統解析を実施した。これによりBysmatrum gregariumと認識されていた種の中に少なくとも3種の隠蔽種が存在することを明らかにした。一方，同様のハビタットに生息するScrippsiella hexapraecingulaはそのような遺伝的変異が見られないことも明らかにしたが，この違いの原因については今後の課題である。
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