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2012 年度 実績報告書

細菌のTolC共役型異物排出タンパクのX線結晶構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 24370045
研究種目

基盤研究(B)

研究機関大阪大学

研究代表者

中島 良介  大阪大学, 産業科学研究所, 助教 (20379100)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
キーワード蛋白質 / 細菌 / 抗生物質 / 感染症 / 多剤耐性
研究概要

緑膿菌はしばしば多剤耐性化して臨床の場で問題となっているが、多剤排出タンパクがこの耐性化の主要な原因である。また現状ではこの病原菌に対する有効な治療薬はない。24年度は、感染症の原因菌である緑膿菌の持つRND型多剤排出タンパク(TolC共役型)MexBの結晶構造を解くことに成功し、次いで特異的阻害剤(ABI-PP)との結合構造の解析にも成功した。これは異物排出トランスポーターオリエンテッドな構造に基づいた創薬の足がかりとなる成果である。
ABI-PPはMexBに限らず大腸菌AcrBの優秀な阻害剤であるが、一方で緑膿菌の多剤耐性に重要なもう一つの排出タンパクMexYを阻害できない。そこでAcrBとMexBのABI-PP結合構造を決定した。これにより阻害剤結合ピットの存在が明らかとなった。このピット入り口付近には、AcrB,MexBではPhel78が位置し阻害剤との相互作用に重要な役割を果たしているが、MexY(ホモロジーモデル)ではTrp177であり、その大きな側差がABI-PPと立体的な障害となっていることが予想された。AcrB/F178W変異体ではABI-PPによる阻害を受けなくなり、逆にMexY/Wl77F変異体ではABI-PPに阻害されるようになったことはこの推定を裏付けるものであった。ところが、MexB/F178W変異体は依然としてABI-PPに感受性を保っていた。この原因を明らかとするために、MexB/F178WのABI-PP結合構造を決定した。結果は野生型と同じピットに結合しており、TrpはPheの代わりに機能していた。AcrBとMexYでTrp側差に立体障害を回避して同様の配向をとらせるためにV139A(AcrB),I138A(MexY)変異体を作成した。今度はいずれもABI-PPに阻害される性質を示した。これにより異物排出タンパクのABI-PP阻害特異性は、その結合ピットの立体障害により決まることが明らかになった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

MexBとその特異的阻害剤の結合構造を解析し、この阻害剤がMexYを阻害できない理由を解明した。これにより、MexBおよびMexYをユニバーサルに阻害する新規化合物を分子設計する、異物排出トランスポーターオリエンテッドな創薬の足がかりを得た。

今後の研究の推進方策

25年度には本研究室に膜タンパク質結晶化に対応した「ナノリッター分注システム」が導入される。これにより、量の確保に難のあるサンプルでも広く結晶化条件を検索することが可能となる。今後は本装置を利用し、さらにはLCP法を本格的に導入する。

  • 研究成果

    (18件)

すべて 2013 2012 その他

すべて 雑誌論文 (2件) 学会発表 (14件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] 異物排出トランスポーターによる多剤認識機構2012

    • 著者名/発表者名
      中島良介、山口明人
    • 雑誌名

      細胞工学

      巻: 31 ページ: 529-534

  • [雑誌論文] 多剤耐性菌の薬剤排出機構を解明/阻害薬開発に期待2012

    • 著者名/発表者名
      山口明人、中島良介
    • 雑誌名

      Medical Tribune

      巻: 45 ページ: 50

  • [学会発表] サルモネラの薬剤排出ポンプAcrABの転写調節因子RamRのX線結晶構造解析及び機能解析2013

    • 著者名/発表者名
      山崎優、二階堂英司、中島良介、櫻井啓介、山口明人、西野邦彦
    • 学会等名
      第85回 日本生化学大会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2013-12-15
  • [学会発表] 異物排出輸送の構造的基盤2013

    • 著者名/発表者名
      山口明人、中島良介
    • 学会等名
      第85回 日本生化学大会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2013-12-15
  • [学会発表] RND型多剤排出ポンプ阻害剤開発の基本概念2013

    • 著者名/発表者名
      林克彦、中島良介、櫻井啓介、山崎聖司、長田親弘、小野寺宜郷、西野邦彦、山口明人
    • 学会等名
      日本薬学会第133年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2013-03-28
  • [学会発表] 細菌多剤耐性化に関与する転写制御因子RamRと多剤との共結晶構造解析2013

    • 著者名/発表者名
      山崎優、二階堂英司、中島良介、櫻井啓介、西野邦彦
    • 学会等名
      日本薬学会第133年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2013-03-28
  • [学会発表] The crystal structures of Bacterial multidrug efflux pumps with a specific inhibitor in the common inhibitory narrow pit2013

    • 著者名/発表者名
      K. Hayashi, R. Nakashima, K. Sakurai, S. Yamasaki, C. Nagata, K. Hoshino, Y. Onodera, K. Nishino and A. Yamaguchi
    • 学会等名
      Gordon Research Conference, "Multi-Drug Emux Systems"
    • 発表場所
      CA, U.S.A.
    • 年月日
      2013-03-20
  • [学会発表] The crystal structures of Bacterial multidrug efflux pumps with a specific inhibitor in the common inhibitory narrow pit.2013

    • 著者名/発表者名
      K. Hayashi, R. Nakashima, K. Sakurai, S. Yamasaki, C. Nagata, K. Hoshino, Y. Onodera, K. Nishino, A. Yamaguchi
    • 学会等名
      The 16th SANKEN International Symposium 2013/The 11th SANKEN Nanotechnology Symposium2013
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2013-01-22
  • [学会発表] Structures of AcrB Multidrug Emux Pump Reveal the Peristaltic Drug Export Mechanism2013

    • 著者名/発表者名
      S. Yamasaki, K. Nishino, R. Nakashima, K, Sakurai, A. Yamaguchi
    • 学会等名
      The 16th SANKEN International Symposium 2013/The 11th SANKEN Nanotechnology Symposium2013
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2013-01-22
  • [学会発表] The crystal structure of multidrug resistance regulator RamR reveal the mechanism of multiple drugs recognition2013

    • 著者名/発表者名
      S. Yamasaki, E. Nikaido, R. Nakashima, K. Sakurai, A. Yamaguchi, K. Nishino
    • 学会等名
      The 16th SANKEN International Symposium 2013/The 11th SANKEN Nanotechnology Symposium2013
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2013-01-22
  • [学会発表] 多剤耐性制御因子RamRによる抗菌薬認識機構の解明2012

    • 著者名/発表者名
      山崎優、二階堂英司、城阪郁江、櫻井啓介、中島良介、山口明人、西野邦彦
    • 学会等名
      大阪大学 産業科学研究所 第68回学術講演会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2012-11-22
  • [学会発表] サルモネラ薬剤排出ポンプAcrABの制御機構の解析2012

    • 著者名/発表者名
      山崎優、二階堂英司、櫻井啓介、中島良介、山口明人、西野邦彦
    • 学会等名
      第62回 日本薬学会近畿支部総会・大会
    • 発表場所
      兵庫
    • 年月日
      2012-10-20
  • [学会発表] サルモネラの薬剤排出ポンプAcrABの転写制御因子RamRと基質の相互作用及びX線結晶構造解析2012

    • 著者名/発表者名
      山崎優、二階堂英司、城坂郁江、中島良介、櫻井啓介、山口明人、西野邦彦
    • 学会等名
      第10回 次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2012-08-07
  • [学会発表] サルモネラの薬剤排出ポンプAcrABの制御因子RamRと基質の相互作用及びX線結晶構造2012

    • 著者名/発表者名
      山崎優、櫻井啓介、中島良介、山口明人、西野邦彦
    • 学会等名
      BIA Symposium 2012
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2012-07-20
  • [学会発表] 多剤排出トランスポーターの基質認識と排出機構2012

    • 著者名/発表者名
      中島良介、櫻井啓介、山崎聖司、西野邦彦、山口明人
    • 学会等名
      第12回 日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋(招待講演)
    • 年月日
      2012-06-22
  • [学会発表] Peristaltic Drug Export Mechanism of the AcrB Multidrug Emux Pump2012

    • 著者名/発表者名
      S. Yamasaki, K. Nishino, R.Nakashima, K. Sakurai and A. Yamaguchi
    • 学会等名
      ASM American Society for Microbiology 112th General Meeting
    • 発表場所
      San Francisco, U. S. A.
    • 年月日
      2012-06-18
  • [備考]

    • URL

      http://www.sanken.osaka-u.ac.jp/labs/cmb/

  • [備考]

    • URL

      http://www.sanken.osaka-u.ac.jp/operation/report.html

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公開日: 2014-07-16  

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