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ヒストンH2A、H2B及びH3の被修飾部位と他因子との相互作用表面の解析を行い、各々の被修飾部位と核内反応系との関係を明らかにした。ヌクレオソームを用いて、共通サブユニットの働きを解析する方法を開発し、複数の複合体（主要ヌクレオソーム及びバリアントヌクレオソーム）中の共通サブユニットの働きを解明した。遺伝子重複という繰り返し配列が形成される現象に着目することで、祖先遺伝子と現存遺伝子間の進化距離を測定できない問題点を乗り越える方法を開発した。古細菌のメタン菌が祖先生命に近いこと、TFIIBがTBPよりも早い時期に転写システムに加わったことを明らかにし、機構・システム進化研究領域を切り開いた。
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