| 研究課題/領域番号 |
24370095
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 研究機関 | 金沢大学 |
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研究代表者 |
西山 智明 金沢大学, 学際科学実験センター, 助教 (50390688)
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| 研究分担者 |
坂山 英俊 神戸大学, 理学研究科, 講師 (60391108)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| キーワード | ゲノム / 遺伝学的地図 / SNPマーカー |
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| 研究概要 |
高精度のゲノムアセンブリーのためには、高品質のメイトペアライブラリーを作ることが重要であり。そのためには、高品質の高分子DNAを得ることが重要である。シャジクモから高純度の高分子DNAを抽出する方法を検討し、ほぼ40kb程度の断片からなる高純度DNAが得られた。
メイトペアライブラリーの構築には従来、末端にビオチン標識した塩基を取り込ませて自己環状かさせ、その部分をストレプトアビジンビーズで濃縮する方法がとられていたが、この方法では、2本鎖DNAの一方に欠落があったような部位についても標識塩基が取り込まれるという問題点があった。しかし、この問題点を克服するトランスポゾンを利用してDNAを切断しながらタグをつけ環状化するシステムが実用化された。シャジクモではこの手法を用いてインサート長4.5k, 5k,及び9kのメイトペアライブラリーを構築した。
さらに長距離のmate-pair情報を作るのにはfosmidのend sequenceが有望であり、これに向けてfosmidライブラリーの調製を検討している。
また、遺伝学的地図の作成に向けて、交配をみわける遺伝子マーカーとして、SSRマーカーを開発した。系統が異なる8株を用いて、72遺伝子座の有用性を調査した結果、32遺伝子座が安定的にPCR増幅とアリル決定が可能であった。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
想定以上にDNAが分解しやすく高分子DNAの抽出法の開発に苦労した。
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| 今後の研究の推進方策 |
シーケンスを早急に行うとともに、効率的に交配由来の株の同定をすすめる。
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| 次年度の研究費の使用計画 |
主にシーケンス経費とともに交配由来の株の同定に用いる。
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