研究課題
基盤研究(B)
ユエピジェネティクスプロファイリングによるバイオマーカーの開発悪性脳腫瘍の分化制御に関わるエピジェネティクス機構の解明を行う際に、次世代シークエンサーを用いて、脳腫瘍の発生から悪性化に関わる遺伝子変化の解析を行った。MDAMマウスモデルで、腫瘍発生から腫瘍軽々までのエピゲノム・ゲノム異常を解析散発的なp53,NF1遺伝子欠損をもつGFP陽性細胞から悪性神経膠芽腫を自然発生するMADMマウスモデルを確立している。今回共同研究として正常細胞、腫瘍細胞に加えて腫瘍化する前の段階の細胞、すなわち将来的に腫瘍化する細胞においてエピジェネティクス異常の解析を行った。正常細胞と、腫瘍(生後150日}と生後8日、60日のGFP陽性細胞にクロマチン免疫沈降法(ChlP)を用いてピストンH3K4me3, H3K27me3の、発現の解析としてRNA polymerasell (pol ll)の結合部位をマイクロアレイにて解析する。またMIRA法とマイクロアレイを用いて網羅的なDNAのメチル化部位の同定を行った。予備実験では、生後150日目(P150)のMDAM脳腫瘍ではポリコームタンパク群(K27me3)によって制御されるだけでなく、H3K4メチル化によって制御される遺伝子群も多くあり、正常脳の発達の時間的変化も同時に検討しなくてはいけないことがわかった。
3: やや遅れている
解析に用いるinternalindexという手法に問題があることがわかり、やり直さないと220検体のラージスケールの変異の確定とアレル頻度がぬけてしまったためそこの部分をやり直している。
多数例の解析データ:IDH1 219検体のやり直しが必要であり、予後データの収集を行う。目指すところは、各変異・コピー数以上のアレル頻度の同定をし、それぞれの変異がどの順番で入っていくのかというところと臨床経過に及ぼす影響を検討する
コピー数補正に使用する。それが終了すればクラスター解析(もしくはpycloneという手法)を行う費用に充当する。
すべて 2012
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