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2014 年度 実績報告書

新型シーケンサ・アーカイブ配列を用いた植物系統SNP統合と多様性指標解析

研究課題

研究課題/領域番号 24500366
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

神沼 英里  国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 助教 (90314559)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2015-03-31
キーワードDNA多型 / 次世代シークエンサ / SNP / 遺伝的多様性 / データベース
研究実績の概要

本研究では、植物系統の一塩基多型(Single Nucleotide Polymorphism:SNP)を新型シークエンサのアーカイブ配列データベース(DDBJ Sequence Read Archive:DRA)を用いて、統一基準で統合解析し、ゲノム多様性研究の知識基盤を提供する。統合SNPデータは、形質マッピング等の遺伝育種研究や集団多様性研究の基盤資源になる。形質マッピングの遺伝マーカとして統合SNPデータを利用する事が可能になり、集団毎に多様性指標解析も行うことが出来る。
最終平成26年度の成果として、遺伝子領域SNP注釈ワークフローの構築を行った。具体的には、NGS配列注釈ツール「DDBJ Pipeline(http://p.ddbj.nig.ac.jp/)」の高次処理部に、遺伝子領域SNP注釈ワークフローを1機能として実装した。ワークフローではSnpEffツール(Cingolani P, Fly, 6:80, 2012)により、遺伝子の構造領域情報を基に、対象SNPの効果注釈(非同義置換等)を行う。一方、DNAPodデータベース(http://tga.nig.ac.jp/dnapod/)には、DRA登録WGSデータ由来の、イネ679系統・ソルガム66系統・トウモロコシ404系統の3植物属全1,149系統の多型データが登録されている。1,149系統の多型データのうちホモ接合SNPについて効果注釈を行い、注釈結果をDNAPodサイトからダウンロード可能にした。また多様性統計指標は、最終的にヘテロ接合度期待値(Expected Heterozygosity : He)、アリル頻度(Allele Frequency), 多型情報量(Polymorphism Information Content: PIC)の計算プログラムを構築した。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2015 2014 その他

すべて 学会発表 (2件) (うち招待講演 1件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [学会発表] DNA Polymorphism Database from New-Generation Sequence Read Archive and Analytical Workflow2015

    • 著者名/発表者名
      Mochizuki T, Tanizawa Y, Fujisawa T, Nikoh N, Toyoda A, Fujiyama A, Kurata N, Nagasaki H, Shimizu T, Kaminuma E, Nakamura Y
    • 学会等名
      Plant & Animal Genome XXIII
    • 発表場所
      San Diego (USA)
    • 年月日
      2015-01-14 – 2015-01-14
  • [学会発表] 遺伝研スパコン概要と、NGSアーカイブデータを用いたSNP解析2014

    • 著者名/発表者名
      神沼英里、望月孝子、長崎英樹、谷沢靖洋、小笠原理、大久保公策、高木利久、中村保一
    • 学会等名
      日本育種学会第126回講演会「NGS 使い倒し講座 - Breeding Informatics 研究 XIII」
    • 発表場所
      南九州大学(都城市)
    • 年月日
      2014-09-26 – 2014-09-26
    • 招待講演
  • [図書] 実験医学別冊「次世代シークエンス解析スタンダード」:Ⅵ-4 DDBJ Read Annotation Pipeline 解析パイプラインによるRNA-Seq de novo assemblyとイネ多型解析2014

    • 著者名/発表者名
      長崎英樹,望月孝子,谷沢靖洋,神沼英里,中村保一
    • 総ページ数
      352-360
    • 出版者
      羊土社
  • [備考] DNApod: DNA Polymorphism annOtation Database

    • URL

      http://tga.nig.ac.jp/dnapod/

URL: 

公開日: 2016-06-01  

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