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NCBIのdbESTのEST配列とSRAのシークエンサー由来の配列（SOLiDやHiSeqなど）に対応したSNP解析パイプラインを構築した。トマト品種間でゲノムワイドなSNPを検出しSNPが遺伝子機能に及ぼす影響を推定した。タンパク質立体構造をモデリングし活性部位に位置するSNPを「機能情報をもつSNP」として推定した。病害抵抗性やストレス耐性、果実の色や芳香などに関連する原因遺伝子のうちSNPをもつものを調べた結果、糖代謝などに関連するタンパク質に「機能情報をもつSNP」が見られた。今後、公共データにおける配列データが蓄積し表現型データが充実することで育種効率が向上されることが期待される。
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