研究課題
平成26年度は、前年度からの細胞接着ペプチドのシミュレーションを進めると同時に、糖尿病関連ペプチドのシミュレーションや、ゲル化のシミュレーションも進めた。またゲルとペプチドの比較を行った。シミュレーションには、平成24年度に購入した計算用コンピュータおよび平成25年に購入した解析用コンピュータを用いた。三角形型のモノマーから形成されるゲルについて計算を進めた。反応の比較的初期にゲル化し、その後も反応が進むことがわかった。直鎖状クラスターを生むダブル・リンクの発生率を計算した。四面体型のモノマーを用いた場合との比較を行った。糖尿病に関連したペプチドであるGLP-1(glucagon-like peptide-1) の溶液中の構造に関して分子動力学シミュレーションを用いて解析した。DPC脂質と水の混合溶媒中ではGPL-1はαへリックスとなるが、純水中ではαへリックスになりにくい。そこで、DPCのミセルの近くでGLP-1がどのような振る舞いをするかを計算した。GLP-1がDPCミセルの疎水領域に近づくことがわかった。ラミニン由来の接着ペプチドであるEF1の構造解析と受容体との結合を評価した。 EF1はβシート構造をしており、 その維持には水素結合だけでなく疎水性残基の重要性が示唆される。また、受容体との結合においては、疎水性相互作用と水素結合の両方が重要であり、水素結合は強度に関わってくると考えられる。
すべて 2015 2014
すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 謝辞記載あり 4件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (5件) (うち招待講演 1件)
JPS Conf. Proc.
巻: 5 ページ: 011003
10.7566/JPSCP.5.011003
巻: 5 ページ: 011002
10.7566/JPSCP.5.011002
巻: 5 ページ: 011006
10.7566/JPSCP.5.011006
Pep. Sci.
巻: 2014 ページ: 213-216
巻: 2014 ページ: 165-168
AIP Conf. Proc.
巻: 1599 ページ: 322-325
10.1063/1.4876843